威斯康星大学源于1838年威斯康星领地议会通过的设立领地大学的法案。当时由数名高官牵头组织了校董会，但校董会在威斯康星正式作为一个州并入美利坚合众国的1848年之前并未完成任何实质性的工作。最终首任州长杜威(Nelson Dewey)遵照州宪法签署了成立大学的正式法案。著名教育家莱思罗普(John H. Lathrop)于1849年的秋天起担任了第一任校长，同年17名学生借用麦迪逊女子学院的校舍开始了他们的大学生涯。很快市区里的最初零点二平方公里的正式校址被划定下来，校园里的第一幢建筑北楼也与1851年竣工。大学的三层主楼巴斯克姆楼(Bascom Hall)于八年后完成，与州议会大厦遥相呼应，天文台设在一旁。主楼的穹顶于1916年毁于火灾，也并未再重建。
1854年最初的两名学生拿到学位，第一名博士梵海斯(Charles R. Van Hise)则要等到1892年。作为一名地质学家，他后来担任了威斯康星大学校长一职。在十五年任期之中，他提出了著名的「威斯康星理念」(the Wisconsin Idea)——大学的边界应该囊括全州，大学的研究也应该用于解决州内全体公民的健康、生活质量、环境和农业生产问题。这一传统对大学的方向方向有着深远的影响，直至今天也在激励教授和学生们学以致用，通过跨学科的手段解决实际问题。
随着时间的推移，大学逐渐开辟了其他的校区。密尔沃基校区于1956年成立，而绿湾校区和派克赛得校区则于1968年成立。1971年，州议员通过法案将威斯康星大学和威斯康星州立大学两大系统合并置于同一个校董会的管辖下。
上世纪六十年代末七十年代初，威斯康星大学麦迪逊分校成为了一系列学生运动的焦点。第一次大规模的示威是为了抗议在越战中提供凝固汽油弹的陶氏化学公司的校园招聘。在抗议中受伤的学生就有后来的麦迪逊市长索林(Paul Soglin)。另一个抗议目标是位于斯特林楼(Sterling Hall)的陆军数学研究中心。最终由激进学生制造的一起爆炸事件导致同楼物理系的一名研究员丧生。
生活威斯康星大学的主校区部分坐落于曼多塔湖(Lake Mendota)和莫诺那湖(Lake Monona)间的地峡上，以麦迪逊市区的街道为界。主校区占地三点七八平方公里，而包括全州各地所有研究中心的话共有四十三平方公里的面积。主校区的不少建筑都由建筑师詹宁斯(J.T.W. Jennings)和皮博迪(Arthur Peabody)设计，被认为是全美最美丽的大学校园之一。大学拥有自己的警察，食堂，医院，运动场馆，博物馆，发电厂和奶制品厂。在城市的西边，还有一座展示本地生态系统的植物园。
大学的研究型图书馆系统拥有八百三十万册藏书，在北美的研究型图书馆中排行十二，每年书籍流通要超过一百万册。阵亡将士纪念图书馆(Memorial Library)作为州内最大的图书馆，以三百五十万册藏书成为了校园里人文社科学者的主要研究中心。纪念图书馆还订阅当季期刊与国内外报纸，并拥有音乐分馆，数字藏书中心和一座凸版印刷博物馆。除此之外，有四十余座专业和专门图书馆服务整个校区。
长期以来，威斯康星大学以学术、政治运动和饮酒作乐而闻名。2009年MTV电视台的一名校友以八名大一新生的日常生活为主题导演了一部毁誉参半的真人秀。大学的学生活动由领导力与社区参与中心(Center for Leadership and Involvement, CFLI)主管，有超过七百五十余个注册在案的学生团体。威斯康星大学是全美唯一一个拥有两份学生日报的报纸，分别是创刊于1892年的《深红日报》(The Daily Cardinal)和创刊于1969年的《獾先驱报》(The Badger Herald)。著名的讽刺和假新闻报纸《洋葱报》于1988年被两名大三学生创立，后在2001年搬到纽约。学生广播电台自1997年以网络电台的形式播报了五年，后来终于得到了频道许可并拥有了自己的广播塔，所有学生均有参与电台运营的资格。
作为一所超大型公立大学，威斯康星是十大联盟(Big Ten Conference)的一员。大学的运动队以一只名叫巴基(Buckingham “Bucky” U. Badger)的卡通獾作为吉祥物。在2005-2006学年，学校历史上第一次有四个运动队（男子越野，男子冰球，女子冰球和女子轻量级赛艇）同时获得全国冠军。
学术威斯康星大学麦迪逊分校是威斯康星大学系统的旗舰校区，由涵盖几乎所有高等教育学科领域的二十所学院组成，大部分的科系都同时招收研究生。有大概一半的本科新生进入其中最大的文理学院就读，学习诸如天文、经济、地理、历史、语言学和动物学之类的专业。2008年，威斯康星大学授予的博士学位数目在全国排第三。2009年，大学收到了九亿五千万美元的研究经费，也是全国第三名。威斯康星是美国大学协会(Association of American Universities)的创始会员之一，也是院校合作委员会(Committee on Institutional Cooperation)的参与者。
威斯康星大学的学术气氛较为严谨。其拥有不少全美排名前十的专业，考试打分也相当严格。虽然不同的学院对通识课要求不同，但几乎所有本科生都必修数学和科学，外加至少一门外语。为了满足毕业要求，学生们还必须在数量推理、学术沟通以及民族文化这三方面有所涉猎。对于希望在学术上独辟蹊径的学生，大学提供综合博雅研究(Integrated Liberal Studies, ILS)这一独特项目，让学生以跨学科的形式体验博雅教育。虽然大学的规模可能会令人生畏，但一系列的新生专属的活动，如研讨班和兴趣小组，能够帮助大一学生尽快的融入环境并利用起学校方方面面的资源。自信、自觉并努力寻找志同道合朋友的学生很快就能在校园里如鱼得水。
大学设有百余个研究中心和项目，从农业到艺术，从教育到工程。自该校教授汤姆森(James Thomson)首次分离出人类胚胎干细胞以来，威斯康星已经成为一个主要的干细胞研究中心，受到全世界生物和医学研究者的关注。下属的引擎研究中心(Engine Research Center)与通用汽车公司已经签订了为期五年的合作协议。作为一所海洋基金大学，威斯康星在数以百计的同美国东西海岸、五大湖及其他海洋区域相关的科研和培训项目中扮演活跃角色。
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