GO DiVenn: 一款用于比较基因列表的交互式Venn图绘制工具

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Divenn 可以将来自多个RNA-seq实验中的基因列表进行比较，并显示每个基因(集)的调控水平和整合到Kegg pathway和GO term的数据信息。我们通过该工具更加方便的了解重叠基因与其相关的pathway或Go terms之间的表达模式，十分有趣。

Divenn有以下三种优势：

• 添加基因表达调控信息于Venn图中（可比较多个数据集）
• 交互性可视化整合于GO和代谢通路数据库的生物注释，可高亮感兴趣的基因node
• 高分辨率的图形和基因相关信息输出

Github地址：https://github.com/BCH-RC/DiVenn

网页地址：https://divenn.tch.harvard.edu/

视频地址：https://www.youtube.com/watch?v=A7Ldx24e9UU&feature=youtu.be

输入数据

当前支持两种类型的输入数据：

1. 两列tab分割的自定义数据。比如Gene ID 和相应的通路信息，转录因子和它们所调节的下游基因，microRNAs和相应的靶基因。注意：第二列数据必须设置为 "1" 或者 "2"。
2. 基因表达数据 第一列为GeneID，第二列为基因调节信息，也就是我们鉴定到的差异基因上下调信息，设置"1"为上调，"2"为下调基因。如果我们想去链接这些基因至KEGG通路或者GO数据库，开发者提供支持14个模式物种。目前，通路分析只接受3种类型的ID: KEGG, Uniport,和NCBI。所有的agriGO数据库内支持的ID都支持在Divenn中GO分析。

示例文件可以参考：https://divenn.tch.harvard.edu/data.html

框架

可视化

我们选择物种，分组设置为3组，加载示例文件进行可视化，点击提交

然后就以网络的形式展现Venn图形，可以看到以不同的颜色区分上下调信息，右侧面板可以进行图形控制、形状、字体、通路和GO信息等操作。将Summarize Nodes选为Yes，更加直观显示调节信息。

在图形上滚动鼠标滚轮将放大/缩小图形。

左键点击一个节点会显示连接的边缘颜色，这将显示每个实验的基因调控状态。双击同一节点将隐藏连接边的颜色。

右键单击一个节点将显示5个功能选项:显示或隐藏一个或所有节点标签，显示该基因或所有基因通路或GOterm。这样我们能方便的查看各个交集或者独立基因集设计的功能信息~

右侧面板show Gene Details中选中pathway或者Gene Ontology, 即可生成所有基因相关的功能及通路信息的表格，且支持搜索排序。

如果需要在基于此表格中筛选部分基因重新作图，可选中后面的复选框。按SHIFT进行加选。最后点击表格下方的“Redraw”按钮将所选基因重新绘制出图。

之后我们点击右侧的保存图形即可，支持svg、png和jpg三种格式，感兴趣的快去试试吧~~

参考文献

Sun, Liang, et al. "DiVenn: An Interactive and Integrated Web-based Visualization Tool for Comparing Gene Lists." Frontiers in Genetics (2019),doi: 10.3389/fgene.2019.00421.