创“三有余、四不足论
万全在总结前人经验和长期临床实践的基础上，进一步完善了小儿的生理与病理理论，提出“三有余、四不足”之说，即“肝常有余，心常有余，阳常有余，脾常不足，肺常不足，肾常虚，阴常不足”。如《幼科发挥》云：“肝常有余，脾常不足者，此都是本脏之气也，盖肝乃小阳之气，儿之初生，如木方萌，乃小阳生长之气以渐而壮，故有余也。肠胃脆薄，谷气未充，此脾所以不足也。”所谓有余不足并非指一般虚实而言，更非“邪气盛而实，精气夺则虚”的病理状态，而是首先以小儿生理特点立论，进一步论证小儿病理特征。如“肝常有余”在生理上指小儿生长发育迅速，如草木萌芽，生机勃勃，全赖肝主生发之气的旺盛；而病理特点是指小儿感邪之后易化热化火，引动肝风。
“脾常不足”在生理上指小儿生长发育迅速，对精微物质需求比成人更迫切，而脾主运化功能尚未健全，为适应不断生长的需要，脾胃须不断完善运化精微的能力；反映在病理上则指小儿若饮食不节，寒温失调等易引起脾胃运化失常而致脾胃病。万氏的“不足有余”论进一步充实了小儿“易虚易实，易寒易热”的病理特征，为指导儿科临床治疗，提供了系统的理论依据。
首重望诊，四诊合参
万密斋临证时非常注重望诊，因儿科又称“哑科”，小婴儿有口不能言，而能言者又未必可信，加之就诊时常哭扰，使气息、脉象改变等，给诊断造成困难，故望诊尤为重要。万氏在《片玉心书》指出：“凡看小儿疾病，先观形色，而切脉次之”。在《育婴秘诀》亦云：“小儿有病观形色，青主惊风红主热，黄为伤食白主疳，……肝病须观眼目中，脾唇心舌自相通，肺有病时常在鼻，肾居耳内认其宗”。“临病之时，观形色，便知五脏之症治，所以补之泻之，意之所生，有通神之妙也”。以上论述足以说明万氏在诊治小儿疾病中对望诊极为重视。
万全在强调望诊的同时，也注意四诊合参，如《幼科发挥》云：“望闻问切，医家之大法也”。“儿有大小之不同，病有浅深之各异。观形察色之殊，望闻问切之间，若能详究于斯，可竭神圣工巧者矣，望盖者鉴莫辨其色也;……闻者听知其症也;……问者问病究其原也；切者切脉察其病也”。在辨疾病的寒热虚实时，强调望诊应与它诊结合，如实热者，见面腮红，此为色实;脉急数，此为脉实；大便秘，小便黄，渴不止，上气急，足胫热，此为症实。色、脉、症三实者，方可辨为实热证，宜予寒凉治之。而面白，脉微沉，便清，腹虚胀，呕乳，足胫冷，色、脉、症三虚，才可辨为虚寒证，以温补治之。
审因论治，注重脾胃
万全在探讨小儿常见病、多发病的病因病理上，提出不少新的见解。如万氏认为急惊风与慢惊风都是症状，必须审致病原因。对急惊风提出有三因：感受风寒湿热而失治者为外因；内伤饮食发热而失治者为内因；由惊恐客忤中恶得之者，为不内外固。在临床表现上，万氏分为急惊风证，包括脐风发搐、泄痢发搐等；急惊风变证指由惊风反复发作而成痫证;急惊风类证如天钓似痫、虫病似痫等九种疑似证与之鉴别；并首次提出急惊风后遗症“有急惊风变成痫者”，“急惊风成瘫者”，“惊风后喑不能言者”等。论述详尽，大大丰富了前人理论，为后世进一步研究提供了理论依据。对天花、麻疹等病证亦有独特的见解，如痘疹的治疗，主张“温补凉泻，各附所宜”，摒弃以往医家的偏见。万氏在治疗上非常注重的脾胃，选方用药精炼轻灵。
