潜意识的优点和长处使其发挥着良好的作用和影响，但潜意识的缺陷也不可避免地使其对内、对外产生一些负面作用和不良影响。
（1）由于潜意识在一定程度上具有不分真假好坏的缺陷，使其所接收的能量、信息鱼龙混杂，对人的身心健康和发展造成潜在威胁。
潜意识在一定程度上具有独立性和个性，排斥外来的东西，包括良好的东西，在一定范围内又完全开放、不分真假好坏。打开窗户，进来了新鲜空气，也进来了苍蝇蚊子。潜意识是受外界能量、信息和自身主观意识的影响的，与外界的沟通和联系非常密切，且不具备批判机制，广采博取或被动感染，这一方面使潜意识及潜力的所得全面而完整，为自身的存在、发展和新生打下完整的基础，创造完备的条件，另一方面也使得潜意识大大增加了受到不良影响的机会。
“近朱者赤，近墨者黑。”日常生活中，很多时候我们都会有这样的体验，比如和嫉妒心强的人在一起，你也会慢慢变得嫉妒心强起来，在同一场合面对同一件事，本来你平时对此漠不关心的，但此时你却会明显发现自己的嫉妒心油然而生；与那些生活态度消极、失去自信和追求的人交流，你会发现自己的热情和干劲在一点点消融，最后可能只剩下相互慨叹和悲伤，于是对方潜意识里想找一个可与之在泥沼中“相濡以沫”的人的愿望实现了，而你那种大展身手、“相忘乎江湖”的豪气和感觉没有了。
最有意思也最可怕的是，当你有了一个大的愿望和志向在心中产生的时候，尽管你没有说出来，但你很可能会于无形中“听”到周围有一些甚至很多反对的、嘲笑的声音响起，其中大多来自你所熟悉的那些消极的、有嫉妒心的人那儿，这是由于平时的接触所受感染积累所致，也包含着当时环境的潜在反应，这些声音在一点点蚕食着你心中涌动的那股力量，这一切都会被你的潜意识所接收，如果自己的理智没有警觉、自己的灵性不很活跃的话，那你最后很可能就放弃了自己的打算。这一点如果你觉得有些陌生，那么看看很多有形的事迹中当事者所受到的冷嘲热讽甚至打击迫害使其止步或走弯路，你就会明白潜在中发生了什么。
中国古时候有“孟母三迁”的典故，孟母三次搬迁以避开周围不良人、事、物的影响，为孟子的成功创造了良好的条件。现在人们都强调，孩子要慎交友，益友、良友、诤友会叫人受益多多，而损友则会使人受害无穷。即使不是朋友，接触、相处的多了，人与人间在潜移默化中也会相互影响。有的孩子学习态度一般，与爱好学习、积极性高、兴趣浓的孩子同桌，往往会受到良好感染而变得努力，提高了学习成绩；相反，若是他遇到一个对学习毫无兴趣的、贪玩的同桌，那结果就可能不很乐观，因为即使这个贪玩的孩子没有作出言行上的干扰，其心态、情绪和潜意识上的感应也会于无形中影响他人。
说起来，我们对喜欢搬弄是非、造谣生事的人是讨厌的，但在日常生活中却往往受这类人物的影响，于无形之中被感染上了他们的情绪，在潜移默化中改变了自己对某个善良的人的良好印象。日常人与人争斗，一方忍让示弱，一方滔滔不绝，显得理直气壮，在潜意识里，围观者很可能会受到气盛者的感染而倾向于他，所谓“会哭的孩子吃奶多”就是这个意思，至于有理与否，不少人懒得动脑去想，何况在多数情况下是“公说公有理，婆说婆有理”。人的潜意识的这个特点为那些心怀鬼胎的小人留下了可钻的漏洞。
一个人在其生活、工作、学习过程中，往往会受到环境中心理上、情绪上、情感上的很多不良影响而造成心理污染，于是纯洁善良的本性改变了，这一切的出现是那样自然而然，以致当人发现自己的改变时会吃一惊，因为这其中大部分是潜意识里的无形过程。
人得病往往是受到外界的物质上的、心理上的、气的层次里能量信息上的不良影响和感染造成的，这多数是由潜意识经手的，潜意识在一定范围内不分好坏地接收下来，积累到一定程度，疾病就发生了。在修炼者当中，由于其潜意识更加开放，对外交流更多，如果其功夫不全面，不能做到平衡发展、循环相生而使其阴性相对较强造成感受力走在加工处理能力前面的话，那会因吸收了外界的过多病气不能有效处理而致病，这其中女性修炼者尤甚就是因为其身心素质偏阴所致。
（2）潜意识的有害适应使得人的身心在一定范围内偏离正常的、良好的发展规律和状态，造成身心的扭曲和偏差。
前面在潜意识的缺陷部分我们讨论过，潜意识在外界的压力和影响下，会被动适应，扭曲自己，改变原先的良好状态和规律，暂时求得一种病态的平衡，但毫无疑问这从整体和长远来说是有害的，其影响是深刻的，也是长期的。
比如人在生活、学习、工作中由于某些过程和行为的需要而保持了一种紧张状态，人的潜意识甚至身心在一定程度上也适应了这种状态，它有利于提高办事效率和某种意义上的身心健康，但有害的是人的潜意识在无形之中已作了调整，从而形成了一套紧张机制，这套机制在人清闲无事时仍然在隐隐发挥作用，在不为人觉察的情况下继续影响着你的身心状态，消耗着你的身心能量，紧张使心灵和肉体同样疲惫。如果你从身心的细微感觉上去体察的话，你会发现这一点，所以作为修炼基础的放松功夫要是不认真去做而触及潜在细微之处的话，那是达不到要求的。
