1368年，享国运不足百年的元朝被朱元璋向导的叛逆颠覆了，与辽、金、西夏等少数民族政权不同，末代元朝皇帝元顺帝妥欢帖睦尔既没有战死，也没有自杀，而是带领着王族和所剩的部队撤离到了本人先人曾经衰亡的故地——蒙古高原，在中国完成了一次外来政权满身而退的“奇观”。
这得归功于从成吉思汗开始的近似于疯狂的扩张，使得蒙古帝国幅员广阔，汗国、部落林立，而元朝的版图只算蒙古帝国的一部分，元朝的皇帝又是蒙古帝国的大汗，关于蒙古各大汗国和部落享有宗主权。元朝的沦亡，只是使蒙古帝国失去了中国的国土，而蒙古国仍然存在。
元顺帝是元朝皇帝中少有的接触汉文明较深的一个，大都沦陷仓皇北归的打击，关于他来说是极大的，固然仍然还是蒙古各部的大汗，但也不能排解他“去国怀乡”的忧虑，尤其是明朝部队关于他的持续打击又接连不断，更使他惶惶不可整天。
终于，1370年5月23日，他怀着悲愤和忧郁，在沙拉木伦河畔的应昌逝世。元顺帝的儿子爱猷识理达腊得悉父亲逝世的音讯后，便在哈拉和林继位，他将残元政权又维持了八年，并盛食厉兵渴望着有朝一日重登中国皇位。但是，他非但没有时机实现这一愿望，还面对着深化到蒙古地区的明朝部队的攻击。
1372年，明朝大将徐达率军攻向哈拉和林，这是蒙古黄金家族的大本营，是权利和光彩的意味，一旦被明军攻破，蒙古帝国将透彻活着界上消逝，因而，蒙古人的抵挡十分剧烈。
但是，被誉为“万里长城”的徐达一起上势不可当，爱猷识理达腊简直到了绝望地边缘。所幸，明朝的大军由于阵线过长，后援不继，受阻于土拉河畔。
1378年，爱猷识理达腊怀着满腔遗憾逝世，其子脱古思帖木儿继位，这位第三任残元皇帝所能控制的国土曾经减少到蒙古帝国最初衰亡时的规模，恢复祖上的荣光更显得毫无能够了。
1388年，一支10万人的明朝部队在大将蓝玉的带领下在合勒卡河和克鲁伦河之间、贝尔湖南岸大败脱古思的部队，残余诸王、平章以下官员三千多人及军士七万余人被俘，脱木思帖木儿逃脱后被其部将缢杀。
这次的失败使黄金家族——忽必烈家族的残元政权丧失了在蒙古人中至高无上的地位，以致于大多数蒙古部落宣布摆脱它而自主。1399年，散布在叶尼塞河上游沿岸的乞儿吉斯部领袖贵力赤，否认了最后一任残元皇帝额勒伯克的宗主权，于1399年将其打败并杀死，取得了统治各部的霸权。
至此，苟延残喘了29年的残元政权沦亡了，合法的蒙古帝国大汗不复存在了，蒙古各部又回到了抢夺蒙古帝国大汗宝座的纷争当中。
对明朝管辖境外的北元军政集团，他采取一边军事打击，一边加以招安的方针。关于俘获、屈从的蒙古上层人士加以厚待。洪武三年被明军俘获的蒙古皇族、元顺帝之孙、昭宗之子买的里八剌，太祖皇帝加封为崇礼侯。并在4年后将其放还。
有学者以为买的里八剌便是被鬼力赤杀死的额勒伯克汗。1388年明军俘获的另一个顺帝之孙、脱古思帖木儿汗之子地保奴，也只是因其口出怨言而放逐到琉球去了。
这和元朝处置获罪皇族的常规是符合的。元顺帝本人就曾被放逐到高丽大青岛（今属韩国）。长期扼守辽东的蒙古贵族、军阀纳哈出，1387年屈从明朝后太祖皇帝也加以封赏，封为海西侯。
关于在明军北伐中对立的元朝宗室，如顺帝在大都留下的监国淮王帖木儿不花（世祖之孙，时年已83岁），明军当行将其处死。这或许不够宽厚，但应该视为一种激进的战争花招。
屈从明军的蒙古骑士，往往被编入军中。明成祖在靖难战争中就调用了朵颜三卫蒙古马队的力量。成祖为了留念这场战争而绘制的《长陵八骏图》表现：战役中守卫在他身边的，简直满是蒙古军官。
关于境内的普通蒙古人，太祖皇帝明确表示：如蒙古、色目，虽非华夏族类，然同生天地之间，有能知礼义、愿为臣民者，与中夏之人抚养无异。 （1367年《谕中原檄》）
这阐明 ，明朝是情愿将蒙古人视为臣民的。当然，明朝对蒙古人并不是毫无鄙视的。《大明律》中规则，蒙古人必须与“中国人”通婚，不得本族内通婚。这当然是一种族群鄙视性的法则。不过，这一条在明代的实际实行状况是很值得疑心的。
关于儒化的蒙古士人，太祖表示“蒙古、色目人既居我土，即吾赤子。有才能者，一体擢用”。蒙古士人答禄与权，是元朝的河南北道廉访司佥事，在明朝取得推荐，担任秦府纪善，担任辅导太祖的次子秦王。
可见太祖固然有肯定的民族情感，但是勇于任用肯出仕明朝的蒙古人才的。综言之，太祖皇帝没有对蒙古人这一群体实施过什么不好的政策。他对蒙古人是加以区别看待的，但政策的出发点，是把蒙古人和汉人一样，变为驯服的明朝臣民。
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