当福柯的作品在20世纪50年代和60年代首度开始传阅之际，历史学家们并不完全知晓怎么一回事，至于哲学家们，他们憎恶那些他们视为单调乏味的具体事件，进入到纯粹无污染的观念领域。但是正如福柯作为后结构主义四天王之一，作为一名知名的法国哲学家，他的理论在历史学界也受到了关注。无论在专业机构史和职业史领域，还是对于整个历史学，福柯都有着广泛的影响。福柯使在某些传统上与历史无关的边缘领域中形成一种历史观念成为了可能，同时，福柯也为科学的历史化做出了很大的贡献。更重要的是，福柯在社会和学界中否认了传统意义上的科学，否认了作为不变的，高高在上的真理可以作为其他所有形式知识的基准，他指出了一切真理的历史性，换句话说，他把辩证法和历史观念贯彻到底。正因此，福柯也常常成为哲学家、历史学家、自然科学家的攻击对象。但是，这些科学对福柯的批判是无力的，因为福柯在讲事实，很多科学，正因为福柯讲了这些事实，所以感到了恼怒和愤怒，这更让自己的学科地位遭到了讽刺和抨击。福柯的谱系学工作展示了历史研究的所有相关特点：档案调查、断代、事件始末、事件的原因、事件的结果、事件的影响、时代的描述、历史人物和运动的相关事宜。但是，为什么历史学家常常对他的工作感到疑虑呢？对这个问题最普遍的回答，也许是福柯的工作挑战了那些边界、规则和预设。福柯在这个意义上是更激进的年鉴学派——年鉴学派常常通过关注社会的边缘，通过关注历史的碎片，试图还原出总体的历史。而福柯并不是一位历史学家或者某个历史学派的开创者，他直接挑战了这些训练有素的主流历史学家们，告诉这些历史学家，所有人都可以组织出建构出有效的历史话语。这里我多说一句，在跟兰克史学的斗争中，就曾经出现过历史学大众化的运动。今天我们看到公众对历史的热爱，包括很多历史相关类的科普视频，或者是娱乐视频出现在B站等平台上，这实际上是对传统历史学的一种回归。在现代历史学尚未形成的年代，在西方，历史学历史恰好是由历史爱好者所建构的，没有真正意义上的职业化的历史学家，对于中国其实也差不多：在古代中国，只有传记化历史和政治化的历史，而没有那个现代历史学中所提到的历史。在哲学方面，福柯并不问：“真理是什么？”这一传统哲学问题，而是问：“在真和假之间，那种划分是如何随着时间随着历史被有区别的建构起来？”这些观点是带有强烈实证主义色彩的。而福科有一个观点是历史学界全心全意共享的，也就是在理智上，我们只能处理那些所遗留下来的文献和物理痕迹等具体形式，这些呈现在我们面前的证据，而思想和观念是在那些留下历史痕迹的事物之中。换句话说，福柯的抗议是正确的——他只是在做历史。福柯认为，思想对真理的关切，并不会与日常运转的具体历史事件分离，我们会在日常姿态、制度结构中看到思想的经验运作。福柯的工作侵蚀了那些认为观念和范畴，具有超越历史的永恒性的传统哲学主张，同时，福柯用历史材料来分析哲学问题，这迫使历史学家和哲学家都必须思考他们的材料如何选择和整理。接下来举一个历史谱系学的例子。1963年，福柯出版了《临床医学的诞生》，厘清了现代医学知识的形成、制度的形成、社会性实践、政治角色之间的联系。福柯逆转了那些现成的历史解释，反对启蒙科学战胜了无知和迷信的一般观点以及对古人文本的盲从，他提出，这更多是一个知识生产——知识被认为是有效的和真的——这个规则的变化问题。他指出，这场转变是18世纪末法国革命及其后一段时期内政治制度因素、医学知识变化之间一个复杂的、相互作用的结果，也是在这本书中，福柯引入了凝视的观念，这个观念被跨越多个领域的评论者们广泛接受。福柯指出，医生与疾病之间关系的现代定义是在18世纪末出现的，由此注视者所践行的视觉观察成为绝无仅有的探究有效知识的路径。这种观察的方法，对古人的文本进行了诠释和解码，那些古老的方法，因为不能生产真知识而被取消了实践资格，也就是西方现代医学代替了西方传统医学。可见性的观念，也就是让事物显现出来的观念被推广到社会和政治领域，凝视不仅能够治疗身体的疾病，同样也能治愈社会的疾病。
另一点，关于福柯是否是一个结构主义者，福柯自己不认为自己是一个结构主义者，而且主流学界一般也把福柯算作后结构主义者。因为结构主义的一大特点在于对某种体系，比如说语言给予的那些形式可能性的考察，而福柯的目标不是语言，而是档案，换句话说，就是那些累积下来的存在的话语，而不是那些直接的语言，考古学作为福柯的历史方法论，是对那种以档案形式出现的话语所做的分析。