有位学生边吃东西边看书，受到了老师的批评，因为这对眼睛和脾胃都是不利的，学生辩解道：“我已经习惯了。” 老师说：“这可是一种坏习惯！” 在我们的生活习惯、生活方式和生活规律中，有一些其实是不好的，比如暴饮暴食、作息无规律、熬夜、对低级趣味上瘾、有不良嗜好等等，这些由最初的偶一为之到渐渐习惯和适应，从而深入到潜意识，积弊难改，对我们的身心健康造成很多不利影响。我们的潜意识在一定程度或严重程度上适应了有害的东西，我们这样做的时候甚至会感到暂时的轻松和兴奋，理智上虽然明知不对，但改变却很难，就是因为这一切已经深入到内心。所以，要解决这些问题，关键还是从潜意识和内心感觉入手，修改其行为习惯程序，否则成效是不大的。
一个人、一个集体、一个社会，其中的不正常的、有害的做法和体制等在一定程度上被接受下来、适应下来，但这种有害适应积累、延续下来必然造成恶果，追根究底，还是应从个人潜意识、集体无意识、民族心理的缺陷和劣根性上找原因，就像格林斯潘说金融危机的根源在人性一样。
（3）由于潜意识中存在着消极的、恶劣的因素，是一个复合体，往往不分善恶，不辨利害，这使人有走向衰亡、邪恶、毁灭的客观条件（潜意识的客观性很强）。
潜意识由于其兼容性、全面性，使其包容颇多，涉及很广，不可避免地形成鱼龙混杂、泥沙俱下的局面，就像一个社会除了主流意识之外，还会夹杂、泛起着种种非主流思潮甚至低级、庸俗、丑恶的思想观念一样。良好文化的多元化是有益的，是符合社会发展的要求的，但假恶丑的东西掺杂其中，超过社会承受限度则会造成诸多危害。人的意识尤其是潜意识也是一个善恶复合体，过去说“人之初性本善”这是从某一角度说的，总体看，人之初也好，整个人生也好，在潜意识里其实都是善恶同在的（只不过不同的人其比例成分不同罢了），加上后天的影响，人不但日积月累了许多生理上的毒素于体内，也有许多不良的身心习惯、性情和意识弊病产生出来，扭曲了人的正常身心状态。
所以，人的身心中存在着发展、提高自己走向辉煌的基础，也有着恶性膨胀、走向衰亡和毁灭的客观因素，这就看人的性格倾向怎样了，所以说“性格决定命运。” 不要认为你的潜意识里只有你自己的、良性的意识成分和因素在内，这里边包含其实相当复杂，善恶同存，积极、消极因素共在，求生、望死力量并行，由此，潜意识给人造成的影响也是有截然相反的不同之分的。可以这样讲，对潜意识来说是“成也萧何败也萧何”，善恶发源于此，成败由此而起，生死因此而定，就看人的理智如何去拣选和把握。
（4）由于潜意识相对主观意识说总体属阴性，不易变动，有执着性，对变革本能反感，所以对人的进步和发展、对生命的进化和升华造成障碍。
潜意识虽然有接收广泛、易受外界影响的特性，但这是有限度和条件的，对本性主体之外的小节是这样的，对潜意识中阳性较强的人比如孩子等也是这样，但潜意识总体属阴，本身又是一个阴阳并存、包含复杂的事物，含有阴性成分，所以从这个意义说潜意识又是相对固定、不易变动的。
潜意识的固定、不易改变虽然是维持身心生命的正常存在和固有状态的必要，但也在很大程度上失去了许多发展和进步的机会，使得许多人“几十年如一日”毫无改变地生活着，即使那些对人的身心、行为有害的习惯、性情，我们心中虽然明白其害，但也是难以改变。像戒烟、戒酒、改掉坏脾气等对多数人来说就是一件痛苦难捱的事，原因就是类似这些习惯、心瘾、嗜好等已进入潜意识，且根深蒂固，改变起来太难了。所以，往往事情发展了，环境变化了，人的兴趣、习惯和性情却不能随之而改变，还怨天尤人，不少人的那点改变也多是在来自理智和外界环境因素压力下的被动、无奈之举。
对很多人来说，如果你劝他修炼，他会不由自主地感到不快甚至气愤，那就是因为其潜意识中的阴性成分使然，也更是因为其本性心灵意识之外的属阴的那部分杂乱意识因素所致，维持现状和既得利益是这些意识因素的不可动摇的目的和要求所在。
有俗语“良药苦口利于病，忠言逆耳利于行”，也有这么一层含义，是说虽然良药和忠言对人有益，但却是苦口和逆耳的，就是因为这触动了潜意识中的阴性守旧力量和自我维护的本能。所以，为了不过分引起批评对象的潜在抵制，聪明的人总是要把自己的“忠言”包上一层“糖衣”，在给人提意见时同时肯定其优点所在。但是，在多数情况下，人对来自外界的否定是有着本能上的反感的，理智性差一些的人尤其如此，潜意识里对外来的压力和改变视为仇敌、侵害而加以反击，就像电脑杀毒软件把外来的程序修改力量看做病毒去查杀一样，所以人们感叹道：“江山易改，本性难移！”
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