大明立国之初，洪武、永乐年间武功之盛，直追汉唐，军备盛极一时，数次主动出击，横扫蒙古诸部落，边境晏然，无游牧民族敢无故犯境，并收天下精兵于京师，此乃居重驭轻之道也，亦是中央压服地方的依仗。仁宣时期，天下大治，武备渐废弛，而蒙古部落正在养精蓄锐，积蓄实力，轻易不敢犯边，企图有朝一日恢复先祖荣光，一举打下中原大地，享受花花世界。在这样的背景下，马文升来到了边疆。
一、加强军备，考核将校
正统年间，“土木堡之变”是大明与蒙古之间的一个战略转折点，大明精锐京营全军覆没，自此大明与蒙古之间攻守易势，大明处于守势，蒙古部落易时长犯边，西北大地就是边患泛滥区。成化以来，西北边患愈发频繁，幸得陕西巡抚马文升，知人善用，指挥得当，多次击败蒙古部落的侵扰，威名远播，保得地方一时宁静。马文升自陕西以来，知兵用兵惜兵，多次向朝廷建言，当重整武备，特别是两京武备，提升中央的军队战斗力，并严格考核将校，培养一批有谋略的武将，裁汰老弱，训练精兵。
第一，加强两京军备，增强军事实力，起到居重驭轻之用。马文升自担任兵部尚书以来，总领天下军马大权，深知大明军备之危机，军队之松懈，军士之辛劳，全国上下可用之军乏也，故亟需加强武备，整训出一只精兵，威压四方。大明实施两京制，两京分为北京和南京，北京为京师，是全国的政治中心，南京为留都，是制衡南方之所在，自此两京的重要性不言而喻。
大明建国以来的主要威胁在于北部蒙古部落，自南京迁都北平亦是军事因素思量较重，主要是为了预防蒙古部落，南京亦成为南方的中心。土木堡之变后，京营遭受重创，几近覆灭，虽于景泰年间重建京营，立十团营，但京营锐气已失，再难复洪武、永乐时的威势。成化以来，立十二团营，天下承平日久，再无大的祸患，京营渐渐废弛，军户逃亡渐多，武备荒废，战阵不通。对此，马文升于弘治九年提出，“申明洪、永操法，五日内，二日走阵下营，三日演武。”加大训练力度，力图训练出精兵，重振洪武永乐时期的盛世景象。
成化末、弘治初，蒙古部落又有兴起之象，边患渐趋增多，边镇实力大减，亟需朝廷增援，朝廷亦需要做好战斗准备，唯恐再次出现也先之乱。马文升认为，不单单是为了应对蒙古的犯边，增援边镇之需要，亦是为了增强京师的战力，威慑整个天下，支援国内任何一处地方，起到居重驭轻的作用，“且国家所恃以安者，惟在军马精强，甲兵坚利，将官得人。”
马文升多次上书朝廷，针对当时国内外的形式，特别是外患之严重，详细论述京营的弊端，并提出解决的办法，“乞敕御马监提督四营太监，调取四卫食粮官军文册，照册查选若干名，通前见操之数，共辏一万员名，就在本营，分为两班，如法操练，居常拱卫京师，遇警听调杀贼，庶武备益盛，而北虏闻之亦畏矣。”
马文升于成化时期担任南京兵部尚书，对南京兵备知之甚详，自永乐迁都以来，南京的地位有所下降，再加上社会承平日久，南京兵备甚是荒芜，防务空虚，而“江南之兵，大半运粮，其馀多在沿海备倭。”江南多地自然灾害严重，再加上宁王一脉虎视眈眈，遇有紧急事务，南京无险可守，南京忧矣，故而马文升曾上书朝廷加强九江等屏障南京的军备力量，“奏准于九江卫添设副使一员，专一整饬自九江直抵南京，沿江一带卫所兵备，以防不虞。”
而南京为太祖龙兴之地，战略地位十分紧要，遇有险情，江南再无精兵强将征调，江南亦忧也。故而马文升从全局考虑出发，为了进一步加强南京守备力量，向朝廷提出，“乞降敕南京守备内外官，自今各要同心戮力，彼此协和，操练军马，振扬威武，严谨门禁，防察奸宄。照依在京提督太监总兵事例，不时轮流亲诣各教场提督操练，务使军马强盛，威武奋扬，门禁谨严，关防详密。”
第二，严格考核将校，培养军事指挥人才。马文升自在兵部任职以来，充分发挥自己的军事才能，深刻的反思了大明内外的防务情况，以及深入对地方及京营军队战斗力的认识，察觉到了其中的严重不足之处，特别是统兵大将的自身不足，“国家承平日久，武备渐弛，将材乏人。”马文升从国家安全防务角度出发，加上自身从军经历，认为战争莫过于选将，将领是一个军队的灵魂人物，是克敌制胜的关键所在，“将者三军之司命，国家安危之所系，得其人，则四夷畏服，而国家安。非其人，则四夷猖獗，而国家危。所以自古欲安中国，而慑服外夷者，必以选将为首务。”