在《幼科发挥》中强调指出：“胃主受纳，脾主运化，脾胃壮实，四肢安宁，脾胃虚弱，百病蜂起，故调脾胃者，医中之王道也”，“调理之法，不专在医，唯调乳母。节饮食，慎医药，使脾胃无伤，则根本常固矣”。小儿由于形气未充，“脾常不足”，加之饮食不能自节，寒温不能自调，故脾胃最易受伤。万氏把“节饮食，慎医药”列为小儿保健防病的首要原则，当患病论治时，宜“以治病为主，慎勿犯胃气”。在用药上强调“但取其平，补泻无过其剂，尤忌巴牛，勿多金石、辛热走气以耗阴，苦寒败阳而损胃”。临证常用平胃散、胃苓丸、异功散等，反对当时滥用丁香、砂仁等温燥之风气。万氏用药精炼，方药多为祖传或自创，在剂型上多用丸散，用量轻而力专，又便于小儿服用，如“万氏牛黄清心丸”已成为经典成药，万氏祖传十三方亦在临床上广泛应用。万氏还首先倡导应用推拿、针灸、熨脐、药物沐浴等外治法治疗小儿病证。
预防为主，重视保育
万氏十分重视小儿的胎养，在《育婴秘诀》卷首详细论述了有关胎养及保育的原则和方法。具体分为:（1）预养以培其元，即“调元之意也”;（2）胎养以保其真，即“保胎之道也”;（3）蓐养以防其变，即“护产之法也”;（4）鞠养以慎其疾，即“育婴之教也”。万氏强调胎养之道重点在于保孕期母体安健，“调喜怒，节嗜欲，作劳不妄，而气血从之，使诸邪不得而干焉”。若有疾时，审病轻重，药性宜忌，处处以中和之品，勿伤胎孕。万氏还重视精神调摄，防止大惊卒恐伤及神志，强调幼儿早期教育的重要性，如提出“教以诚实，勿使欺妄”，即道德品质的教育;“遇物则教，使其知之”以培养勤奋好学的精神;“教以恭敬”，“教之以正言”即注意讲究文明礼貌等。万氏这种重视小儿身心健康的观点十分难能可贵。
治学严谨，遵法不泥
万氏一生治学严谨，求实而不慕虚荣，无论是前贤之论，还是祖传之法，他都要反复临证实践后，才下详论，从不轻易盲从。如对家传十三方的应用，不仅在理法方药上阐述，还列出大量医案，从理论到临床实践给后人以明示。万氏医论多继承前人经验，上遵《内》、《难》、《伤寒》，旁汲丹溪、东垣各派，尤崇钱乙学术观点，但不迷信，而是以务实求是的态度待之。如钱乙《小儿药证真诀》载有益黄散补脾胃，时人多效之，而万氏则认为“益黄散治脾胃虚寒太甚，神品之药也，以补脾胃之虚则误矣”。
因方中丁香辛热助火，火旺土愈虚，青、陈皮泻肺，肺为脾之子，脾实当泻子，今脾虚本当补反而泻其子，则脾土更虚，故补脾胃不宜用益黄散，而用异功散为宜，万氏对钱乙用金石过多而提出批评。总之，万氏不仅总结了唐宋以来中医儿科理论与实践，而且还结合自己的经验发展了中医儿科学，为中医儿科事业做出了杰出的贡献。
《幼科发挥》是万全所撰的一本儿科名著。共分为四卷，在第四卷里记录了一则医案，说明万全“以活人为心。不记宿怨”，至今读来仍然令人十分感动。下面特对这则医案加以简介：事情发生在明代嘉靖辛丑年(即嘉靖二十年，公元1541年)，罗田县富绅胡元溪有个4岁儿子于农历二月间患咳嗽，急于请儿科医生诊治。因胡元溪对万全有怨恨情绪，便故意不请万全。只请其他医生诊治。先后换了好几个医生，非但未能治愈，病情反而恶化。到了秋季，不但咳嗽加重，而且“痰血并来”。到了农历九月间，病势更为严重，已经到了“事急矣”的危急状态。实在不得已，胡元溪这才决定改请万全给儿子看病。事前还专为此事求神卜卦，直到得了吉祥之卦这才来请万全。万全虽然对胡元溪很反感，相处很别扭，但他认为此时抢救小儿性命最为要紧，其他均不宜计较，应当胸怀宽广地对待此事。他说：“予以活人为心，不记宿怨”。于是立即前往胡家诊治。
万全对胡家小儿进行了详细的诊察，又查看了前面几个医生所开的处方。确认是由于误治导致病情加重。本来春季应当抑肝补脾，以滋肺之化源，而医生误用了泻肺的方法；夏季应当清心养肺，治以寒凉，而医生误用了温热之药治疗。现今时值九月，乃深秋时节，“必与清金降火润肺凉血”之方药治之，而且“非三五十剂不效也。”于是，万全对胡元溪说：“令郎之病，肺有虚火，幸过深秋，金旺可治。予能愈之，假一月成功。”胡元溪却说：“何太迟也?”万全耐心地解释说，此病已经拖了半年多时间，迁延日久，必须要个把月才能治愈，三五天是无法治好的。胡元溪终究抱着怀疑的态度。
