在6000年前,肃慎人的先世就在抚远地区繁衍生息。 公元前11世纪初,肃慎人同中原王朝建立了联系,并臣服纳贡。
秦汉,属肃慎。
魏晋,属挹娄。
唐,属黑水都督府。
金,属胡里改路。
元,属水达达路。
明,属奴儿干都司。
清,属吉林将军三姓副都统管辖。
光绪三十二年(1906年),于拉哈苏苏(今同江)设置临江州,隶属临江州管辖。
宣统元年四月十五日(1909年6月2日),清廷照准,于临江州东境乌苏里江附近设置绥远州,隶属吉林省东北路道。
民国二年三月(1913年3月),改绥远州为绥远县。
民国三年六月(1914年6月),隶属依兰道(东北路道改称)。
民国十八年二月(1929年2月),撤销道制,由吉林省直辖。同年9月,因与山西省绥远县重名,行政院命令吉林省绥远县改为抚远县。因行文邮递失误,直至1930年1月始正式改称抚远县。是时,全县总人口7392人,为三等县。东北沦陷后,初隶吉林省。
康德元年(1934年),伪满州国改行帝制,实行地方行政机构改革,划东北为十四省,抚远县划归新设的三江省所辖。
民国三十四年(1945年)东北光复后,民国三十六年(1947年)六月公布东北新省区方案,改东北为九省,将伪三江、东安两省合并为合江省,抚远县为合江省管辖。
民国三十八年五月(1949年5月),撤销合江省,划归松江省管辖。
1951年4月,抚远县建制撤销,改为抚远渔业特区。
1952年8月,抚远县建制恢复。
1954年8月,松、黑两省合并后,隶属黑龙江省合江专区。
1959年4月24日,经黑龙江省人民委员会批准,抚远县人民委员会由抚远镇迁至同江镇。
1965年8月14日,经国务院批准,抚远县人民委员会由同江镇迁驻抚远镇。
1966年初,抚远县在原国营渔场的基础上重建,实行全民所有制体制。
1978年,取消全民所有制。
1985年1月1日,合江地区正式撤销,划归佳木斯市领导。
2011年,经省委、省政府批准,抚远县由黑龙江省直接管理,行使地市级经济社会管理权限。
2016年1月15日,经国务院批准,民政部(民函〔2016〕14号)批复同意撤销抚远县,设立县级抚远市,以原抚远县的行政区域为抚远市的行政区域。
2017年11月26日,抚远市不再由黑龙江省直接管理。