处罚根据
关于单位犯罪的处罚，在刑法理论上存在单罚制与双罚制之分。单罚制，又称为代罚制或者转嫁制，指在单位犯罪中只处罚单位中的个人或者只处罚单位本身。总之，在单位与个人之间只处罚其中之一。双罚制，又称为两罚制，指在单位犯罪中，既处罚单位又处罚单位中的个人。在刑法修订以前，1979年刑法中有单罚制的规定，例如刑法第127条规定：“违反商标管理法规，工商企业假冒其他企业已经注册的商标的，对直接责任人员，处三年以下有期徒刑、拘役或者罚金。”这一规定，实际上是对单位犯罪采取单罚制，即只处罚单位中的直接责任人员。但由于当时并不承认单位犯罪，因此刑法理论上没有从单位犯罪的角度对此加以理解。1987年，我国《海关法》首次规定了单位犯罪，并确立了两罚制。《海关法》第47条规定：“企业、事业单位、国家机关、社会团体犯走私罪的，由司法机关对其主管人员和直接责任人员依法追究刑事责任，对该单位判处罚金，判处没收走私货物、物品、走私运输工具和违法所得。”此后，我国刑事立法对单位犯罪大多规定了两罚制。应该说，单罚制与两罚制相比较，两罚制更为科学。这是因为，单位是一个具有整体性和组织性的主体，因而它应当对其意志支配下的犯罪活动承担刑事责任，而不能将这个责任推卸或转嫁给他人。因此，作为刑事责任必然后果的刑罚，也就应当加诸单位本身。同时，单位毕竟是个人的组合体，个人是单位存在的基础。因而，既然我们把作为自然人的直接负责的主管人员和直接责任人员的行为认定为单位的整体行为，把他们的决定、决策视为单位意志的表现，并且这些人也是有权代表单位作出各种决定和决策并具体地实施犯罪行为，那么，他们就应该对由自己决定实施的单位的犯罪行为承担刑事责任，而不能将这种刑事责任全部推脱或转嫁到单位身上。因此，也就应当对单位犯罪的直接负责的主管人员和直接责任人员进行处罚。这实际上还是由个人承担的单位的刑事责任，处罚的主体还是一个，即单位，只不过刑事责任的承担者有别罢了。由此可见，两罚制不是对两个主体，而是对一个主体即单位的整体处罚，是同一刑事责任根据单位成员在犯罪中所处的地位和作用而作的不同分担，是对单位的犯罪行为的综合性的全面处罚。因此，对单位犯罪实行两罚制，既处罚单位又处罚单位中的直接负责的主管人员和直接责任人员，能够反映对单位犯罪的全面的刑法的否定评价，有利于遏制单位犯罪。当然，在某些情况下，犯罪虽然是以单位形式实施的，但实际上社会危害性主要反映在个人的行为上，因而没有必要对单位进行处罚，只须处罚单位中的直接负责的主管人员和直接责任人员。在这种情况下，实行只处罚个人的单罚制也是必要的。根据以上情况，刑法第31条对单位的处罚作出以下规定：“单位犯罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。本法分则和其他法律另有规定的，依照规定。”由此可见，我国刑法对单位犯罪实行以两罚制为主，以单罚制为辅的处罚原则。
处罚原则
(一)单位犯罪的两罚制
刑法对单位犯罪在绝大部分情况下采取两罚制。在两罚制中，对单位是判处罚金，判处罚金采取无限额罚金制，即对罚金的数额未作规定。
在两罚制中，对直接负责的主管人员和直接责任人员是判处刑罚，这里的刑罚包括自由刑与罚金，主要是自由刑。对个人判处自由刑的，又有以下两种情况：(1)在绝大多数情况下，判处与个人犯罪相同刑罚。例如刑法第220条规定：“单位犯本节第二百一十三条至第二百一十九条规定之罪(侵犯知识产权罪——引者注)的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照本节各该条的规定处罚。”这里所谓依照本节各该条的规定处罚，就是指依照对个人犯罪的规定处罚。(2)在少数情况下，判处低于个人犯罪的刑罚。例如个人犯受贿罪的，最重可以判处死刑，但根据刑法第387条规定：“国家机关、国有公司、企业、事业单位、人民团体，索取、非法收受他人财物，为他人谋取利益，情节严重的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，处五年以下有期徒刑或者拘役。”由此可见，在单位犯受贿罪的情况下，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处的刑罚远轻于个人犯受贿罪的情况。
(二)单位犯罪的单罚制