万全给胡家小儿开了一个处方，叫做清肺降火茅根汤。其组成药物如下：天门冬、麦门冬、知母、贝母、桔梗、生甘草、陈皮(去白)、枳壳、阿胶、黄芩、苏叶等水煎，取白茅根汁和饮之。“五剂后，咳减十分之七，口鼻之血止矣。”胡元溪却嫌好得太慢，他怀疑万全不肯全力以赴地下工夫治疗。又改请新的医生万绍来诊治。有人对万全说．胡家既然不信任你，你从此即可以撒手不管了。万全却语重心长地说：“彼只一子，非吾不能治也。吾去彼再不复请也，误了此儿。非吾杀之，亦吾过也。”他决定留下来看新的医生万绍怎样处方，若处方对症则放心离去，如药方不妥就会提出修改意见。万全果然发现万绍所开处方很不对症，当即提出修改意见，万绍却拒不接受。胡元溪也帮腔说这是秘方，不必修改，并且怀疑万全是在嫉妒同行。万全说：“吾为此子忧，非相妒也。”万全不无忧虑地摸着小儿的头说：“(此药)且少吃些，可怜疾之复作奈何?”说罢，不辞而别。
胡家小儿吃了万绍所开处的方药之后。咳嗽复发，而且气促吐血，病势陡然危重起来。孩子哭着说：“吾吃万(全)先生药好些。爷请这人来，要毒杀我。”胡元溪的妻子“且怒且骂”，大骂丈夫愚蠢固执，不该辞退万全而另请他人。胡元溪到了此时才感到后悔不已，只好硬着头皮再次前往向万全求治。其时，万全正在朋友家饮酒已经大醉，胡元溪只好赶到那里等待，直至夜半万全酒醒，胡元溪一边检讨，一边恳请万全再次出诊。万全长叹一声说：“早听吾言。不有此悔。要我调治，必去嫌疑之心。专付托之任，以一月为期。”万全重新来到胡家，胡元溪的妻子当即取出白银五两做酬金，并说待孩子痊愈后再付白银五两作为酬谢。万全说：“只要信我用我，使我(集中精力)治好了，不在谢之多少也。”万全仍然开处润肺降火茅根汤予以加减化裁而治之，效果良好。仅仅历时17天就将胡家小儿治愈。
上述医案说明，明代著名儿科医家万全不但医术十分精湛．而且医德非常高尚，至今仍很值得人们效法和学习。
万全一生，既忙于诊务，又勤于笔耕，用了几十年的时间，总结和整理了祖辈和自己的临床实践经验，写出了数十卷很有价值的医书。每写一卷，他的弟子就辗转传抄，流行全国各地。
万氏广纳前人经验，继承家学，著书立说，撰有《保命歌括》35卷，《伤寒摘锦》2卷，《养生四要》3卷，《内科要决》3卷，《幼科发挥》4卷，《育婴秘诀》4卷，《痘疹心法》23卷、《片玉新书》5卷，《片玉疽疹》13卷，《广嗣纪要》16卷。合为《万密斋医书十种》，凡108卷，70余万字。此外，有手秒墨本10余种，现存有《万氏外科心法)、《酒病点点经》、《万氏秘传眼科》，并收集到刊本《痘疹歌括》和《幼科指南》。
其中著名的有《万氏家传妇女科》、《文嗣纪要》、《育婴秘诀》、《痘疹心法》、《伤寒摘锦》、《保命歌括》等10部，具有较高的医学价值，收入《四库全书》；另有秘传抄本27部，可惜只传存下来两部，即《万氏秘传外科》、《万氏家传点点经》。他著的医书中提出了许多独到的见解，为后世所推重。万全晚年，将其毕生所精研的医学理论进行了总结，写成《万密斋医学全书》。全书共18种，150万字，被收入《古今图书集成》，后传到日本、朝鲜、东南亚诸国，为中国医学的发展和传扬作出了重要贡献。
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