疾病的“病菌说”是现代医学的基础之一。法国著名微生物学家路易斯·巴斯德将疾病与病原体的存在联系在一起，根据他的工作，这一理论从19世纪早期到中期占据了行业的主导地位。其他人，比如英国麻醉学家和流行病学家约翰·斯诺，德国医生和细菌学家罗伯特·科赫以及英国外科医师约瑟夫·李斯特等倡导使用卫生的食品和水、医院消毒和废物处理等等。他们的观察和发现以及这些概念的贯彻实施，通过阻止传染性疾病的传播，拯救了数百万人的生命，具有里程碑式的意义。
青霉素和其它抗菌素的发现对人类来说真是上天的恩赐。在微观层面上，病原体和疾病之间的联系是无可争议的。毫无疑问，当病原体突破身体的天然防御后将导致疾病的发生。
巴斯德的“病菌说”在那个时代是难以接受的。没有显微镜的广泛使用，很难理解空气、水和食物中的那些“看不见的小东西”是如何入侵人体并导致疾病和死亡的。许多主流医学仍然难以接受身体问题需要解决的仅仅是病原体。
法国生理学家克劳德·伯纳德认为征服疾病的重点不应该在病原体本身，而是在身体的内部环境，那些可以使有害的病原体生长繁殖的内部环境。巴斯德在临终前也认可了这一点。
其实，这两种观点都是可靠的。如果你有一个开放的伤口感染或者严重的细菌感染，青霉素能救你的命；另一方面，如果你患有菌群失衡导致的慢性炎症，使用抗生素消灭所有的细菌则不是一个最佳的解决方案。
主流医学仍然不能广泛接受身体内部环境是预防疾病的最重要的因素之一，主流医学和制药行业一直试图否认这一观点。事实上，在很大程度上它们仍然被视为是不科学的。但是，随着越来越多的人体共生微生物的研究，这成为了一个没人可以忽略或轻视的真理。
肥胖、癌症和其它健康问题
处方药的使用和肥胖的流行，两者之间并不是相互独立的。抗生素的使用可以增加身体脂肪和体重。畜牧养殖的人早就知道这一点，他们将抗生素添加到动物饲料中能使动物获得迅速的增长。现在，我们喝的牛奶、吃的肉类和饮用水中都有抗生素的残留，大多数孩子在2岁以前会经历三个疗程的抗生素治疗，而到10岁时，平均接受十一个疗程的抗生素治疗。
然而，肥胖还只是冰山一角。世界上最可怕的疾病——癌症也被证明与肠道菌群失衡有关。结肠癌的研究提供了迄今为止最强有力的证据。与健康对照相比，结肠癌患者肠道中的肠球菌属、链球菌属细菌和具核梭杆菌的数目增多，而毛螺菌科的细菌数目减少。
令人惊讶的是，这些微生物都不是侵入人体而导致疾病的感染性病原体，而是人体正常的共生菌。所以疾病的“病菌说”在这里并不适用，而身体的内部环境仍然发挥着至关重要的作用。
药物的正常工作需要健康的菌群
我们身体内的细菌都是活的有机体，每个物种都能产生不同数量和种类的物质，包括维生素、激素和神经递质，也包括有害气体、毒素和自由基。例如，肠道中的一些有益细菌，比如毛螺菌科的细菌能通过发酵碳水化合物产生短链脂肪酸，这些脂肪酸能够保护肠道细胞免受伤害。而上面提到的其它类型的细菌则通过一连串的事件，导致DNA断裂、肠道屏障功能破坏、炎症甚至肿瘤生长。
这时，使用抗生素清除肠道细菌并不是好的解决方案，事实上，它可能使问题变得更糟。
在癌症化疗和放疗时，抗生素通常被用于防止细菌感染。然而，新的研究表明，抗生素不加选择的破坏肠道中的细菌，会使某些化疗药物对癌症变得不那么有效。简而言之，抗生素会对癌症化疗的成功产生负面的影响。
某些药物的正常工作依赖于肠道细菌产生的自由基，当肠道中不能产生自由基时，药物的效果也会显著下降。研究证实，经过一段时间的抗生素治疗后，肠道菌群很难恢复到初始水平。因此，那些频繁使用抗生素治疗的病人可能影响其癌症治疗的成功率。
请记住，在正常的情况下，肠道中各种各样的微生物以适当的比例生活在一起，它们不会引起问题。维持肠道菌群的平衡是健康的关键。
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