作为金陵十二钗之一，虽出场较其他钗而言少的可怜，但秦可卿的仍是最令读者感兴趣的人物之一，甚至在红学中诞生了一门专门研究秦可卿的“秦学”。
关于秦可卿，读者们实在有太多不解，秦可卿的身世是否有何隐情？为何区区一个养生堂抱养的弃婴能嫁入宁国公府成为少奶奶？秦可卿与贾蓉婚姻到底如何，为何夫妻两全程毫无交流？贾珍与秦可卿究竟什么关系，是否与焦大醉骂有关？……凡此种种，不肖多记，而相较于以上问题，秦可卿的之死更令人疑惑。
秦可卿到底得了什么病？
关于秦可卿的病情，文本中曾有几处提及。在第十回，尤氏与贾璜的妻子就说过：
“他这些日子不知怎么着，经期有两个多月没来。叫大夫瞧了，又说并不是喜。那两日，到了下半天就懒待动，话也懒待说，眼神也发眩。
因几个大夫都无法确诊是喜是病，贾珍在冯紫英的推荐下请来一位名医张友士，据其所言，秦可卿的只是月经不调，经期延后，一旁的婆子更加以佐证：
“何尝不是这样呢。真正先生说的如神，倒不用我们告诉了。如今我们家里现有好几位太医老爷瞧着呢，都不能的当真切的这么说。有一位说是喜，有一位说是病，这位说不相干，那位说怕冬至，总没有个准话儿。求老爷明白指示指示。”
所以，根据这么些人所言，秦可卿的病症只是月经不调而已。张友士开出的药方基本也是滋阴补血一类，主要针对肝郁气滞引发的月经延期。
可问题就在于此，论理，月经不调属一种常见病症，大多数妇女都会有过此类问题，可秦可卿面对这一病症却出乎意料的悲观，在与王熙凤谈话时，甚至露出了自知命不久矣的情态来：
“这如今得了这个病，把我那要强的心一分也没了。公婆跟前未得孝顺一天，就是婶娘这样疼我，我就有十分孝顺的心，如今也不能够了。我自想着，未必熬的过年去呢。”
由此可知，秦可卿得的病表面看似月经不调，其实她才是最了解自己病症的人，秦可卿怀孕了。
从以上个人所论述的病症，月经延期，半天懒待动，眼神眩晕，哪一样不是怀孕的样子？所以在王熙凤安慰秦可卿时，贾蓉在一旁说到：“她这病也不用别的，只需吃得些饮食就不怕了”，怀孕中的秦可卿原本不思饮食，加上精神紧张，日渐消瘦情理之中。
既是有喜，当高兴才对，秦可卿为何会闷闷不乐，郁郁寡欢？大抵，是因为怀的不是喜，而是忧。
早在第七回，焦大醉骂中提及“爬灰的爬灰，养小叔子的养小叔子”，众人唬得魂飞魄散，焦大骂的是谁呢？文本有写到“焦大越发连贾珍都说出来”，故而骂的是贾珍无疑，而此回回目脂批“焦大之醉，伏可卿之病至死”，秦可卿得了什么病？为何与焦大醉骂有关？自然因为秦可卿的“病症”与贾珍有关。
秦可卿与贾珍“爬灰”，而正好有了身孕！
贾珍与秦可卿的暧昧关系，即便作者再想隐遁仍有不少蛛丝马迹，秦可卿死后贾珍的种种表现等同将两人关系公开化般，尤氏和贾蓉却像无事人般，尤氏正巧生病，贾蓉无处可寻，只有贾珍如丧考妣，拄拐痛哭。《礼记》有记，拄仗是上古礼仪，因丈夫的地位较妻子高，妻子死后不能披麻戴孝以致哀，故拄杖表示哀痛。如此无异于向世人公布“秦可卿是我的妻子”。
对于众人劝问“如何料理丧事要紧”，贾珍只拍手道：
“如何料理，不过尽我所有罢了”，蒙双行夹批：“尽我所有”，为媳妇是非礼之谈，父母又将何以待之？故前此有思织酒后狂言，及今复见此语，含而不露，吾不能为贾珍隐讳。
贾珍之露骨，连批书人都直呼无法隐瞒，贾珍与秦可卿的私通基本可以断定。而葬礼上贾珍说的一句话更令人不解，
“谁不知我这媳妇比儿子还强十倍。如今伸腿去了，可见这长房内绝灭无人了。”
秦可卿再优秀，再得人心，毕竟也是个儿媳妇，但凡贾蓉还在，续弦即可，何愁没有子嗣？贾珍出此语不显得荒谬吗？只有一种可能，就是贾蓉没有生育能力，而秦可卿有了贾珍的孩子，原本可以掩人耳目，移花接木，不想秦可卿却香销玉沉。
秦可卿为何要死，张友士都曾说过，“大奶奶是个心性高强的人，聪明忒过，则不如意事十有八九”，从一个出身不高的小门户女子，成为宁府上下交口称赞的少奶奶，秦可卿需要费尽多少思量和计算？尤氏不是说来？“凡事都要思虑三四天”。这样一个秦可卿，无论她与贾珍是否是真感情，都是为人所不齿的乱伦之情，秦可卿一心追求完美，别人一句话都要琢磨几日，听到焦大那么一骂，岂不如当头棒喝般？
故而，在自己经期延后后，秦可卿便已惴惴不安，唯恐别人知道了去，而最终让秦可卿决定自尽的，大多因为丈夫贾蓉。
在太医张友士看病期间，贾蓉连发三问，大意是秦可卿“这病还能不能治”，其他一概不问，细心人一听便知，贾蓉是在希望秦可卿早点死呢。外面舆论纷纷，身边人杀机重重，内外交困，四面楚歌。如此境况，倒不如早早魂归太虚幻境的好。
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