作为北京市首家实行医管分治的医院，北京清华长庚医院引进了台湾长庚纪念医院的管理模式，实行理事会领导下的院长负责制，通过专业化医疗与职业化管理的有机结合，把医生从繁琐的行政事务中解脱出来，使其能有更多的精力投身于医疗工作，提高医院的运行效率。
千龙网记者了解到，与内陆其它医院不同的是，北京清华长庚医院实行的是国际上通用的Attending医师负责制，即主诊医师负责病人的全程诊疗和长期随访，确保每一位患者诊疗的连续性和完整性。Attending医师也需承担相应的医疗风险和责任。
此外，北京清华长庚医院为了避免“以药养医”、“以检查养医”的现象，建立了与内陆一般公立医院不同的薪酬制度，即PF制。PF制是以医疗的数量、质量、风险程度以及患者的满意程度为标志，以公益性为核心的医疗薪酬支付制度。为了保证医师看诊的品质，该制度规定了医师诊疗的最高额量，避免了“以药养医”、“以检查养医”的现象。此外，药物、耗材、检查的开立等不产生医师费，以此保证患者得到最切实、最恰当的治疗。
一位医疗工作者认为，Attending医师负责制配合PF绩效薪酬制，有力地推动了内陆医疗人事制度改革与公立医院收入分配制度改革。
北京清华长庚医院是由台塑关系企业和台湾长庚纪念医院捐赠、支援，清华大学与北京市共同管理的大型综合性公立医院。该医院座落于昌平区天通苑地区，总建筑面积22.5万平方米，总规划床位1500床，是北京的医保定点医院之一。
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