人类的胃肠道含有数万亿的微生物，其中包含近1000多种细菌，统称为肠道微生物群，其在宿主体内发挥着重要的功能，例如阻止病原体入侵，促进消化和营养吸收，合成维生素（K和B）和激活免疫系统。
同时，肠道微生物具有影响我们大脑发育和行为的潜能。肠道和和中枢神经通过释放信号分子进行密切的交流互作，肠道微生物群也参与这一互作过程，被称为被称为微生物-肠-脑轴。
独特的微生物群
对个体而言（即便是同卵双胞胎），肠道微生物群的构成是独特的，并且受到饮食、疾病、年龄等诸多因素的影响。胃肠道在个体出生时几乎是无菌的，但是很快就转变为含有多种微生物的肠道环境。这个肠道微生物群的组成取决于诸多因素，包括：
母亲肠道的微生物群组成
出生方式（顺产、剖宫产）
早期的喂养方式（包括母乳喂养和婴儿食品喂养）
早期生活状态，譬如疾病和压力
抗生素和其他药物的施用
卫生条件
生活环境
直到三岁时，肠道微生物群基本稳定；在成年之前，肠道微生物群以稳定的速度持续进化。
肠道稳态失衡如何影响情绪？
有益菌群和有害菌群间的不平衡，称为“生态失衡”，这一失衡涉及一系列与神经系统、胃肠道和心理相关的疾病。早年生活压力，包括心理虐待、性虐待、生理虐待，会增加往后生活中胃肠道疾病的风险。这一确切机制尚不清楚，但可能与肠道菌群的稳态失衡有关。
压力和心理因素可以使功能性胃肠道疾病恶化。近期的一个动物研究显示，承受压力2小时就足以改变肠道微生物群的构成。
另一个研究表明，2周的压力应激影响小鼠肠道微生物群组成，引起与焦虑相关的行为。研究人员发现，具体的焦虑相关的行为和肠道微生物群构成之间的关系。同时还发现，罹患胃肠道疾病的人群对创伤后压力综合症等焦虑相关行为更加易感。
益生菌的作用
益生菌是一种活的微生物，数千年来，益生菌通过促进有益肠道微生物群的构建来发挥益生作用。乳酸杆菌和双歧杆菌是最常见的益生菌。
益生菌的益生机制还不是特别清楚，但越来越多的证据表明，益生菌通过促进有益微生物的定植来改善肠道微生物群。
到目前为止，用益生菌治疗功能性胃肠疾病的效果喜忧参半。这可能是因为并非所有的益生菌都是一样的，而且同一益生菌在不同宿主体内可能产生不同的功效。然而，益生菌在功能性胃肠疾病和精神类疾病的治疗方面仍具有良好的应用前景。特别是，近期的研究发现了一类益生菌，因其具有抗抑郁或者类似效果而被列为“心理益生菌”。同时研究发现，这类益生菌可以缓解功能性胃肠疾病患者的紧张情绪。
我们还可以做什么？
肠道微生物群与大脑之间具有明确的联系，对于这种复杂的关系，科学家们的问题远多于答案。
我们所知道的是，在生命的早期促进健康肠道菌落的建立是整个生命过程中充分利用微生物群功能的最好办法。
母乳喂养是生命早期建立有益肠道微生物群的重要方法之一。与婴儿食品喂养相比，母乳喂养的婴儿通常更加健康，而且具有更加多样化的肠道微生物群。乳汁也包含有健康的微生物群落和成分，可以促进有益的肠道微生物和益生菌的生长。通过简单的饮食变化可以改善肠道微生物的组成和预防疾病。现代的西方食物富含糖类和脂肪，而缺乏纤维素，可能会影响有益的肠道菌群的建立。富含纤维素的食物，譬如蔬菜、水果和全谷类食物对促进有益肠道菌群的生长和活性是必不可少的。
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