1842年1月6日，喀布尔的英军开始撤退。天气寒冷，到处白雪皑皑，拥有4500名战斗人员和1.2万名随营人员的英军踏上了充满危险的撤退之路，从海拔6000英尺的喀布尔撤往130英里以外的贾拉拉巴德。严酷的自然环境，罕见的天寒地冻，匮乏的食品药品，以及交错的山峦、纵横的奇峰、盘旋的道路、刺骨的寒风，一切都成为英军的可怕敌人。英军毫无斗志，意志消沉，随营人员无不惊惶万状。第一天的行军走了不过5英里，后卫部队又不断受到阿富汗吉尔查伊部族武装的骚扰，午夜2点钟才到达宿营地。
第二天，英军也没有走多远。英军准将谢尔顿恳求司令官埃尔芬斯顿，趁吉尔查伊人集结起全部力量之前，火速通过危险的必经之路胡尔德-喀布尔峡谷。埃尔芬斯顿却有其他考虑：英军人困马乏，而且阿克巴汗在协议中答应在英军撤退途中提供食物和取暖的木柴。所以，他决定全军暂停前进，准备夜间通过峡谷。
行军两天两夜后，英军中许多人手足冻坏，体力耗尽，失去作战的能力，而撤军途中，又不断遭到阿富汗人的袭击。吉尔查伊部族没有参加同英军的谈判，自称不受5项条件的限制。英军一出城，这些阿富汗战士立刻抄起他们的“杰撒伊”，在马背上，在峻峭的山脊上，一路尾随猎杀英国人。所谓“杰撒伊”，是阿富汗人对土制步枪的称呼。这基本上是阿富汗山民们利用手头的技术，土法上马造出来的特色武器，枪机和扳机组件全是从废弃和缴获的英军“棕贝斯”步枪上拆下来的。阿富汗人又在枪上加装附件，提高了步枪的射程和精度。“杰撒伊”的枪管细长，使用能够保证气密性的填装弹药。“杰撒伊”射击时，一般需要展开枪管下的铁叉；铁叉插入地下，以此来支撑长长的枪管。这种步枪的有效射程可达457米，而英军“棕贝斯”步枪的最大射程才不过137米。阿富汗人不依不饶地尾随在英军后面，用他们的“杰撒伊”对英军——“点名”。如恩格斯曾写道的：“寒冷、冰雪及粮食不足的情况，就像拿破仑从莫斯科撤退时一样。但是使英国人提心吊胆的不是离他们相当远的哥萨克，而是装备有远射程大炮和占据着每一个高地的顽强的阿富汗狙击手。”
阿富汗人在英军的必经之路克胡尔德-喀布尔峡谷两侧设伏，怪石嶙峋的陡坡间遍布“杰撒伊”。英军冒着两侧岩石间倾泻而下的弹雨，强行通过山谷，场景惨烈。手持“杰撒伊”的阿富汗山民居高临下，肆意射杀英国人。有幸存的英国人回忆道：“这个可怕的狭道全长有5里光景，它被两侧高峻的山脉封闭起来，在这个季节，太阳只能从隘道的险峻的峭壁中透入一线瞬时即逝的阳光。一股山涧急流冲向路中央……水边上结着厚厚的冰凌，冰凌上又积着泞滑不堪的雪堆……我们得在这条小河上过来过去达28次之多……对方向先头部队猛烈开火，先头部队中还有一些妇女同行……她们策马向前，首先受到敌人子弹的袭击……赛尔夫人胳膊上受了轻伤……人们向敌人火力最密集处挺进，那种屠杀的景象真是令人害怕。一瞬间，到处惊恐万状。成千上万的人都想找到逃命之所，急急忙忙冲向前头，把辎重、武器、弹药、妇女和儿童全都扔了，此刻除了自己的性命以外，他们什么都顾不上了。”最终，英军抛尸3000多具才得以通过峡谷。
时值严冬，加之攀上海拔更高的地区，活着通过峡谷的英军中又有许多人死于饥寒和冻伤。晚上英军扎营休息，许多人躺下后就再也站不起来了。晚上天降大雪，英军的处境更加绝望。到早上拔营继续撤退时，地上留下大片的死尸。埃尔芬斯顿接到阿克巴汗表示愿意提供给养和护卫的信，再度下令停止前进。结果这一举动进一步削弱了英军的实力。按照阿克巴汗的建议，英军留下了妇女、儿童和负伤的军官，由阿克巴汗“照管”，实际成为俘虏和人质。前文提到的赛尔夫人就此成为阿富汗人的俘虏，她回忆道：“路上堆满了血肉模糊的尸体，全是赤身露体的；数一下有58名欧洲人……土人则不可胜数……这种景象是可怕的；一阵阵血腥味令人作呕；尸体堆得那么密密层层的……”
