参考文献及附录缺漏不齐，如同“断垣残壁”，这个论文写作学术之旅的“第六道迷宫关卡”相关迷障歧途与苦海困境之一，是参考文献及附录不完整、缺漏不齐，往往只有“参考书目”，而遗漏期刊与网络数据等“参考文献”，或是参考文献与正文引用的文献，未能相互对应。因此，研究生有必要参考各种参考文献及附录的论文格式，以进行论文写作，并留下来研究的线索，以便能追踪到原典出处内容。
参考文献是研究生在撰写论文时，曾经借鉴、引用过的重要文章和著作。论文主要写好之后，要将这些文章或著作加以归纳整理并附在论文后面。但值得注意的是，“参考文献”比“参考书目”更为广泛，参考文献不只是参考书目，尚有期刊及网络数据，例如：APA出版手册的参考文献分类，包括：（一）期刊、杂志、新闻文章、摘要资料；（二）书籍、手册、书的第一章；（三）专门或研究报告；（四）会议专刊或专题座谈会论文；（五）学位论文；（六）其他未出版之著作或不普遍之出版物；（七）评论；（八）视听媒体数据；（九）电子媒体数据；（十）法令。每一类文献的格式都不一样。特别值得注意的是，“参考文献”也不同于“相关文献”。凡对论文有启发而不一定是否在论文中引用，均可列入“相关文献”。但是，学位论文参考文献所列的每一笔研究文献，则都必须在论文本文中引用过；换言之，论文正文中引注的文献，均需列于文后的参考文献之中。至于有些可能在论文本文中呈现，但容易使读者分心或容易离题，但却又有助于读者了解本研究的资料，可搜集与附录，例如：访谈大纲、访谈逐字稿、预试问卷初稿、正式问卷、自行设计的计算机软件、未出版的测试、复杂的数字证明、实验用材料或器皿。
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