纳税评估人员通过综合征管软件提取了该公司2007年度增值税纳税申报情况及财务报表中的相关数据。通过对该公司的资产负债表、损益表、纳税申报表进行初步审核分析，评估人员确定了三个重点评估方向，围绕企业的税负率、进项税额及销售收入进行相关指标及指标变动率之间的配比分析：
1.纵向分析：2007年该公司申报应税销售收入38615万元，应缴增值税686.19万元，增值税申报税负率为1.78%，2006年该公司申报销售收入30137万元，应缴增值税903.71元，增值税税负率为3%，2007年度税负率比上年同期下降了1.22%，税负率指标显示异常。
2.横向分析：评估人员全选了本地区另12家同类型水产品加工企业申报数据，加权平均计算这12家水产品加工企业的2007年度平均增值税税负率为3.3%，将这12家水产品加工企业的当期税负率以及变动情况同该公司进行了初步比对，税负率及变动情况明显存在差距。
3.销售收入变动率与应纳税额变动率配比分析。
2007年该公司申报销售收入3.86亿元，上年同期申报销售收入3.01亿元，而应纳增值税额却由2006年度的903.71万元大幅度下降至2007年度的686.19万元，根据上述资料计算出，该公司销售收入变动率为28.24%，应纳税额变动率却为-24.06%。
简明列表如下：
分析：在正常情况下，销售收入变动率与应纳税额变动率应基本同步增长，比值应接近1。该公司销售收入稳定增长，销售收入变动率与应纳税额变动率比值却为-1.17，分析结果显示进项税额指标异常，有可能存在虚、多抵进项税额的问题。
4.营业利润变动率与税负变动率配比分析。
该公司2007年主营业务收入38212万元，营业利润-64万元；2006年主营业务收入29770万元，营业利润514万元；根据上述资料计算出，当年度营业利润率为-0.17%，上年同期营业利润率为1.73%，营业利润变动率为-109.83%，税负变动率为-40.66%，营业利润变动率与税负变动率的比值为2.7，远远大于1。
简明列表如下：
分析：在正常情况下，两者应基本同步增长，比值应接近1，而该公司两个比率均为负，且比值远大于1，分析结果显示该公司可能存在销售时多结转销售成本、多计期间费用而少计销售收入的问题，或存在发出商品未做销售现象，销售收入指标显示异常。
三、实地核查 指标测算 疑点现形
由于纳税人无法对评估人员提出的指标异常情况说明清楚，为了进一步弄清事实，评估小组决定由案头分析环节转入实地核查环节。
带着疑问，评估人员实地了解该公司生产工序流程，在对该公司的纳税申报资料及财务报表进行了仔细研究后，查看了2007年企业的账、证记录和纳税申报资料，根据其农产品收购加工的特点和财务核算实际情况，迅速确立以下述4个指标与价格指标为主线进入深度评估测算。评估人员重点测算了4个关键指标的投入产出比：
1、A产品投入产出率为65%；
2、B产品投入产出率为88%；
3、附产品下脚料投入产出率为18%左右；
4、辅助材料（外包装箱）投入产出比：A产品每十公斤一箱装，B产品每二十公斤一箱装。
评估人员使用上述4个关键指标并结合互联网上公布的福建鳗鱼池边交易价格进行测算，通过查阅企业相关资料，评估人员果然发现下列疑点。
疑点一：当年度A产品入库3618411公斤，B产品入库1234838公斤，二者年末均无在产品，根据原料产品的投入产出测算出，原料(水产品)的测算投入数量应为3618411/65%+1234838/88%=6970011公斤，而账面记录投入数量为7081269公斤，差距111258公斤。应该核实其进项抵扣的真实性。
疑点二：查阅当年度原料收购凭证记录，以12月份数据为例，其中每公斤活鳗不同规格的收购价分别是：5p 69元、4p 64元、3p 60元、2.5p 55元、2p 50元。而同期中国鳗鱼网上公布的福建活鳗池边交易价为：5p 66-67元、4p 61-62元、3p 56-57元、2.5p 52-53元、菜鳗45. 5-51元。经过比对，每公斤存在2-3元左右差距，考虑农产品收购发票开具随意性较大，收购业务发票由纳税人自行填开，容易产生随意填开现象。应核实其进项抵扣的准确性。
