生态农业旅游项目运营管理模式一：自营式
生态农业旅游景区所有者自主成立景区管理公司，对景区的经营权、管理权作统一运作。
适用对象
成熟型或正步入成熟型的旅游景区；
旅游景区拥有专业的运营团队和管理机制；
某些政府所有权下的旅游景区。
特点
在这一模式中，生态农业旅游景区实行非企业型治理，经营主体是景区管理机构。但景区管理机构隶属于当地旅游局。这一模式中，景区的所有权与经营权、开发权与保护权互不分离。景区管理机构既是景区所有权代表，又是景区经营主体；既负责景区资源开发，又负责景区资源与环境保护。在这一模式中，旅游景区的经营总体上以市场为导向，以谋求旅游景区的发展为主要目标。
增强管理人员对景区的认同感、归属感。
生态农业旅游项目运营管理模式二：委托式
委托式形式一：全权或部分委托
生态农业旅游景区所有者将景区全部或部分的经营权、管理权交给具有较强经营管理能力，并能够承担相应景区经营风险的法人或自然人去有偿经营，以明晰景区所有者、经营者责权利关系的一种经营管理方式。
1）全面托管
景区所有者或经营权拥有者将景区的经营管理权限全部委托给托管方，自己主要起协助和监督作用。适应于经营不景气，管理较混乱，目前盈利能力较差但发展前景较好的景区。
2）部分托管
将景区中某一个环节或部分经营项目委托给其他单位经营，如景区内部管理、市场营销、景区中某一个或几个经营性项目等。适应于整体经营状况良好，但某些方面或某些项目因为人才资源等原因存在问题的景区。
适用对象
经营恶化、挽救乏术、濒于倒闭的生态农业旅游景区；
暂时能够维持运转但已明显感到经营管理力不从心的生态农业旅游景区；
旅游景区重组存在体制性障碍；
旅游景区重组存在资金投入过大的障碍；
所有方未明确目标景区的未来前景，抑或本不想购买目标景区原始产权时。
优势
景区托管能有效实现所有权与经营权分离，提高旅游景区资产的运营效率，因而有利于资源的调动和旅游景区的整改，并有利于景区的中长期发展。
景区托管是景区引入有效的经营机制、科学的管理手段、成熟品牌等的便利模式，是降低管理成本、提高资本质量的重要途径。
景区托管是市场对旅游景区的各种生产要素进行优化组合，提高旅游景区的资本营运效益的重要方式。
劣势
短期全面托管一般为半年左右，时间太短了工作完不成，时间太长费用较高。
委托式形式二：顾问委托
在不改变景区所有权的基础上，通过专业化景区管理运作和运营谋划，帮助政府和企业发现价值、创造价值、提升价值、传播价值、共享价值，进行智力的注入，提供管理思路、营销技巧、员工培训、理顺管理等，实现景区全面增值。
适用对象
当运用其他方式进行景区重组时存在资金投入过大的障碍；
当买方主体一时说不准购买目标景区的未来前景，亦或本不想购买目标景区原始产权时；
如果靠自身的力量确实难以改变景区经营不景气的局面下，就需要考虑采用景区顾问式托管；
新景区因为没有开展过经营工作，很难确定经营目标，可以采用顾问式托管，由有经验的专业景区托管公司派驻专业团队帮助景区筹备开业事宜、编制经营方案、制订管理制度、搭建营销平台和培训人才队伍等，最终节省成本；
适应于整体经营状况良好，但某些方面或某些项目因为人才资源等原因存在问题的景区。
特点
既能保持所有权与经营权不分离，同时还能提高旅游景区资产的运营效率，因而有利于资源的调动和旅游景区的整改，并有利于景区的中长期发展；
是景区引入有效的经营机制、科学的管理手段、成熟品牌等的便利模式，是降低管理成本、提高资本质量的重要途径；
是市场对生态农业旅游景区的各种生产要素进行优化组合，提高旅游景区的资本营运效益的重要方式。
委托经营，业主轻松；提供包租，收益稳定；
景区缺乏关键人员，通过传帮带训练队伍，从而提高和改进企业管理水平；景区管理复杂和人员管理素质较差，帮助建立队伍和管理体系。
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