按照英国军官的回忆，1月10日，幸存者们继续前行，前进又被阻止在“两座大山的突出的峭壁之间的峡谷里……阿富汗人安稳地占着有利地势，开始发起攻击，当部队缓慢地挨近这个致命的地点时，他们朝着挤成一团的队伍倾泻出一片毁灭性的火力……各士兵步兵团的最后一批残部，就在这里被打散和消灭了，金库以及所有剩余的辎重均落到敌人的手中。”
过去这一关，英军残部只剩了200多人，凭着求生的意志，他们强撑着向贾格达拉克峡谷前进。一路上，英军继续反复遭到阿富汗部族武装的袭击。埃尔芬斯顿和谢尔顿再度去找阿克巴汗谈判，希望保住英军残部的性命，结果被阿克巴汗扣押，成为事先所说的人质。1月12日，英军残部到达贾格达拉克峡谷。这条峡谷海拔6240尺，英国人形容：“这个可怕的狭道约有2里长，窄极了，四周被险峻的高山所包围。这条路有一个相当大的上斜坡，在接近坡顶的时候，发现有完全遮盖着狭道的、由带刺的橡树的枝杈构成的两座坚固的障碍物挡住了去路。”经此一关，只剩了最后约20名英国军官和45名英国士兵挣扎着向甘达马克前进。
这些最后的英军分成两小队，其中一队留下来殿后。他们离开大路，在左侧高地构筑了简单的阵地。这些英军只剩了20支步枪，每支枪只剩两发子弹。从甘达马克方向来了大批阿富汗部族骑兵，招手示意这些英国人下山谈判。双方在接触中发生冲突，一名阿富汗战士要收缴一名英军士兵的步枪，被英军士兵开枪打死。谈判随即破裂，一波又一波的阿富汗骑兵冲向这些英军残兵，将他们全部杀死。
最终，英军残部及随行人员和家属1.6万人，最后只有1名身负重伤的军医活着回到贾拉拉巴德，报告了英军全军覆没的消息。这位名叫威廉·布莱顿的英国军医也差一点做了“杰撒伊”的枪下鬼，子弹打坏了他的佩剑，击伤了他的坐骑。马克思在《印度史编年稿》中以简约的文字记录了这一幕：
1842年1月13日，贾拉拉巴德（阿富汗东部毗邻巴基斯坦边境的一个重要城市）城墙上的哨兵们眺望到一个穿英国军服的人，褴褛不堪，骑在一匹瘦马上，马和骑手都受了重伤。这人就是布莱顿医生，是3个星期以前从喀布尔退出的1.5万人中唯一的幸存者。他因饥饿而濒于死亡。
另有人如此记述：
从贾拉拉巴德城堡的高墙上望去，一名眼尖的英国军官率先发现了不速之客：他骑着一匹脏兮兮的、精疲力竭的战马穿过荒芜的平原，在山口勒住缰绳。救援队冲出城门，确认来者仅有这孤零零的一个人，他的脸被割伤，破烂的制服上血迹斑斑。当被问到“部队在哪里”时，助理医师威廉·布莱顿有气无力地回答：“我就是全部。”时间定格在1842年1月13日，三年前兵发阿富汗的英军，只剩下这位30岁的苏格兰人。
这名军医回忆道：“情况一团糟。我被从马上拖下来，一柄阿富汗战刀砍在脑袋上，若不是把木制弹匣藏进了帽子里，我必死无疑。结果，我幸运地只丢掉了一片头皮。意识到第二刀砍来，我挥剑还击，混乱中斩断了攻击者的几根手指，双方都不愿恋战，各自扭头逃窜。”一名身受重伤的骑兵把战马让给了布莱顿。后者发觉，残余的人马都已精疲力竭，只剩最后的20名军官和45名士兵。英军残兵分成两队，一队殿后，一队继续前进。黎明时分，继续前进的一队再度陷入重围，英国人一个接一个倒在了距贾拉拉巴德尚有16英里的法特哈巴德，只有布莱顿逃出生天。他如此描述自己的艰难旅程：“我继续孤身前行，突然看到约20名男子举着武器冲来。我吃力地策马飞奔，用嘴咬紧缰绳，左右开弓挥舞佩剑，硬闯了过去。紧接着，一个持枪的家伙朝我射击，佩剑被打成两截，只剩下15厘米长的护手。”