《武经七书》的刊发有利于加强对武生的教育，培养出有勇有谋之将才，提高军事指挥官的军事才能，有利于军队战斗力的提高。马文升对地方武备也做了充分的安排，“至弘治中，本兵马文升虑武职不修，议增副佥一员，敕之。自是兵备之员盈天下。”在分割武将权利的同时，加强朝廷对军队的掌控力，本意有利于军事训练和战斗力的提高，间接提升了大明军队地方武将的素养，有利于协调文武不和现象，起到了润滑剂作用。
二、西北边事的妥善解决
大明立国之初，特别是洪武、永乐时期，军容鼎盛，西北边事宁静，无大规模军事冲突，“边境晏然，无事干戈。”自正统以来，西北边患渐起，以甘凉、陕西为重，数次被侵扰。成化年间，北虏多侵扰陕西等地，甘凉地方边境祸患减少，边境稍有宁静。自成化二十年以来，陕西等地边防加固，侵扰不便，甘凉等地地方守将疏忽懈怠，军马松懈，故而甘凉忧矣。大明边患主要集中在西北，西北是重灾区，亦是边防重点，诚可谓中原之藩篱，不可谓不重也。
西北以甘凉为重，甘凉亦为关中之屏障，西北有失则关中震动，而哈密则为大明在西北的代言人，是西域诸国与大明朝贡的关键节点，亦不失为甘凉之藩篱。故而马文升十分重视甘凉和哈密等地，并采取有效措施，有效的解决了西北边事。其一，在现有边防卫所的基础上，防守甘凉，继而屏藩关中。大明西北，甘凉地区与陕西互为一体，荣辱与共，陕西为甘凉地区提供后勤保障，而甘凉地区则是陕西的一道笆篱。
成化以来，陕西遭受了蒙古部落的多次掠夺，府库空虚，边军困苦不堪，民众受苦亦众，“况今各处府库，未见充实。陝西人民，未获苏息，供给转输，赖之何人。及甘凉一带，见今亦有声息。而哈密地方，又被残破。”成化二十年以来，甘凉地区，复被侵扰，边地军事力量不足，边将不敢撄其锋芒，兵马出现短缺，粮饷严重不足，特别是粮食的供给，“况尔因甘凉等处阙粮，陝西临巩二府人民，巳经儹运数次，困苦不胜。”
面对内部的严重情形，特别是后勤供给出现困难，甘凉地区兵马不足，不能也没有足够的力量进行主动出击迎战敌军，故而马文升主张在甘凉地区采取守势，待国内休养生息，积蓄力量，调用客兵，增加甘凉地区军事力量的不足，以图一举击溃来犯之敌，“方略早定，人马预集，务使此虏大遭挫衄，不敢犯我边方。”其二，明军出边，收复哈密。哈密为大明西北外在之藩篱，是西域诸国朝贡必经之所在，是大明“以夷制夷”政策的实践，受大明的册封。
永乐时期，“乃即哈密地封元之遗孽脱脱为忠顺王，赐金印，令为西域之襟喉，以通诸番之消息。凡有入贡夷使、方物，悉令此国译文具闻。”后置哈密卫，在一定程度上加强了大明与哈密的联系。成化年间，哈密王病故，王母理政，于成化七年，被吐鲁番锁檀阿力王掠去，哈密覆灭。成化十八年，“甘肃守臣乘间奏，以王母外甥畏兀儿种类都督罕慎袭封为王。”而罕慎并非王族后裔，虽获王位，但亦为自身招来祸患，哈密内部对其不服者甚众，外部吐鲁番威胁依然存在，诚可谓内忧外患之象也。
故弘治元年，吐鲁番锁檀阿力王之子阿黑麻以罕慎非贵族为借口，杀掉罕慎，继而向大明进贡，要求册封自己为哈密王。时马文升为兵部尚书，从当地夷情出发，并贯彻朝中“以夷制夷”的方针，驳回其请求，并下旨严厉斥责之。马文升向孝宗详细分析了罕慎被杀的因由，并介绍了哈密内部的夷情，主要分为三种番夷，需要哈密王族后裔才能慑服三大部众，使内外皆心服，兴复哈密。
三、总结
明军攻克哈密，声震西域诸国，“阿黑麻以是畏威悔过，计无所出，遂遣使入贡，并以陕巴、金印来归，且求写亦满速儿等，时弘治九年也。”哈密自此光复，忠顺王陕巴得以顺利稳居哈密，“自是阿黑麻感畏朝廷恩威，并黑楼国等处咸遣夷使入贡，诸番无警，边方底宁，而九重亦纾西顾之忧矣。”西北的屏障无忧矣。
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