1、两岸“三通”的基本内涵与性质。
大陆主张实现两岸全面直接“三通”，即两岸之间双向的直接通邮、通商与通航，而不是局部或间接“三通”。“三通”的核心是实现两岸之间的直航。两岸直航是指海峡两岸的飞机、船舶可以由双方机场或港口，载运旅客、货物和邮件，不经由第三地而直接航行至对岸。其主要功能和作用是为两岸人员往来、经济合作和各项交流提供便利的交通运输条件。因此，两岸直航在本质上是一种经济行为，属经济范筹的问题。由于目前两岸关系的现状，两岸直航会涉及到一些政治敏感问题，但因两岸直航是中国内部的事务，这些问题完全能够通过协商、找到双方都可以接受的办法加以解决。
2、两岸直接通航的基本原则。
两岸直航的基本原则与政策是“一个中国、直接双向、互利互惠”。其核心是一个中国原则，即两岸直航不能违背一个中国原则。在目前情况下，只要将两岸通航看作一个国家的内部事务，就可以通过民间对民间、行业对行业、公司对公司的方式实现通航。
3、两岸航线定位。
两岸之间的航线应是实行“特殊管理的国内航线”，而非国际航线。海峡两岸海上直接通航属于中国内部事务，应由双方协商解决。
4、两岸航线的经营权。
根据联合国海洋公约关于国家主权及其领海的规定，而产生对于国家具有重要意义的两岸权力——国家为本国及其公民保留沿海运输贸易权及沿海渔业权。世界上的主要沿海国家几乎都不开放外国船公司介入本国的沿海运输市场。因此，在一个中国的原则下，祖国大陆坚持两岸之间的货物由两岸的船公司经营。非经批准不允许外国船公司经营，这不仅维护了国家的主权，而且保护了两岸的航运利益。祖国大陆允许走国际航线的外国船舶在两岸任一对外开放港口装上或卸下外贸货物，但不能经营两岸间的贸易货物运输。保护自己国家沿海运输贸易的专属权不受侵犯，这是两岸责无旁贷的义务。
5、直接通航的认证问题。
海峡两岸实现直航，会涉及到两岸各自有关证件的使用问题。祖国大陆认为，只要双方坚持一个中国的原则，抱有推动直航的诚意和积极态度，完全可以通过协商找到解决办法。事实上，在近年两岸人员的往来中，均采取特殊办法，解决了有关证件与旗帜标志问题。海峡两岸直航的飞机、船舶国籍与旗帜问题也可按有关规定协商解决。根据国际民航公约及附件的规定，航空器要有国籍标志。国籍标志须从国际电信联盟分配给登记国的无线临时性呼叫信号中的国籍代号系列中选择。分配给中国的是英文字母“B”，因此祖国大陆与台湾地区的飞机国籍标志都是“B”，因此按此规定，两岸直航的飞机不存在国籍和旗帜问题。1997年，港台航线通航船舶挂旗问题上已经解决。在这种情况下，未来两岸直航船舶挂旗问题，通过双方协商也完全可以达到解决的办法。
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