知识考古学实际上是学术中心由美国重新转回老欧洲，转回法国的一个标志。知识考古学要求传统的档案和文献，这些东西是美国所不具有的。知识考古学也确实如萨特所说，是小布尔乔亚和布尔乔亚的，因为知识考古学需要那些昂贵的，珍稀的档案和那些古老的卷轴和书籍，皮革封面，镶金嵌玉，用花体或哥特体写就，烫金标题的。只有老欧洲才有这些。不过我在这里多说一句，晚期福柯基本上是扬弃了规训权力和知识考古学这套。所以很多时候大家——比如齐泽克——评价的只是早期福柯，根本没有评价法兰西学院和自我技术的那个福柯。1966年，结构主义如日中天，福柯出版的《词与物》这本书令人吃惊的瞬间成了一本畅销书，这本书追溯了从15世纪到19世纪中叶经济学、语言学、生物学等相关学科的形成，最后一章论述了19世纪包括历史社会学、精神分析和人种学在内的人文科学的起源。这本书的难度和专业性质导致几乎没有多少人会从头读到尾，但是吸引公众兴趣的是那些煽动性的言论：比如“马克思主义仅仅是儿童戏水池里的一场风暴”以及“人之死”。对于很多人本主义者来说，他们对“人之死”展开了强烈的攻击，就如同过去攻击“上帝死了”那样评价福柯为虚无主义，这种评价是不恰当的。关于人本主义的批判，本文暂不讨论。另一方面，此刻，福柯提出的知识型这种激进的断裂性，某种程度上杀死了历史，破坏了进步政治和革命的可能性，破坏了历史的统一性。传统苏联马克思主义依赖于一种黑格尔式的辩证历史观，认为历史将有一种进步，理性化的进程，必然在挫折中不断的前进、螺旋上升，直至无阶级国家，无产阶级专政，最终到达无阶级、无国家的共产主义社会。但是真正的马克思主义的观点实际上是承认这种历史断裂的，换句话说，正是这种断裂，这种体系之外的可能在生产历史，正是差异与重复在生产理性的整个进步进程，而不是先预设好一个进步的理性化的历史，然后按照这个模型来思考一切问题。一句话，普遍性寓于特殊性之中，而不是反过来。这也是为什么我认为不搞懂历史谱系学就大谈历史唯物主义是很有风险的，有可能真的导致一种形而上的历史观点。1969年，福柯在知识考古学中继续运用了他所运用的历史方法论，同时他也承认了年鉴学派、剑桥学派、俄罗斯学派、科学史学、比较文学、神话学等激进的历史学流派和专门史学派。承认自己的方法论并不是什么独创和革新，而是许多职业历史学家很长一段时间以来运用的分析方法。而哲学只是活在天国太久，所以会对现象学，历史谱系学这种科学的考察方式产生疑惑。在规训与惩罚中，福柯探究古老的公共惩罚方式逐步的现代化。探究对惩罚的改革以及监狱的诞生。探究规训技术如何从机构之间传播，比如学校、军队、工厂、医院、救济院和监狱。福柯在这里指出了权力和知识之间的关系：知识实践，比如保存的人口普查和所作报告，实际上就是为了促进权力的施展而诞生的。同时，在规训社会下，跨人文学科和社会科学以及各种应用学科，比如教育、管理、建筑、卫生、科学等等，也都是为了促进社会的进一步稳定，为了维护统治。举个例子，如果心理学、医学的实践与司法实践是密切相关，甚至于不可分割的，那么要求一种纯粹的医学、纯粹的心理学就不现实。惩罚技术的改革与应用，实际上，影响着无数现代机构的运转。正是在这个意义上，一个微观的，边缘的历史，实际上影响着许多主流的叙事。这也正是年鉴学派之前所做的，比如从社会的边缘者，巫师和麻风病人来建构和推断当时的整个社会。但是，如果过分的应用这种手法轻视政治史、轻视历史事件，将会导致不幸的结果：比如对微观社会和边缘社会的考察，放弃了对历史重大事件的探讨，这就会导致一种系列史，它注重于某个系列特定的因果关系，却反而分解了整体的历史。也就是说，分析最终的结果仍然是为了一种思辨，最终还是要有一种历史规律的建构，否则为分析而分析，就会导致分析的无效化。70年代，也就是晚期福柯的年代，福柯在法兰西学院做年度讲演，在78年，这些讲演中，有单独一篇以治理术的名字出版了。在70年代晚期和80年代早期，福柯继续提出了大量治理术的定义，他首先关注国家和指引人们行为的制度性的技术和规程，但逐渐把定义扩展到了包括治理自我的技术，也就是自我治理——古希腊的照顾好自己。这个时期实际上福柯否定了之前的很多观点，比如最著名的规训社会和权力网。
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