钱穆在《中国思想史》中比较中西思想的异同：西方思想大体分为三系，一宗教，二科学，三哲学。宗教与科学虽然对立，然而两者所求的真理都是独立于人生的，即所谓“向外觅理”。西方哲学要么源于宗教，主理性；要么依傍科学，主经验；还是向外觅理。中国思想则不同，其认为“真理即内在于人生界之本身”，可谓之“向内觅理”。所以中国的宗教、科学、哲学都不发达。然而西方思想过于偏重自然（理智）而轻人文（情感），所以还需中国思想来补全。西方思想是先知天，后知物，而后方知人；中国思想正相反，是先知人，而后把人性推及于物，再推及于天。西方思想是把人从天地万物中抽离出来，在对立的方向观照；而中国思想是把人包裹在天地万物之中，从中心点环视。于是西方思想中充满各种对立（宗教与科学，唯心与唯物，个人主义与社会主义），而在中国思想中，天与人可交流可合一，未有严格之划分与冲突。中国思想中有近于西方宗教者如墨子的“天志”，然而反对者论其不近人情。中国思想中有近于西方科学的庄老之“道”，然而反对者论其“知有天不知有人”。中国思想中有近于西方逻辑哲学的名家惠施，然而反对者论其“足以服人之口，不足以服人之心”。由此可见，中国思想的主流实为“人生哲学”。
钱穆在《中国思想史》里论述春秋时代的思想：在孔子稍前，有郑国的子产和鲁国的叔孙豹。子产认为人先有肉体后有灵魂，人死后灵魂也会消散。这是中国与其他国家截然不同的思想。所以子产把人的生前死后的问题看得轻，而看重人生实际过程中的问题，即所谓“天道远，人道迩”。而叔孙豹认为人生的三不朽为立德、立功、立言，而不是“灵魂不灭”。按西方宗教思想人应该活在上帝心里，而中国思想却认为人应该活在后人心里。以上就是产生孔子思想的时代背景。孔子最重要的思想是“仁”。仁即爱人之心，乃人类所固有，所同有，失此心则为禽兽。仁是人人可以达到的，是一种内在的必然，然而其又受制于外在的偶然，即所谓“命”。孔子把“命”来阐述宇宙界，把“仁”来安定人生界。既然“命”不可测不可把握，那么就一心追求可以把握的“仁”。这可概括为“知命”与“求仁”。“仁”由内心而扩展到人际关系，就有了“礼”。礼本是一种宗教仪式，是人与天、神、鬼的感通，孔子把此意转移为人与人的连接。人生在宇宙中的节制是“命”，个人在人生中的节制是“礼”，而“仁”则是人所能及范围内的自由。这就是“仁”、“命”、“礼”的关系。所以孔子并不考虑子产关于人死后是否有魂的问题，也不考虑叔孙豹人死后能否不朽的问题，孔子只考虑人能否尽其心而达于仁，能否于当下圆满的问题。
钱穆在《中国思想史》里论述战国时代的思想：孔子之后有墨子，墨子极端反对孔子。墨子认为儒家的爱是有差别的爱，儒家的礼使人不平等，所以墨子主张“兼爱”。然而人与人有差别是一个事实，于是墨子提出“天志”，从天的观点看，则是人人平等的。然而受当时的经济水平所限，“他不能让人平等过高水准的生活，便只有先教人平等过低水准的生活”，所以墨者“以自苦为极”。所以后来庄子批评道：“墨子虽然存心为天下人着想，但天下人之心，却不能接受墨子那般的想法呀！”墨子之后有杨朱，杨朱极端反对墨子。墨子讲“兼爱”，杨朱讲“为我”，“拔一毛而利天下，不为。”杨朱认为，人人自爱，各自为我，则天下自平。然而孟子批评说，墨子是“无父”，将家庭秩序破坏；杨朱是“无君”，将政治秩序破坏；“无父无君，是禽兽也”。孟子反对杨墨，又回归到孔子。孟子对儒家的新贡献是提出了“性善论”。“善”是人心所固有，所同有的。人心向善如同水之就下，是一种自然属性；然而外力亦可强迫使水上扬，但那只不过是“势”而已，人心向恶也是如此。于是孟子说，“人皆可以为尧舜”。
