政治腐败。明朝皇权比之前历代都强化了，绝对的权力导致绝对的腐败。从明朝中后期开始，皇帝就疏于朝政，贪图享乐。宦官专权，大臣结党营私（东林党），争权夺利，贪赃枉法，朝政日趋腐败。
流民问题严重。政治的腐败，导致土地兼并严重。皇室贵族、宦官、官僚、地主兼并土地严重为历史上罕见，流民越来越多。这反过来又加深了政治腐败和社会危机。流民后来成为起义军的主要力量。
内外政策问题。内部无有效改革，人民失去信心。该强的时候不强硬，该弱的时候不妥协。明朝在打击农民军的同时，没有与满清和议，导致两线作战。南明政权坐拥半壁江山，应主动与满清交战，反而妥协退让，作战不积极，抱有和谈幻想。外部对蒙古、女真等少数民族进行销丁打压，迫使造反。对外海禁，放弃了大量属国领地，如安南、朝鲜，导致没有同盟援军。
军计腐败问题。明军到处扰民，军纪败坏，据记载，著名大将左良玉率领的官兵路过一个地方, 二三万官兵一涌入城, 大军开拔, 将城里所有人家清洗一空, 百姓不恨贼而恨兵。左良玉的兵非常淫污狠毒。到百姓家勒索,用木板将人夹住,用火烤得满身流油。 他们在光天化日奸污妇女。所有明军将领和左良玉都差不多。
土地的兼并问题。特别是宗藩圈占的土地太多，且都是良田，并且又集中在晋陝中原核心区（岭南云贵尚处于拓荒状态），一个亲王就圈两至四万倾，明未63位亲王就圈二千多万倾，还未含宗室其余人员圈占。除此外，士绅也拥有大量的土地。这样，老百姓都成了佃奴，穷.，人头税也交不上。而宗藩士绅，又享受免税。兼并越严重，百姓越穷，朝廷财收越少，最终崩溃。
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