“三证合一”取消了企业税务登记证的核发，但并不意味着取消了税务登记户籍管理。基层税务机关要摒弃行政监管理念，增强支持创业、鼓励创新的服务意识，树立宽进严管、信用约束的征管理念。
“三证合一”登记制度落地施行，基层税务机关面临的风险与挑战日益显现，如服务对象剧增、登记信息失真、征管手段弱化、问责风险增大以及法律保障失范等。在充分释放“三证合一”红利的基础上，应将其带来的税收风险降至最低。
征管理念。“三证合一”后，基层税务机关要全面承接按照工商注册登记规定而设立的市场主体，直接实施税收征管。要彻底摒弃行政监管理念，主动适应登记改革大势，切实增强支持创业、鼓励创新的服务意识，树立宽进严管、信用约束的征管理念，以及信息共享、社会共治的合作态度。要及时获取企业新设登记、变更（备案）信息，依法提供税收服务和实施征收管理。积极融入社会信用体系，定期将异常登记信息、纳税信用信息等，向工商、银行等部门单位通报。全面实施自主纳税申报制度，全面取消不当审核要求和申报率考核指标。
户籍管理。“三证合一”取消了企业税务登记证的核发，但并不意味着取消了税务登记户籍管理。工商部门更为详尽的登记申请资料为登记户籍管理创造了更为有利的条件。但同时由于工商部门取消了对登记信息核查职责，登记信息真实性大打折扣，给实施税收征管、违法案件追查等带来困难。基层税务机关应以改革为契机，强化户籍管理，推进转型升级。例如，在“一窗受理”窗口配备精拍仪，对企业登记申请资料进行完整扫描，实时上传至统一信息交换平台；办税服务厅及时进行管户分配，纳入征管范围；加强对异常注册登记情况的跟踪监控等。
发票管理。“三证合一”后，企业不需到税务机关办理登记，为逃避纳税义务，有些纳税人会采取不开发票、转借或买卖发票、开具假发票等手段逃避税务机关的管理，扰乱发票管理秩序。对此，基层税务机关要有清晰认识和有效应对措施。例如，在对“三证合一”企业进行登记信息和税源排查时，对达到起征点的新办企业要全部纳入增值税发票升级版范围，不留发票管理死角；积极研究对电子发票信息的增值利用和风险分析；与公安部门紧密结合，重点防范利用电子化手段在增值税发票升级版内虚开、套开发票的新型犯罪行为，予以严厉打击。
资源配置。随着工商登记制度改革、“营改增”和“三证合一”的全面推进，登记企业数量将大幅增长、经营类型将更趋多样，税务机关征管难度和压力与日俱增。税务机关应结合本地税源特点、职能和人员实际，不断优化征管资源配置，持续深入推进税收征管改革。例如，将优秀骨干人才充实到一线征管岗位和服务前台，充实到风险防控、纳税评估等管理后台，缓解征管力量不足问题；强化户籍、发票等基础征管事项的风险分析监控，对预警和发现的风险问题展开纳税提醒、实地核查和跟踪监控，降低税收征管风险，保障“三证合一”改革的顺序推进等。
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