钱穆在《中国思想史》里论述战国时代的思想：与孟子同时有庄子，与孔、孟、杨、墨思想偏人生界不同，庄子思想偏宇宙界。人生有限而宇宙无限，于是庄子导出齐物论，若以有限的人生去看宇宙则“彼”、“是”有分，若以无限的宇宙来看人生则“彼”、“是”无别。于是就没有了“生死”、“是非”、“好恶”的对立，而只有以“是”为中心，以“彼”为外围的圆环，于是原来相对的事物在此可以并行不悖。于是有“无适”，即“彼”、“是”不相往来。于是有“约分”，即各守各的界限。然而宇宙中一切现象都是变动无常的，庄子谓之“化”。庄子理想的人生为“与化为人”，即把人安放在宇宙的大环之中。庄子又指出“化”的本质是“气”在变化。万物有化，而气无所化，能游于不化之境者谓神人。中国后来的神仙思想即源于庄子。然而庄子所谓神人，依然是人，而不同于西方宗教里另一世界的神。若说孔孟杨墨的思想是“道德人生”，那么庄子的思想则是“艺术人生”。于是后来的中国思想界，遇盛世则积极，讲道德人生，尚孔孟；遇衰世则消极，讲艺术人生，尚庄老；遂形成了孔孟与庄老递兴递衰的局面。
钱穆在《中国思想史》里论述战国时代的思想：与庄子同时有惠施，惠施是庄子密友，然而两人思想绝不相同。其实庄子与孔子也有相似之处，他们的思想都从实际人生体验中来；而惠施则近似墨子，以及西方的逻辑学家，他的思想从思辨理论上来。惠施之后有公孙龙，两人都是“名家”的代表。惠施讲“合同异”，公孙龙讲“离坚白”、“白马非马”。其理论都是从人类语言的层面分析而得出，而忽略了人类语言并不能完全恰合人类的心意。于是庄子说：“言者所以在意，得意而忘言。”名家其实是从墨家演变而来，他们想从名言异同的辨析上来支持墨义，教人“兼爱”。然而他们“一面经不起庄子在思想方法上之抨击，一面敌不住孟子在人生实践上的主张”，于是盛极一时的墨学就难免衰落了。
钱穆在《中国思想史》里论述战国时代的思想：庄子、惠施之后有荀子，荀子也是儒家，然而与孟子不同，孟子讲“性善”，荀子讲“性恶”。荀子认为“善”是出自人为而非自然，此见太狭隘，所以后来的中国思想界还是承袭孟子。孔孟言礼，是从人与人之间的“爱”与“敬”出发，荀子则改成从人类经济生活之利害上出发。孔子的知命之学，还留有一条天人相通之路，荀子则把天人的界线划得太清了，变成了天人对立，“制天命而用之”。所以荀子的思想是强调理智而忽略情感的，其对人群也如对物一般，只从外边着眼，而没有一种人与人之间情意的相通。所以荀子从智识的层面将人分成四等，大儒、雅儒、俗人、俗儒。其中俗儒又称奸人，他们虽有一定智识，但是他们的智识只能够惑人心、乱法纪，这种人当诛。荀子这一理论后来转为法家，韩非、李斯都是荀子的弟子，这也是荀子思想“偏智不仁”的必然结果。
钱穆在《中国思想史》里认为《老子》一书出自庄子之后、荀子稍前。老子的重要观点几乎全从庄子引申而来，然而又有许多不同。老子讲“长生”，庄子没有讲，庄子只讲“神仙”；后来的道士则把两者集合为一了。老子讲“治国”，庄子没有讲；庄子的思想近似西方之无政府主义，老子的思想近似西方之民主政治。老子讲“用兵”、“取天下”，庄子更没有讲；所以老子虽尚自然但还是求功利，虽宽慈但还是精算计，所以此后中国的黄老之学就变成权谋术数了。韩非是荀子的学生，同时他的书中又很推崇老子。之前的孟荀庄老，都是从全人类的立场来阐发其思想，而韩非的思想却只是为统治阶级服务。韩非心中之政治，只是驾驭民众；驾驭之道，则恃刑赏法术。韩非师从荀老，最后又反对其师，最终导致了秦始皇焚书坑儒。所以钱穆痛责韩非为“中国思想史里一黑影、一污点”。
