杀菌的中草药有苍术、艾叶、蒲公英、柴胡和金银花等。
在古代苍术就是防治瘟疫的重要药物。苍术含有芳香性挥发油，气味芳香、药性稳定、刺激小，对人体无毒、无副作用，杀菌力强、效果维持时间长。苍术烟熏对结核分枝杆菌、金黄色葡萄球菌、大肠杆菌、枯草杆菌及铜绿假单胞杆菌有显著的杀菌效果。
艾叶味苦、辛，性温，归肝、脾、肾经。艾叶味芳香、苦燥辛散，能理气血、温经脉、逐寒湿、止冷痛，为妇科良药。现代医学的药理研究表明，艾叶是一种抗菌抗病毒药物，它对好多细菌和病毒具有抑制和杀伤作用。对呼吸系统疾病也有一定的防治作用。
现代药理研究中也证实蒲公英的提取物，确实具有杀菌作用。蒲公英对金黄色葡萄球菌耐药菌株、溶血性链球菌及肺炎双球菌、脑膜炎球菌、白喉杆菌、绿脓杆菌、变形杆菌、伤寒杆菌、痢疾杆菌等均有一定的杀菌作用。
柴胡对伤寒杆菌、大肠杆菌、酵母菌等所致的发热有明显解热作用，同时能抑制结核杆菌、流感杆菌和牛痘病毒，还能杀死疟原虫。
金银花清热解毒，而且有杀菌的作用，例如银翘解毒片，就是以金银花为主药。此外，金银花对肺炎、细菌性痢疾、外科感染也有效。
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