刑法在某些情况下规定了单位犯罪的单罚制，即只处罚自然人而不处罚单位。例如刑法第396条规定：“国家机关、国有公司、企业、事业单位、人民团体，违反国家规定，以单位名义将国有资产集体私分给个人，数额较大的，对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金;数额巨大的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。”这里刑法规定的犯罪主体是国家机关、国有公司、企业、事业单位、人民团体，但只处罚直接负责的主管人员和其他直接责任人员，而不处罚单位。
(三)单位犯罪的处罚适用
我国刑法关于单位犯罪的规定，在多数情况下，直接负责的主管人员和其他直接责任人员都要追究刑事责任。在少数情况下，只追究直接责任人员的刑事责任。那么，如何认定单位中的直接负责的主管人员和其他直接责任人员呢?2001年1月21日，《全国法院审理金融犯罪案件工作座谈会纪要》明确规定：“直接负责的主管人员，是在单位实施的犯罪中起决定、批准、受意、纵容、指挥等作用的人员，一般是单位的主管负责人，包括法定代表人。其他直接责任人员，是在单位犯罪中具体实施犯罪并起较大作用的人员，既可以是单位的经营管理人员，也可以是单位的职工，包括聘任、雇佣的人员。应当注意的是，在单位犯罪中，对于受单位领导指派或奉命而参与实施了一定犯罪行为的人员，一般不宜作为直接责任人员追究刑事责任。”这一规定，对于司法机关在审理单位犯罪案件中正确地认定直接负责的主管人员和其他直接责任人员具有重要指导意义。
在对单位犯罪的处罚中，还存在一个直接负责的主管人员和其他直接责任人员是否区分主犯、从犯的问题。在一个单位犯罪案件中，如果同时存在直接负责的主管人员和其他直接责任人员的，在一般情况下前者比后者的作用大，前者可以认定为主犯，后者可以认定为从犯。但直接负责的主管人员和其他直接责任人员不是当然的主犯与从犯关系。有时不同职责的人对单位犯罪负有不同的责任，如果一定要区分主犯与从犯，则显得十分勉强。对这种情况，2000年9月28日最高人民法院《关于审理单位犯罪案件对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员是否区分主犯、从犯问题的批复》规定：“在审理单位故意犯罪案件时，对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，可不区分主犯、从犯，按照其在单位犯罪中所起的作用判处刑罚。”根据这一规定，对于主从关系不明显的，可以不予区分。当然，如果主从关系明显的，仍应区分。
诉讼程序
单位犯罪的诉讼程序，就是指司法机关依法追究公司、企业、事业单位、机关、团体实施的危害社会行为的刑事责任的特殊诉讼程序。
我国刑法明确规定“公司、企业、事业单位、机关、团体实施的危害社会的行为，法律规定为单位犯罪的，应当负刑事责任。”“单位犯罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责扣主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。”由此可见，我国刑法对单位犯罪采取“双罚制”，即在追究单位刑事责任的同时，也要追究其负责的主管人员和其他直接责任人员的刑事责任，由于单位犯罪与自然人犯罪的特点有许多地方相异，这就决定了在追究单位犯罪的案件中，对单位诉讼参与人要采取特殊的诉讼方式。
单位犯罪能否成为犯罪主体的争论随着有关法律的明确规定而形成统一观点，单位能够成为犯罪主体，同样也能够参与刑事诉讼，单位犯罪不同于自然人犯罪，因此确定单位犯罪案件中的诉讼主体，有利于实现对单位犯罪的惩罚。
由于单位犯罪一般实行双罚制，即对单位处以财产刑的同时，对有关责任人员也要处以人身刑，因此在实践中通常做法是将单位犯罪案件的被告人分为法人被告人和自然人被告人。一个法人被告人可能同时有数个自然人被告人，如有法定代表人、有关主管人员或直接责任人员，是单位犯罪案件中的共同被告人。单位作为刑事被告人参加诉讼，由它的法定代表人参加刑事诉讼，法定代表人的职责，既包括代表单位行使实体权利也包括代表单位行使诉讼权利，法定代表人以单位的名义进行活动，视为单位的行为。法定代表人有权代表单位行使辩护权，申请回避，申请审判长对证人、鉴定人发问或经审判长许可直接发问和最后陈述以及上诉、申诉等。同时也应履行单位被告人的诉讼义务。他代表法人进行诉讼活动的结果，由法人承担。
但是当法定代表人在单位犯罪案件中同时也是直接责任人被追究刑事责任时，则具有双重身份，有违辩护的规则，所以笔者对单位犯罪案件被告人主体主张只列法人单位为被告人，而将法定代表人或其他直接责任人员从属于单位被告人的身份参加单位犯罪的诉讼活动，以平衡单位犯罪的刑事诉讼程序。
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