天保工程二期与一期相比，中央投入政策更加体现以人为本的精神，符合实际，更加具有针对性和可操作性。这些政策变化与调整，也是工程二期的亮点。主要体现在7个方面：
更加关注西部经济发展。天保工程首先是国家重点生态工程，也是拉动西部区域经济增长的扶贫工程。与全国相比，西部省（区、市）经济发展相对滞后，提供配套资金能力较差。工程一期实施方案虽然规定地方按照总资金规模20%的比例提供配套资金，但实际执行中难以如数兑现。工程二期取消了地方配套资金，使这些省可以腾出资金去解决其他事关发展的一些关键问题，对加快区域经济发展有一定的促进作用。
更加关注民生。二期方案大幅度提高了森林管护以及基本养老统筹、基本医疗、失业、工伤、生育5项社会保险补助标准，既解决了林业职工工资增长低于社会平均工资的问题，也解决了工程实施单位因社会平均工资连年上涨造成的参保费用缺口问题，确保企业职工全员参保。
更加关注资源培育。从工程一期的单纯保护转向全方位的保育结合，有效地解决了天然次生林、人工林分生长过密，中幼龄树生长受阻造成的林木生长缓慢、生长被抑制、生态功能低下等问题。对国有林采取抚育措施后可加速林木生长；对东北、内蒙古等重点林区通过中幼林抚育和低效林改造等措施，可大幅度地提高林木生长量和林分质量，促进天然次生林向稳定结构顺向演替，同时也为巩固东北、内蒙古木材生产基地建设提供了有力保障，确保了国家木材战略储备。
更加关注扩大就业。工程二期不再安排国有职工一次性安置，而是通过继续实施公益林建设、森林管护，以及新增中幼林抚育、后备资源培育等建设任务增加就业岗位，保证工程区所有职工充分就业。仅新增的中幼林抚育和森林培育两项任务，就可以新增就业岗位24.88万个。
更加关注农民利益。天保工程一期对集体林没有经济补偿，很多农民对此意见很大，而二期则有效地兼顾了长江、黄河两大流域天保工程区的林农收入问题，对于纳入国家级公益林的，中央财政按每年每亩10元给予补偿；属于地方公益林的，中央财政每年每亩补助森林管护费3元。在工程区范围内没有纳入上述两类林的，由林农依法自主经营。
更加注重企业改革。为鼓励森工企业分离目前负担的广播电视、城市环保、社区管理等公益事业，凡移交地方政府统一管理的，中央财政将给予补助。
更加体现实事求是。工程二期改变了一期投入标准一定11年不变的静态资金预算控制，而是根据社会工资增长、物价变化等因素对投入标准进行动态管理。