仿佛神灵护体般，布莱顿再次逃脱，只有5名阿富汗骑兵在身后穷追不舍。他如此描述自己的拼死奋战；“对方挥刀的刹那，我举起剑柄向他的头部砸去，躲闪中，他只砍到了我的左手背。左手既然残废了，我换右手抓住缰绳……或许是以为我打算掏枪，对方突然掉转马头撤走了。事实上，我已手无寸铁，看到影子就害怕，仿佛随时会从马鞍上跌下来。”多亏贾拉拉巴德城墙上那位眼尖的军官，布莱顿医生成为英军中惟一的生还者。“除了头和左手，我的左膝中了一剑，一颗子弹射穿了裤子，擦伤了皮肤。”他在病榻上留下的笔记显示：“遗憾的是，那匹救了我性命的战马，被牵到马厩后便停止了呼吸。”
英军的魏尔德准将和乔治·波洛克将军一度从白沙瓦出兵接应贾拉拉巴德，都因恶劣的天气而半途折回。英军将领赛尔清楚撤离无望，遂坚守贾拉拉巴德。赛尔驱逐了城中所有阿富汗人，四处搜集木料加固工事，白沙瓦也派出骆驼商队为他送来三个月的粮食。赛尔截获了阿克巴汗写给贾拉拉巴德附近阿富汗部族首领的信件，内容是号召穆斯林向异教徒发动“圣战”，并承认是自己杀死了英国公使麦克诺顿。2月19日，贾拉拉巴德居然发生地震，新修的防御工事被毁；阿克巴汗率军来到贾拉拉巴德城下，英国人的危险一时迫在眉睫。赛尔拼命督阵，总算重新修好了工事。后来杜兰尼人全面进攻坎大哈，一度将城门焚毁；英军用粮包堆成工事拼死抵抗，击退了阿富汗部族武装的进攻。加兹尼的四百多名英国驻军则遭到全面围困，粮食饮水断绝。英军指挥官帕尔麦上校被迫向阿富汗人投降。按照与部族武装的协议，英军要被护送到白沙瓦；但出城投降后，四百多名英军落到了愤怒的阿富汗人手里，全部被杀。
英军的全军覆没，在英国国内引起轩然大波。早在1841年10月，辉格党内阁倒台，罗伯特·皮尔担任首相，即任命埃伦波洛为英属印度总督，前去接替奥克兰。埃伦波洛1842年2月抵达印度，3月即写信说：
面临阿富汗人民的普遍的敌视——这已经带有一种宗教的和全民的性质——很明显，要收复阿富汗，假如这是可能的话，一旦遇到来自西部的侵略，哪怕只能构成一种软弱的源泉，而不是力量的源泉，而且很清楚，当前政策所依据的那种基础，也已经不存在了。
他进一步写道：
究竟应采取什么方针，完全应以军事考虑为依据。立即考虑各驻防军的安全问题……最后，重新树立我们的军事声誉，办法是对阿富汗人给予一些显著的和决定性的打击，以便让他们，还有我们自己的臣民和同盟者明白，我们有力量去惩罚那些犯了暴行并违背了自己信誓的人们；我们最后撤出阿富汗，并非由于保持我们地位的手段存在什么缺陷，而是因为我们满意地认为，我们所拥立的国王——正如我们错误地想象的那样，未曾得到他所复位的那个国家的支持。
4月，损失严重的英军准备撤出坎大哈。阿克巴汗的威望不断升高，也渐渐引起其他阿富汗部族首领的忌惮。各首领留舒佳坐在王位上，继续充当傀儡。阿克巴汗向舒佳施加压力，要他带自己的军队来贾拉拉巴德城下与自己会合。舒佳几经踌躇，只得照办；途中，他被阿克巴汗的兄弟查曼汗杀死。与此同时，波洛克率英军打通了从白沙瓦到贾拉拉巴德的交通线，增援了贾拉拉巴德。阿克巴汗作战失利，自己也负了伤，双方不断僵持。6月，舒佳之子法什·贾恩被立为阿富汗国王，阿克巴汗担任宰相。7月，英军加强了兵力之后，在波洛克的指挥下向喀布尔进发了。
