如果药品注册申请单位指使药物非临床研究机构、中心、CRO提供上篇所定义的虚假药物非临床研究报告、药物临床试验报告及相关材料，以“”提供虚假证明文件罪“”的共同犯罪论处。
（任意门，可点击：中国 - 临床试验资料造假及其他违规行为的后果 - 1）
如果出现以下类型，除非有相反证据，否则认定行为人利用职权或者特殊的地位通过明示方式，指使他人伪造、变造临床研究材料：
支付的价款明显异于正常费用
如果药品注册申请单位、药物非临床研究机构、药物临床研究机构、CRO共同实施“故意提供虚假证明文件”的行为，骗取药品批准证明文件生产、销售药品，同时构成提供虚假证明文件罪和生产、销售假药罪，按照处罚较重的规定定罪处罚。
如果在医疗器械注册申请中故意提供、使用虚假的医疗器械临床试验报告及相关材料，处理方式参考药品。
如果注册申请单位被处以上述规定的定罪，会被判处罚金，并对相应自然人犯罪的定罪量刑标准对直接负责的主管人员和其他直接责任人员定罪处罚。
对药品、医疗器械注册申请负有核查职责的国家机关工作人员，滥用职权或者玩忽职守，导致使用虚假证明材料的药品、医疗器械获得注册，致使公共财产、国家和人民利益遭受重大损失，会被认定为符合刑法第397条规定，以滥用职权罪或者玩忽职守罪追究刑事责任。
[刑法原文：
第三百九十七条 国家机关工作人员滥用职权或者玩忽职守，致使公共财产、国家和人民利益遭受重大损失的，处三年以下有期徒刑或者拘役;情节特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。本法另有规定的，依照规定。]
如果出现：
会按照国家药品监督管理部门设置或者指定的药品、医疗器械审评等机构出具的意见，结合其他证据作出认定。
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