国税函[2008]299号“预计利润率”和国税发[2009]31号“预计毛利率”的含义
提示以上两个文件都有效。
1、制定国税函[2008]299号时受到“营业税金及附加必须和收入配比结转进损益”传统会计观点的影响，所以规定了个“预计利润率”。即企业利润总额+项目预计利润（项目收入-项目成本-项目税金）；即把企业利润和项目利润分开计算（未贯彻法人税制精神）。
2、制定国税发[2009]31号时受到“营业税金及附加不需要和收入配比，直接进损益”会计准则规定的影响，所以规定了个“预计毛利率”。即企业利润总额+项目预计毛利；即把企业利润和项目利润合并计算（贯彻法人税制精神）。
无论是按国税函[2008]299号“预计利润率”计算，还是国税发[2009]31号“预计毛利率”计算，其结果都是一样的。
因此企业按“营业税金及附加必须和收入配比结转进损益”传统会计观点核算的，申报季度所得税时需要手动减去营业税金及附加，而企业按“营业税金及附加不需要和收入配比，直接进损益”会计准则规定核算的，申报季度所得税时不需要再减去营业税金及附加。
也就是《会计准则》与《会计制度》对成本的定义不一样，《会计制度》认为营业税金及附加属于构成营业成本的项目，而《会计准则》认为营业税金及附加是与营业成本同级别的项目。
所以，规定“预计利润率”的税务局，说明其征管水平还停留在会计制度的程度；而规定“预计毛利率”的，说明其征管水平已上升到会计准则的程度。