西方的医史学家理性地认为医学和自然科学源于巫术，国内的医史学家不辨真伪，跟随着西方的学者以讹传讹，便认为中医也是源于巫术，而且有些中医学者还根据西方哲学家编织的论点收集大量的资料，对这种荒谬的观点进行牵强附会地论证。那些反中医的科学主义者也因此而攻击中医，认为中医就是巫术，不值得广大患者信任。尤其是中医主流学界，如果不了解中医的起源，就无法深入把握中医理论，难以树立起中医理论自信和中医主体意识。因此，有必要对中医的起源进行正本清源，批驳那些穿凿附会的观点。
将巫术视为医学的起源，这种主观臆断本是西方理性思维的线性逻辑特征所导致的。按着这种思维特征，先出现和简单的事物是后出现和复杂的事物的原因。巫术比医学和科学出现的早，所以巫术就是医学的起源。其实，自然事物的发生并不会因为时间的先后出现而就有着必然的因果联系，有些事物虽然会出现在后期，却是独立涌现的，与此前的事物没有任何因果关系。源于古希拉文化的逻辑思维导致单向进化思想在近代西方文化中的出现，比如达尔文的物种进化论，孔德的社会进化论等。自然万物的演化并不是以某种终极生物为目的，那种从简单到复杂的逻辑分类秩序都是按着理性思维的特征编织的。自然万物本混沌，人类因为理性将其按着自己的理性思维加以重新认识，也就有了清晰的逻辑秩序。姑且不去批驳西方医史学家是怎样歪曲古希腊医学从巫术中发生出来，中医的起源无论是从实践还是从理论两个方面来看，都不是起源于巫术，与巫术有着本质的区别。
从中医的实践来说，中医起源于最早的觅食活动，而不是起源于巫术。觅食活动是伴随着人类存在的，上古先民在寻找食物的过程中，不可避免地会遇到一些没有食用过的动植物，他们一旦误食或者试食这些食物，必然会出现一些相应的生理反应，这些生理反应就为古人利用这些动植物治疗疾病提供了经验基础。比如“神农尝百草，一日而遇七十毒”的传说就是对古人通过觅食活动发现治疗药物实践的高度总结。巫术本是源于上古先民对神灵或者图腾崇拜而衍生出来的实用技术，虽然它也会用于治病，但无论如何都不可能把巫术与觅食活动等同起来，或者将其视为觅食活动的起源。这是两种不同领域的实践，觅食活动是自然的生活实践，不需要任何神灵的信仰；而巫术则是源于精神信仰的生活实践，需要有假想的神灵参入才能发挥实际作用。
从中医的元理论框架形成来说，阴阳五行理论源于古代天文官对天象和物候的长期观测，而不是起源于巫术。华夏民族发源于黄河流域，自古就以农立国，而影响农业的主要因素就是气候。观天象、定四时、分节气，指导农时在上古是最重要的政事活动。从《尚书·尧典》的记载来看，尧帝就曾专门设有曦、和两位天文官来对天象和物候进行观察总结，以便对民众颁布适时的政令。《黄帝内经·素问》中的运气理论，也是将运气的变化与天上的星宿紧密地对应起来，充分说明阴阳五行理论是中国天文官千万年以来对天象和物候细致入微地观察总结出来的，这与巫术活动没有任何关系。阴阳五行理论的起源于巫术没有任何关系，那么起源于阴阳五行理论的中医自然与巫术也没有关系。
巫术先于中医学而存在，尤其是被用于治疗疾病，就很容易给后世的人们制造中医源于巫术的假象。巫术源于上古蒙昧时期，人类还沉浸在心灵的混沌之中，对周围的自然环境几乎没有任何理智的认识。这些自我意识较弱的自然人普遍地认为自然以及某些自然事物（比如山川、风雨、雷电等）受着一些神灵的主宰，并对这些神灵顶礼膜拜，持着一种无可置疑的恐惧和敬畏意识，早期人类的神话和宗教文化就是这反面的具体反映。每当自己所在的部落或者其中的成员遇到一些天灾或者其他不测（比如疾病、伤亡等）的时候，人们就会认为是对应的神灵所为，就需要进行相应的仪式与其沟通，以便取悦于这些神灵，让它们对其消灾赐福。于是，那些取悦于神灵的仪式就被称为巫术，而专职从事仪式并能与神灵进行沟通的职业人员就被称为巫师。巫术不是医术，却从始至终被人们当着有治疗疾病的功能去治疗疾病，所以古人把巫师称为“医”。如《世本》中有“巫咸作医”的记载，《吕氏春秋》中也有“巫彭作医”的记载。中医学还尚未诞生之前，巫术是上古先民治疗疾病的主要手段，所以巫师与医师的身份就难以分开，造成了巫医不分的现象，如《广雅》对医的解释：“医，巫也”。这种以巫释医的做法在中医学诞生之前是正确的，而在中医学诞生之后反过来才可以成立，巫师是给病人治病的，但绝不能再错误地将巫等同于医，认为给人治病的都是巫师。比如在《说文解字》中“医”与“巫”就完全被区别开了，即“医，治病工也”，“巫，能事无形，以舞降神者也”。
巫术和中医在古代都被用来治病，虽然它们依赖的手段不同，但往往会集于同一个人身上，比如某位中医家既会用相关的中医药理论来诊疗疾病，同时也会用一些法术或者通神术来给病人治病，造成了中医与巫术混杂在一起的现象。这种现象又体现在一些中医家的著作里，比如孙思邈的《千金方》中就杂有大量的巫术内容，需要说明的是这些巫术内容大多是从道教的巫术中借用过来的。中医与巫术的混杂也给人们制造成了医与巫不分的假象，这为那些攻击中医、污蔑中医为巫术的反中医人士提供了依据。
对于巫术治疗疾病，古人是有一定限制范围的。如《黄帝内经·移精变气论》中记载：“毒药不能治其内，针石不能治其外，故可移精祝由而已”，就是说那些上古之人寡欲无为，邪气侵入不深，一般的疾病通过祝由这样的心理治疗即可治愈。此外，农村常说的“外证”，就是采用医学的各种方法治疗不了的疾病，也需要采用巫术。但是在实际诊疗过程中，不少人迷信于巫术，患病后首先用巫术，以至延误治疗时机，最终为巫术所害。因此，古代的医家也是极力反对巫术的，如扁鹊就将“信巫不信医”列为六不治之一。
通过以上的分析，我们不难看出中医与巫术是两种完全不同的治疗手段，中医是建立在对事物之间的自然关系有着清晰认知的基础之上的医学，巫术则是建立在对神灵信仰的基础之上的民俗文化。巫术的部分社会功能虽然与中医出现重叠，但它们却有本质的不同，绝不能将二者等同起来，或者认为中医就是起源于巫术。
（说明：《医问—中医是什么》是一本针对中医正本清源的专著，全书采用问答体例，共计八十一问，汇集了现代中国人关于中医激烈争论的各种话题以及诸多疑问，对其进行了详细而又深入地剖析与解答，期望国人对中医正知正见，以至于正信。）
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