公元842年，唐后期武宗会昌二年，中国历史上最大的一次“灭佛”运动突然爆发。朝廷对僧人展开了残酷的迫害和杀戮。苏州城里的寺庙大量被毁，僧人纷纷迁出城外，有的在别处另建新寺。离苏州城三十里的唯亭镇便出现了一座新的重元寺。原名重元寺的上海静安寺，建于唐会昌三年，很可能和唯亭重元寺是同一时期、同一背景下的产物。
吴越钱缪时代（公元908－932年），曾对重元寺进行过大规模的修葺。重修后的重元寺，仍是一座“巨刹”，规模宏大，殿阁崇丽，寺前有两座土山，两块异石立于庭前，一尊高丈余的无量寿佛铜像屹立于中央，十六尊罗汉环立两侧。另有别院五座。重元寺还有一座圣姑庙，所谓圣姑，就是梁武帝时舍宅建寺的陆僧瓒的女儿。当地人供奉圣姑是为求子。重元寺在宋朝改名为承天寺。宋宣和年间（公元1119－1125年），又因朝廷禁止寺观桥梁以“天、圣、皇、王”等字命名，而改名为“能仁寺”。宋真宗大中元（公元1008年），一个叫男师贞的人与宗族里的人们商量后，买下一块地，将已被废弃了的重元寺里的一座石幢重新竖立了起来。成书于清道光年间（公元1848年左右）的《元和唯亭志》说：“（重元寺）今遗迹俱湮，唯寺前石幢一躯，犹唐时建。”
石幢是寺庙的纪念性标志物，韩崇等清代诗人都有感于历史的沧桑，为这座石幢写过诗。元代至顺年间（公元1330－1333年），重元寺曾毁于火。元至正年间（公元1341－1368年），由悦南楚和尚重建，再次恢复一新。元代把重元寺在宋代的两个名字合二为一，称“承天能仁寺”。又有人叫它“双峨寺”，这很可能是因为寺前有两座土山，也可能是因为寺内两块异石的缘故。这时的重元寺，寺内除有无量寿佛铜像外，还有盘沟大圣祠，灵佑庙和万佛阁。文化大革命期间，重元寺被毁，石幢被砸碎。唯亭陵南小学校建于寺基之上。为弘扬佛教传统文化，满足佛教信徒的宗教生活需要，2003年11月，经江苏省人民政府批准恢复重建。
重元寺的重建，坚持继承佛教传统，遵循经典上有依据、历史上有传承、方便上有特色、艺术上有创意、功能上有感应等五项原则。水止观音院——重元禅院——药师塔相互呼应，又与佛教文化景点相互配合，建成以关爱生命、度生护法为宗旨的佛教文化区，表现出莲花佛国的观音道场特色、万佛庄严的独特风貌.。
重元寺的恢复重建填补了古城苏州东面没有寺庙的空白，建成后的重元寺将成为苏州工业园区一道靓丽的风景线。
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