秦汉时代，国家归于统一，思想界亦要求调和融通，归于统一。钱穆在《中国思想史》里称之为“新儒家”的一派，先融会了儒、道，再融会了百家，对此后中国思想界影响巨大。他们的代表作为《易传》、《中庸》、《大学》、《礼运》，这些书的作者是谁已不可考，然而都是伟大的杰作。庄老的宇宙论，不信有创造宇宙的上帝，也不信人的智慧可以主宰宇宙，可说是近于“唯物”；但是他们对物的观念重在其流动变化，可说是“气化的一元论”。《易传》、《中庸》在此观点上更进一步，指出在万物的流动变化中有一种内在的固有的性格与特征，故说是“德性一元论”，这是中国思想史中之特创。《易传》、《中庸》即用此观点来求人生界和宇宙界之合一，这就是中国思想史里所谓的“天人合一”。庄老认为宇宙一切事象都是对立的，《易传》、《中庸》则认为，在对立的两端之间还有一个中间过程，因此两端看似对立，实则彼此相通，一以贯之。因此在对立的矛盾本身上求得了统一，此即儒家所谓的“中道”。因此《易传》、《中庸》不失孔孟传统，而终与庄老不同。《大学》一书为儒家政治思想的代表，专论人事，不涉天道。《大学》三纲领为，明明德、亲民、止于至善；八条目为，格物、致知、诚意、正心、修身、齐家、治国、平天下；其中最重要的是“修身”。《大学》的贡献在于把复杂的人生界用一种简单的观念与系统概括了，这是人生哲学的一元论，也是一种德性一元论，即把全人类追求的至善之境界分担到每一个人的修身上。《礼运》与《大学》异曲同工，都是要完成一理想的人文社会之“乌托邦”，只不过《大学》偏重政治，《礼运》偏重经济。《礼运》思想还是儒家的推演，但提高了“道”的地位，抑低了“礼”的地位；亦融合了墨家的观念。由此可见当时思想界调和百家的努力。
钱穆在《中国思想史》里说南北朝、隋、唐是一个佛学时代。佛学能在中国生根发芽有四个原因。一，佛学以人格观念而发挥平等义，不信外力、天帝，而崇内力、自力。二，佛学依法不依人，重实践尤重于思辨。三，佛学虽出世，但重在对人生实相的分析与理解，从人生观而建立宇宙观。四，佛学不取固定的灵魂观，不主张偏陷的唯物论，而采取一种流动的生命观。这四点与中国传统的思想相合。佛学在中国的发展经历了三期。一是小乘时期，宗教气味浓，此与中国民间阴阳巫道相配合。二是大乘时期，重在宇宙论，哲学味胜过了宗教味，与中国的庄老玄学相扶会。三是天台、贤首、禅宗时期，此为中国僧人自己创辟之新佛学，重在人生界之自我精修，内心密证，生活上的实践胜于哲理上的思辨。有两位高僧对佛学的中国化有巨大贡献，一是南朝的竺道生，一是唐朝的慧能。竺道生提出“顿悟”和“佛性人人本有”。生公说“信”是信奉外面教言，“悟”则发乎内心知见，“悟发信谢”，开悟了，信便凋谢了，这就冲淡了宗教的信仰精神，而靠近中国的传统思想了。仅能信受佛法，佛法仍在我外，必须自心开悟，佛法始与我为一。此种开悟，既是“佛性”。然而为何是“顿悟”而非“渐悟”？因为“理”是不可分的一个整体，所以必须悟其全体，不可今日悟一些，明日再续悟一些。悟是悟此死生实相，悟此死生真理，一达悟境，即证无生，既是涅槃，其时则一切无分别，一切是真，故一念而无不知，是时既是顿悟成佛时。生公所悟启发了之后天台、华严、禅三宗，尤其是禅宗。慧能被称为禅宗六祖，其实是禅宗开山。佛教中有禅宗，恰似西方有宗教革命。慧能常劝僧众，即自见性，直了成佛。生公顿悟，如登高山，最后一步始达山顶；慧能顿悟，如履平地，步步踏实，脚下既是。生公教人见“佛性”，慧能教人见“自性”，故说“即心即佛”。所以慧能只是在讲自己心悟，而不是在讲佛经。慧能追求的是一种越离于外在对象所拘限的自在知见与自在关照。只许你有“知见”，不许你有“所知见”，而且还“住着”在“所知见”上。所以得明一切法而无念、无相、无住、无着。烦恼与菩提，同是一知见，同是一心，所异在有相与无相，着与不着。所以后来禅宗的种种公案都是讲一个意思，教人不要“执着”。
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