疑点三：当年度A产品生产领用外包装箱358133个，每箱十公斤装；B产品生产领用外包装箱70809个，每箱二十公斤装。根据辅助材料（外包装箱）投入产出比测算出：理论产量为358133*10+70809*20=5267510公斤，而账面产成品完工入库记录数为4853249公斤，差额414261公斤。该公司产品主要销售外贸出口，如此巨大的差距不符合常理，需要查明是什么原因形成的。
疑点四：根据生产性企业的通常特点，加工过程都有一定的下脚料、废料或是附产品。根据附产品下脚料投入产出率为18%左右计算出，下脚料产出量为7081269*18%=1274628公斤，但查看了2007年度企业的账簿、凭证，均无任何记录，存在疑问，应核实企业下脚料、废料或是附产品的去向。
疑点五：《资产负债表》中“存货”中当年末余额为7260万元，比年初余额5470万元，增长了1790万元，账面记录产成品年末产品库存金额达6775万元，库存量为933吨，如此巨大的库存量不符合常理，而《资产负债表》中“预收账款”年末余额高达4804万元，需要查明是否存在发出商品已预收货款却未及时做销售实现，有着少计销项税额之嫌疑。
疑点六：查阅账薄记录“发出商品”科目当年年末余额为4.85万元，系零星内销调味品酱油。根据现行税收政策规定，该笔收入应当期记入销售明细账。需要查明是否存在货已发出已预收货款却未及时做销售实现，少计销项税额。
疑点七：《资产负债表》中“在建工程”当年新增69.50万元，账簿、凭证记录有工程领用不锈钢板、不锈钢方管等材料而当年度增值税申报表及附表未记录有在建工程领用工程物资、用电、用水、进项税额转出，存在着非应税项目的购进货物已全额进行了认证抵扣的疑点。
疑点八：厂区内职工食堂、宿舍整洁明亮，秩序井然。审阅其“应付福利费”科目借方本年度发生额未记录职工食堂、宿舍福利电、水费支出，审阅“应交税金---应交增值税---进项税额转出” 本年贷方发生额也未有任何记录，科目之间的不对应，直接指向非应税项目的购进货物已全额进行了认证抵扣的疑点。
疑点九：《资产负债表》中“固定资产” 当年新增126万元，审阅当年度增值税申报表及附表进项抵扣明细，发现存在当年度新购置减速机、起重秤等固定资产设备进项税额已全额进行了认证抵扣，而增值税申报表及附表未记录有进项税额转出，存在着可能属于资本性支出税额部分进行抵扣的疑点。
四、约谈核实 调整反馈 辅导补税
针对评估分析过程中确定的疑点，评估人员向该企业发出《纳税评估约谈说明建议书》，并列出了九个疑点。约请公司有关人员就涉税疑点问题进行约谈举证。
经与企业法人代表、财务负责人座谈，讲明政策，晓以利害。企业反映,近年来由于市场竞争激烈，截止2007年底，全国共有同类型农产品加工厂61家，当年度共出口产品40000多吨。一方面，源于外汇汇率日渐贬值，2007年度该公司仅外汇汇率净损失在800万元人民币以上。另一方面，国内农产品收购价格却不断高涨，有的品种年末收购价格比年初价格涨幅一倍以上。随着出口国家日本、欧美等国家的药物残留、食品安全检验、检疫项目指标越来越多，该公司为了抢订单维持生产运转，只好采取薄利多销等手段，在微利甚至略亏状况下运行。目前国内同行业农产品加工厂基本处于半停产，有的甚至长期没有生产，面临倒闭。现能够正常开工生产的加工厂几乎没有，此公司也不例外。对评估人员的疑问，企业法人代表非常重视并积极主动配合，多次召集财务人员、车间班组相关业务人员进行全面、认真的整改，鉴于企业积极配合评估的态度，并经批准决定给予企业自查自纠的机会。企业按时向评估人员上报了自查调账处理报告，并附报了相关证据资料：账务调整处理记录、收购业务明细清册、货物出入库单据、进销货合同、成本计算单、增值税专用发票复印件等。
