一、历经多次机构改革，食品药品监督管理体制仍不不健全，机构设置五花八门。在最近的一次机构改革中，有的地方保留了食品药品监督机构，有的地方将食品药品监督机构划归卫生部门管理，有的地方干脆撤销了食品药品监督机构，谁来监管都成了问题。
二、专业人员、监督经费短缺，食品药品监管难为无米之炊。食品药品监管局组建以来，职能不断改变，不断增加，但人员一直不变，经费一直不变。例如某省级局2000年成立，编制为94人，职能为药品全过程监管。2003年改革增加食品综合协调职能，编制仍然为94人。2008年再次机构改革，取消省以下垂直管理，增加餐饮监管、保健品监管、化妆品监管，编制仍然是94人！智能变了，任务变了，但人还是这些人。药监局的人不但要做好过去的药品医疗器械监管，还要学习食品知识、化妆品知识、保健品知识。挑战可想而知，难度可想而知。
这还是省级单位，市级、县级就没那么幸运了。有的市药监局与卫生局合并，市县局机构编制和经费大幅减少。一个县级食品药品监督管理局十来个人，需要承担全县的餐饮安全、化妆品安全、保健品安全、药品安全、医疗器械安全等等，怎么可能应付得了？更有的地方药监局甚至连发工资都成问题，繁重的工作和微薄的收入使得一部分人主动辞职，导致专业人员大量流失。
三、检验设备、机构建设落后，难以适应监管需要。食品药品监督管理的重要支撑是技术监督，例如重金属、色素，不是凭肉眼、凭经验就能鉴别出来，需要有专业的机构和仪器设备才能胜任。遗憾的是目前全国县级食品药品检验机构凤毛麟角。即使在市级食品药品检验机构，检验能力也极其有限。而现在假劣食品药品恰恰在城乡结合部、县级以下乡镇和农村高发。加强基层食品药品检验投入迫在眉睫。
食品药品安全是重大民生问题，要想长治久安，需要多方合力，群防群治，形成社会共识，不是某一个部门的责任，也不是某一个不能所能胜任的工作。食品药品监管部门作为这项工作中的重要组成部分，尽职尽责义不容辞。如何建设一个稳定的、统一的、高效的、权威的、合理的食品药品监管体制，对保证科学有力安全监管至关重要
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