为使人们能找到共同的预防和治疗措施，以药源性疾病的发生机制为依据进行分类，则具有简单实用的特点。
1、药理作用相关类
用药剂量决定病变损伤的严重程度，停止用药或减小剂量则能部分改善或完全恢复正常。其发生常受各种药动学及药效学因素的影响，是药源性疾病中最为常见的一类，发病率最高，了解药物的药理作用和作用机制，可以预测此类疾病。
2、与促进微生物生长相关类
广谱抗生素等抗生药物抑制或杀灭了体内特别是肠道内的敏感菌，使体内菌群平衡失调，导致耐药菌过度生长，从而引发各种继发的真菌感染及伪膜性肠炎等。此外，各种能抑制免疫反应的抗癌药、糖皮质激素等，也能促进二重感染。本类疾病可以预测。
3、与化学刺激相关类
药品的化学刺激作用决定于药物及赋形剂的化学性质，化学刺激的严重程度则与药物浓度有关，与药理作用无关。例如口服药引起的食道损伤、胃肠黏膜损伤，注射药物引起的局部肿痛、静脉炎；皮肤接触药物发生的皮炎、皮肤坏死。了解药物的化学性质可以预测本类疾病。
4、与给药方式相关类
这是一类因药物特定方法而引起的疾病，其发生决定于药物剂型的物理性质和给药方式，与制剂成分的化学性质和药理性质无关。改变剂型、改变给药途径则可不发生。如植入药物引起的周围组织炎症或纤维化，口服药片卡在咽喉部，静脉注射药液中的微粒所致血管栓塞，注射液污染微生物引起的感染等。
5、与撤药相关类
这类疾病常发生于长期连续用药而突然停止给药或突然减小剂量后，再次用药不但不会加重症状，而且会使病情得到改善或治愈。这类疾病与给药时程有关，与给药剂量无关，常见于那些精神依赖性、躯体依赖性或有反跳现象的药物。例如苯二氮卓类、阿片类、β-受体阻断剂及可乐定等。从药理上是可以预测的。远离毒品，可以防止吸毒成瘾，也能证明这一论断。
6、与遗传代谢障碍相关类
本类疾病的特点是具有家族遗传性，难以预测。如6-磷酸葡萄糖（G-6-PD）缺乏症患者，服用氯喹、阿斯匹林、磺胺、维生素K等药物，即使很小剂量，都可致急性溶血；而铁血红蛋白还原酶缺乏者服用上述药物则发生高铁血红蛋白症性紫绀；血浆胆碱酯酶缺乏症患者，使用琥珀胆碱可致呼吸肌麻痹加重。呼吸停止时间延长等。
7、与药物过敏相关类
本类疾病均与免疫应答的活化有关，与药理作用无关，与剂量大小无关，是难于预测的。这是一类比较常见的药源性疾病。如过敏性休克、过敏性皮疹、药物热、过敏性胆汁阻塞症等。抗生素、解热镇痛药及磺胺类是最常导致过敏反应的药物。
8、与基因毒性相关类
有些药物可损伤人类基因，导致细胞分化异常。如己烯雌酚、苯丁酸氮芥、环磷酰胺、右旋糖酐铁、非那西丁、羟甲烯龙（康复龙）等可致癌；孕妇服用己烯雌酚、氯丙嗪、甲氨蝶呤、白消胺、安定、苯妥英钠、阿司匹林、四环素及糖皮质激素等，可致婴儿先天畸形。
1、中毒型：有些药物会抑制细胞生长，有严重的细胞毒作用；有些药物对酶有毒性，如抗代谢药甲氨蝶呤、秋水仙碱有纺锤体毒性，抑制细胞分裂。
2、炎症型：此型多见于药物引起的各种皮炎。
3、畸形发育型：有些药物用于妊娠3个月内的孕妇能导致胚胎损害，引起胎儿畸形发育；如妊娠期间为预防先兆流产注射孕激素，结果造成女婴的生殖器男性化。
4、发育不全型：如婴幼儿服用四环素引起牙齿釉质发育不全。
5、增生型：如服用苯妥英钠引起的牙龈增生，多见于儿童。
6、萎缩型：如糖皮质激素注射后所引起注射部位皮肤发生萎缩性变化，此时可见表皮变薄，表皮乳突消失。
7、变性和浸润型：此型某些药物性皮炎的表现形式，组织学显示此时表皮有嗜酸性粒细胞坏死及多形核细胞浸润。
8、血管水肿型：多见于药物变态反应时发生的血管神经性水肿。
9、血管栓塞型：如血管造影剂引起的血管栓塞。
10、赘生型和癌变：如长期使用砷剂时掌跖部可产生疣状损害并可演变成鳞癌或基底细胞癌。又如乙双吗啉治疗牛皮癣引起的白血病。
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