经过核实并辅导企业账务调整补申报增值税结论如下：
关于疑点一：原料的测算投入数量与账面记录投入量差距111258公斤的问题。企业自查出收购过程中存在新招聘采购员行情不熟、业务不精以及内部管理欠缺等原因。造成有养殖户以次充好，将质量不合格品偷偷混入合格等级，导致预检合格购入原料水产品非正常损耗，金额达527.54万元。就此问题，企业进行了相关账务调整、处理，并将已抵扣进项税额及时转出。
关于疑点二：原料收购价格每公斤存在2-3元左右不等价差问题。企业解释是中国鳗鱼网上公布的福建活鳗池边交易价是指导价，由于本地产原料水产品质量较好，池边交易价比外地会高出1-2元。同时企业也自查出收购过程中存在冰块冷藏保鲜费用、氧气费、收购手续费、装卸搬运等杂费，由于收购人员时有变动，新招聘采购业务员不懂国家税收政策，将收购杂费363.58万元全额计入农产品收购价，多抵扣进项税额。就此问题，企业进行了认真清理，调整了相关账务记录，同时将已抵扣进项税额转出。
关于疑点三：测算产成品产量与账面产成品完工入库数差距的原因。企业自查出由于国外客户变化，已印刷好的外包装纸箱只好作废。车间班组不定时地将已报损或是损坏的生产领用外包装纸箱让售，共让售金额34616.60元。由于金额较小, 车间班组在平时加班时做加餐费用开支了，未上报财务。就此，企业也进行相关账务处理，将此笔全额调整“未分配利润---以前年度损益”，补做了进项税额转出。
关于疑点四：测算出水产品头、骨、肚等下脚料1274628公斤去向问题。企业自查出让售的下脚料共1265144.82公斤，销售总金额75.90万元，已就此于2008年3月进行账务处理，全额计入其他业务收入。
关于疑点五：库存量巨大不符合常理问题。该公司解释供货出口业务，属于国际贸易。一般情况下，货物发出后在途时间较长。企业自查出，截止2007年底，有590吨产成品发出在途，金额达6000多万元，在2008年第一季度内绝大部分已开票实现销售。截止2008年3月底，还有4268万元在途商品，尚未开票。就此，企业严格按照税法规定，进行了相关账务处理，将4268万元在途商品全额计入主营业务收入,全部及时申报纳税。
关于疑点六：“发出商品”科目年末余额问题。企业自查出是内销零星让售调味品酱油4.90万元，其成本是4.85万元。就此，企业也进行相关账务处理，将此笔销售金额计入其他业务收入，计算申报销项税额。
关于疑点七：“在建工程”领用材料、工程用电、用水进项税额未转出疑问。企业自查出是当年新建设B产品车间项目，至今尚未工程清算。现结算出工程领用材料 14.66万元 ， 税额2.13万元 ；工程用电 2.43万度，每度不含税单价0.594元，金额1.45万元；工程用水 2066吨 ，每吨不含税单价1.5元，不含税金额0.3万元；就此，企业进行了相关账务调整、处理，同时将已抵扣进项税额转出。
关于疑点八：厂区内职工食堂、宿舍非生产项目用电、用水进项税额未转出疑点。企业及时进行了统计，得出两福利设施共用电4.63万度 ，金额2.75万元；用水1.24万吨，金额1.86万元,合计4.62万元。就此，企业进行了相关账务调整、处理，同时将已抵扣进项税额转出。
关于疑点九：新购置“固定资产” 进项税额进行了认证抵扣疑点。企业进行逐项清理，自查出是当年新添置减速机、起重秤等生产设备，总金额5.79万元，税额0.84万元。就此，企业进行了相关账务调整、处理，同时将已抵扣进项税额转出。
以上1~9项合计共补申报增值税 857.57万元。
经评估，如果考虑存货变化、年初留抵影响，2007年度增值税理论税负达到 4.05%，福州市某农产品加工公司的增值税“税负率”指标远远超过同行业平均水平,应属正常。
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