伊朗和巴基斯坦至少有三类矛盾，短时间内只能缓和两国关系，并不会有明显的改善。
第一，伊朗作为什叶派与逊尼派为主的巴基斯坦有天然的矛盾，且对立的种子至少有千年的历史。而对于宗教而言，异端比异教徒更可怕。基督教历史上由于宗教改革引发三十年战争，导致德意志地区成年男子锐减一半以上，由此可见宗教冲突的矛盾之深。
而且由于巴基斯坦作为一个穷国，对于同为逊尼派的中东产油国在紫金上有深的依赖性。巴基斯坦军队屡次作为海合会过来雇佣军，处理棘手问题，譬如2011年阿拉伯地区普遍进入动乱，沙特就雇佣巴基斯坦军队维护治安。在这种关系下，巴基斯坦和伊朗的关系难以得到改善。
第二，美国的战略利益，导致两国之间难以协同关系。巴基斯坦是美国在南亚地区，对印度制衡的重要棋子，导致美国和巴基斯坦的关系比较特殊，巴军队大量武器来自于美国。而美国对于伊朗，长期以来的政策都以制裁为主。在美国的不同利益诉求下，巴基斯坦和伊朗的关系并不会提升到紧密的程度。
另外，印度的因素也不容忽视。印度是伊朗的重要买家，是伊朗突破美国制裁的途径之一。从印度的整体战略，在与巴基斯坦长期对峙的情况下，印度也需要伊巴保持紧张关系，从背后牵制巴基斯坦。
第三，分离势力问题。俾路支独立势力活动于伊朗俾路支斯坦—锡斯坦以及巴基斯坦的俾路支省，在宗教因素下，巴境内的俾路支武装经常越境攻击伊朗的军政民系统，曾袭击伊朗革命卫队副司令，造成多人死亡，伊朗以此指责巴基斯坦对于境内武装的缺乏打击力度。
故在这三个矛盾下，巴基斯坦和伊朗的关系一直处于微妙状态，虽然在伊朗有美国威胁，巴基斯坦有印度的大兵压境下，双方都不会故意引发新的边境冲突，但是互相之间的指责和不协作是常态，也是俾路支武装难以根除的重要原因。
但是在2019年以来，双方面临的新局面让彼此不得不加强协作。伊朗方面，随着特朗普退出伊核协定，对于伊朗的制裁力度会越来越深。而巴基斯坦由于印度的威胁，加上东亚合作的战略走廊需要保持稳定性，使伊朗和巴基斯坦的合作成为了可能。
在2019年4月21日，巴基斯坦总理伊姆兰·汗访问伊朗，与总统鲁哈尼进行了会谈，强调了两国在打击分离势力和石油天然气及电力方面的合作，开启了巴伊之间的新篇章，对比鲁哈尼认为伊姆兰的到访将是两国之间关系的转折点。
不过，巴基斯坦和伊朗关系的改善，总的来说是一种迫不得已，实质性的矛盾仍然存在，一旦合作后的收益不大，双方关系还是可能紧张化的。
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