马来西亚是君主立宪,国王仅是象征性的职位,但柔佛州是个例外,他们甚至有自己的小型“御林军”。
柔佛王朝除了需要应付葡萄牙,苏门答腊北方也出现了劲敌——亚齐王朝。三方之间互相攻伐,多是柔佛王朝占下风,当中亦曾发生几次国都遭亚齐焚毁,苏丹遭掳杀的屈辱事件。
由于血统问题,盘陀诃罗王朝立国不久就遭宣称苏丹马末二世遗腹子的硕坡王子(Siak,苏门答腊小国)攻击,之后更有来自苏拉威西岛望加锡的武吉斯人卷入权力斗争。随着武吉斯人取得最后胜利,武吉斯人首领被委任为副王,掌控大权并与马六甲的荷兰人争夺马六甲海峡及锡矿贸易的经济利益;而苏丹则沦为傀儡。
当英国人斯坦福·莱佛士于1818年抵达新加坡,并欲与天猛公阿都拉曼签订协定,在当地建立殖民据点。但是根据廖内苏丹和荷兰之间的条约,天猛公无权代表苏丹与外国定约。当时新加坡正由柔佛廖内苏丹阿都拉曼穆阿占沙统治。当莱佛士得知苏丹阿都拉曼穆阿占沙的兄长东姑胡先本该是王位继承人(由于其父王驾崩时,人正在彭亨访问而不在身边,遂被取消资格),他随即觐见并宣布支持东姑胡先出任苏丹,声称英国只承认东姑胡先为合法的廖内苏丹,而东姑胡先则于1819年2月6日和英国签署条约,租借新加坡予英国为商港用途。
1824年,英国与荷兰签署1824年英荷条约,苏丹胡先统治的柔佛本土(包括新加坡)归英国人而苏丹阿都拉曼穆阿占沙掌控的廖内群岛范围则划归荷兰,至此柔佛盘陀诃罗王朝一分为二。
1855年,苏丹阿里(苏丹胡先的继任者)与新加坡的英国人签署条约,同意将柔佛统治权交予天猛公阿都拉曼之子达因依布拉欣(DaengIbrahim),而苏丹阿里本身的统治仅限于麻坡地区。达因依布拉欣(DaengIbrahim)在华裔富商黄亚福的协助下,在正对新加坡的柔佛南部建立新都丹绒布蒂里(TanjongPuteri)。
1866年,达因依布拉欣之子苏丹阿布巴卡正式登基为柔佛天猛公王朝第一任苏丹,并于1877年苏丹阿里驾崩后收回麻坡的统治权。苏丹阿布巴卡将丹绒布蒂里改名为柔佛峇鲁(JohorBahru)。他把新山由一个渔村发展成一个市镇,接着将发展计划逐一延伸到其它的小地方。苏丹阿布巴卡采用了称之为“柔佛政府文职机关”的西方制度来管理内政的工作,也将这先进的管理制度提倡给公众。苏丹阿布巴卡是柔佛州第一位宪法条规的设立者。以后他被冠上“现代柔佛之父”的称号。
随着国际市场对甘蜜和胡椒的需求增加,大量的中国移民前来柔佛开港(见港主制度),振兴柔佛州的经济。从1910年代到1940年代,柔佛一直都是整个马来半岛最大的橡胶产地,同时至今还一直是最大的棕榈油出产州。
二战时期,柔佛州是马来半岛最后一个被日军攻占的州属。新山沦陷后,日军利用城中的武吉士岭行宫作为攻占新加坡的指挥部。光复后,拿督翁加化在新山皇宫建立巫统,柔佛也在1948年加入马来亚联合邦。
今日的柔佛州,是一个繁荣、富裕的州属。它的经济迅速发展,其来源自农业、制造业和旅游业,而当中的农业和制造业则是州内最主要的经济活动。
2015年6月,柔佛二王子发了一张贴图,表明若中央政府违反条约,柔佛可退出马来西亚联邦。这张贴图引来了不少人在佳礼网发表言论。有的甚至已在讨论柔佛独立后的细节了。
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