肝脏是人体内最大的腺体，重达1.36千克它负责了上百种不同的功能，是体内最复杂且活跃的器官。
由于肝脏要负责处理、转换、输送，以及供应维持身体正常运转所需的“燃料”（如营养和能量），因此任何干扰这些功能的物质，都会对肝脏和身体造成严重且有害的影响。而最强大的干扰，则来自于胆结石。
肝脏负责制造胆固醇，激素和蛋白质。肝脏也负责分解老化、破损的细胞，回收蛋白质和铁质，储存维生素和营养。胆结石对于这些重要任务而言，是个灾难。
除了分解血液中的酒精，肝脏也会分解有毒物质、细菌、寄生虫以及化学物中的某些成分。它会利用特殊酶，将废弃物或有毒物质转换成能被安全排出身体的物质。 除此之外，肝脏每分钟过滤超过1升的血液。大多数过滤的废弃物，会通过胆汁流动而离开肝脏。若胆管被胆结石阻塞，一旦人吃了西药，病情会变得更严重。胆结石的出现我，让肝脏无法进行解毒工作，即使只服用”正常“剂量的药物，也会造成剂量过大和毁灭性的副作用。这也意味着肝脏可能会被药物分解时产生的物质伤害。而未被肝脏适当解毒的酒精，也会严重地伤害或影响肝脏细胞。
很多肝病，是因为胆结石阻塞了胆管而产生的。
胆结石破坏了肝小叶的结构。而这些肝小叶是构成的主要单位（共有5万个以上这样的单位）。流出以及流入这些小叶和它们的组成细胞的血液，循环会变得困难。因此肝细胞缩减胆汁的产量，神经纤维也受到损坏。
胆结石导致的长时间阻塞，伤害或毁坏了肝细胞以及肝小叶后，纤维组织会逐渐取代受损的细胞，造成更进一步的阻塞，肝脏的血管压力也随之增加。如果再生的肝细胞无法跟上损伤的速度，就不难预见肝硬化的发生，而肝硬化通常会导致死亡。
当阻塞损坏了大量的肝细胞，致使这些用来实现器官最重要且关乎性命的功能的细胞不足时，就会发生肝衰竭。肝衰竭产生的后果包括：困倦、混乱、手部震颤、血糖下降、感染、肾脏衰竭，以及体液滞留、血流不止、昏迷及死亡。然而，肝脏从重大损伤中恢复的能力也十分惊人。一旦病人通过肝脏净化排除了胆结石，且不再饮酒和服用西药，即使许多肘细胞在生病期间已经受损，通常他的症状也能得到很大缓解。当细胞再度生长 ，它们会以一种有秩序的状态维持肝脏功能的正常运作。这是可能发生的（与肝硬化相反），因为肝衰竭中，肝脏的基本构造在本质上并没有被损坏。
发生急性肝炎，则是因为整个肝脏的细胞开始死亡。胆结石藏匿了大量会侵犯并感染肝细胞的病毒物质，因而造成细胞变异。当胆结石的数量和尺寸增加，更多细胞受感染并死亡，整个小叶开始瓦解，血管也开始扭结。这会严重地影响血流至肝细胞的循环。而肝脏胆管中胆结石阻塞所造成的变异，也会影响肝脏以及它整体的表现。例如，只有在多年的肝脏胆管逐渐闭塞之后，肝癌才会发生。这个道理也同样适用在一些开始在消化道、肺部或乳房上生长，进而扩散到肝的肿瘤上。
当肝小叶的胆结石阻塞达到某种程度时，就会引发多种肝炎（A型、B型、非A型及非B型），即使在幼年时期，也会出现肝炎情况。现代人经常过早地将联结新生儿与母亲的脐带剪断或夹住，让孩子只保留所需血液量的2/3。事实上，在婴儿出生后的第一个小时内，许多毒物会经由胎盘过滤掉，此时婴儿几乎没有抗体保护他对抗疾病。而脐带通常会在40-60分钟后，才完全停止抽动。太早切断脐带，是一个医疗上的疏忽，可能会让婴儿的肝脏从一开始就受到影响，并让他们在儿童时期就产生胆结石。接着，就会导致肝脏的感染。
一个健康的肝脏和免疫系统，必须能够彻底地摧毁病毒物质，无论这些病毒是来自外部环境，还是已通过某种方式进入血液中；因此有很多人接触到这些病毒，却没有生病。事实上，这些原本生存于身体外部的病毒，大部分都会进到我们的身体里。一旦肝脏被大量的胆结石阻塞，就会变得具有毒性，进而成为一个有利于病毒活动的环境。病毒是细胞内的寄生虫，它们进入宿主细胞，且接手宿主的细胞机制，以制造新的细胞分子（现在也证实，细胞内的细菌可以引发病毒），但病毒不会随意地发展或攻击细胞。与一般的认知相反，事实上病毒会去“劫持”虚弱且严重受损的细胞核，以防止它们产生变异。然而，不是所有的病毒都会成功，因而引发肝癌，所以它们会出现在癌细胞里，但不应该因此被误会是它们引发了癌症。
胆结石会聚积大量的活病毒。有一些病毒会自由分解，并进入血液中，因而形成慢性肝炎。从被胆结石阻塞的胆管扩散而来的细菌，会“启动”非病毒性的肝脏感染，而不是“造成”感染。
胆管中的胆结石，也会削弱肝脏处理有毒物质，例如氯仿、细胞毒性药物、合成类固醇、酒精、阿司匹林、真菌、食品添加剂的能力。当这种情况发生时，身体会对可预料的有毒物质，以及其他含在无数药物中的不可预料的有毒物质过敏，大部分过敏即是源于此。此种情况下，服用西药产生的毒副作用，也会大大增加，而这些副作用可能连食品药品管理局都不知道。
常见的黄疸，即是因胆结石卡在通往十二指肠的胆管中，且（或是）因为胆结石和纤维组织破坏了肝小叶的结构而形成的。胆汁流经胆小管时受阻，肝细胞无法与其结合并分泌胆色素（也就是胆红素），结果，血流中就会携程胆汁和其他形成胆汁的成分。当胆红素开始在血液中累积时，就会使皮肤染上颜色。当皮肤和眼睛巩膜上的黄颜色变明显时，其血液中的胆红素浓度大概已经是正常情况的3倍以上。无法结合的胆红素，会毒害大脑细胞。由胆管阻塞而在胰脏顶端所造成的肿瘤，也会形成黄疸。
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