伊顿回到华盛顿，反而控告摩尔斯在指挥地中海舰队之时根本就不围困的黎波里港，而是在地中海上转悠。
地中海舰队刚组建之初，按海军各上校的军阶顺序，拟任命星座号舰长托马斯·特拉克斯顿为准将司令，但特拉克斯顿要求另外任命一名舰长，这样他可以集中精力指挥整个舰队。为了还国债，杰佛逊上任后将联邦预算消减到原来的一半，这样省出七百多万用于还债，其中受消减最厉害的是海军，被削去50万，上校由28人减到7人，取消少校军衔，上尉由110人减少到36人，不可能再找到一名舰长，这样司令就由愿意身兼两职的多尔担任。
多尔去职后，特拉克斯顿再次在考虑之列，但他还是要求任命一位舰长指挥旗舰，海军部长史密斯一怒之下将之逐出海军，地中海司令就由摩尔斯出任。摩尔斯的哥哥在1800年选举僵局中倒戈支持杰佛逊，因为摩尔斯的任命有政治酬劳色彩。
针对伊顿的指控，海军成立军事法庭，裁定摩尔斯有罪，将之逐出海军。这才轮到普雷布尔出马。
摩尔斯是国父之子，哥哥是议员，怎么居然被一个丧失国格的外交官告倒了？
伊顿先生可不是简单的外交官。
派往和美国经济有厉害关系的北非诸国的领事，起码应该是懂北非外交之人。美国派驻巴巴里的总领事兼驻阿尔及尔领事理查德·奥布莱恩就是这样的人。他曾是多芬号船长，船只被绑架到阿尔及尔后，他为奴11年。派往的黎波里的领事詹姆斯·卡斯卡特是多芬号船员，也当了11年奴隶，伊顿不仅没当过奴隶，连美国都没有离开过。
伊顿在独立战争中参军，但没有参加一场战斗，战后获得大学学位，成为佛蒙德州议会的职员，从这里接触政治。1792年以上尉军衔重新入伍，随沃伦将军进俄亥俄谷地，颇受沃伦欣赏，成为他的副手。俄亥俄战役后伊顿被派往乔治亚，负责南部边疆的安全，干得十分出色，也因此受上级嫉妒，回到费城，被政府临时征用为情报人员，他抓住了一名西班牙间谍，并通过对方提供了假情报，使得西班牙和美国达成协议。
为此，政府要重奖他。他对中东和地中海已经向往很久了，要求政府派他出使突尼斯，他的要求政府同意了。
兼任重任的三位美国驻巴巴里领事面对巴巴里诸国的次次勒索，自己内部还不团结。奥布莱恩和卡斯卡特在当奴隶时就不合，奥布莱恩一直反对对卡斯卡特的任命。的黎波里对美国宣战后，卡斯卡特被驱逐出境，在海上遇见突尼斯海盗，被洗劫一空，连罗盘都抢走了。船长再三抗议，海盗才给了个破罗盘，好在卡斯卡特是海员出身，勉强修好了罗盘，才到达目的地。
伊顿到了突尼斯后，不仅仗义救美，而且还和充当美国和突尼斯之间中间人的法国商人菲米在大街上大打出手，打得对方满地找牙。突尼斯总督被两人叫到宫内询问，伊顿能言善辩，总督赶走了菲米，邀请伊顿共进晚餐。
伊顿的能言善辩又一次成功了，他接着要求政府出兵，从陆上进攻的黎波里。海军部对此完全支持，但管陆军的战争部认为出兵还不如支付赎金，哪怕多两倍三倍也划算。
不出兵，那就智取。
早在1801年中，卡斯卡特就给了伊顿一个建议：颠覆的黎波里政权。
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