波洛克深知阿富汗“杰撒伊”射手们惯用的战术，他不会将自己的部队送上门去给阿富汗山民当靶子。当这次英军通过胡尔德-喀布尔峡谷时，波洛克下令侧翼部队抢占峡谷两侧的制高点。等隐蔽在山坡上的阿富汗人向通过山谷的英军发起攻击时，意外地发现英军居然钻到比自己更高的位置上，居高临下向自己开火。通过胡尔德-喀布尔峡谷后，阿克巴汗与英军在德辛爆发战斗，再度失利，喀布尔北面的大门被打开。与此同时，得到增援的诺特重整旗鼓，率2个炮兵中队、2个步兵团、5个孟加拉营和一部分骑兵，从坎大哈北上，自南面进攻喀布尔。英军再度攻陷了加兹尼，英国国旗又从加兹尼城堡的守望塔上升起。诺特下令用缴获的阿富汗大炮鸣礼炮，并替前番全部被杀的英国守军报复，将加兹尼城堡夷为平地。他还执行了英属印度总督埃伦波洛的命令，把加兹尼王朝国王马赫迈德陵墓的大门拆走。然后英军继续向北进攻，一路烧毁阿富汗人的村庄，从南面抵达喀布尔城下。
1842年9月，英军重返喀布尔。波洛克率军一路通过喀布尔城，到达巴拉·喜塞尔要塞，在那里升起英国国旗。法什·贾恩向英国人投降，被英国人承认为阿富汗的合法国王。英军在喀布尔展开报复，将当初驻阿富汗公使麦克诺顿被砍成碎块的尸体公开展示的市场炸毁。英军在喀布尔城内烧杀抢掠三天，数千名阿富汗人被杀。英国人辩解道，一开始并没有公开劫掠的命令，只是一听到市场的爆炸声，英军“竟大声叫嚷说喀布尔已经撒手不管，可以任意抢劫了。两个营地的人历时冲入城内，其结果是这座城几乎完全毁了”。
整个阿富汗局势依旧危机四伏，反英情绪高涨。喀布尔城中的英军并不安稳，晚上不敢走出军营；南面的山区，阿富汗部族武装十分活跃；北面的库希斯坦，集结着随时出没的阿克巴汗军队；从喀布尔到贾拉拉巴德的交通线上，吉尔查伊人的袭击活动越来越频繁。英军解放了俘虏营（前驻喀布尔英军司令埃尔芬斯顿已经由于情绪沮丧懊恼引起旧病复发，死于俘虏营中），收容了当初没来得及从喀布尔一起撤走的印度残兵，带上法什·贾恩全家，于10月12日主动撤回印度。回师途中，英军还不忘摧毁了贾拉拉巴德的城防工事。
等到1842年11月，英军全部撤回时，英军及英属印度军队总计损失3万多人，军费支出达1.5亿英镑。这次战争后，英国否认自己入侵阿富汗，声称仅为了支持合法的舒佳政府，“以对抗外国干涉以及反对派的捣乱”。这种对战争结论的宣言，无疑意味着英国不会放弃对阿富汗的控制。不过，考虑到惨重代价，此后的36年内英国没有再对阿富汗发动入侵。
英国人释放了多斯特·穆罕默德，让他回到阿富汗，重登王位。多斯特·穆罕默德让阿富汗避免沦入如印度一般的下场，获得了内部整合的机会。他重新统一了阿富汗，收复了阿姆河与兴都库什山之间的广大地区，击败了再度入侵的波斯人，削平杜兰尼王朝残余势力，将长期分立的坎大哈和赫拉特也统一在版图内。阿克巴汗担任父王的宰相，颇有建树。1845年，他被一个印度医生毒死，年仅29岁；时人怀疑，这个印度医生是英国间谍。“阿富汗的幸福与光荣之星”陨落了，阿富汗人用许多诗歌来赞颂他的功绩，至今这些诗歌还在阿富汗流传。1863年6月，多斯特·穆罕默德病逝于赫拉特，那天是他收复赫拉特之后的第13天。阿富汗人爱戴这位国王，民谚有云：“难道多斯特·穆罕默德死了，连正义都没有了吗？”
另一方面，多斯特·穆罕默德于1855年与英国人签订了《白沙瓦条约》，承诺尊重英国东印度公司的领土，以东印度公司“的朋友为朋友，以它的敌人为敌人”。1857年1月，他又与英国人签订了补充条约，加强了双方的联系。根据这个补充条约，由3名英国军官组成的使团于1857年初到达了坎大哈。不久，印度民族大起义爆发，坎大哈总督将此事报告给多斯特·穆罕默德，附带提到有关所有在印度的英国人尽数被杀的传闻时，问道：“我把这三个军官的脖子割断好不好？”多斯特·穆罕默德答复说：“那没有用，我很了解这些英国人。传说在印度的英国人全被杀死，这可能是真的。但是，他们将成千上万地从大海彼岸来到，重新征服那个国家。最好不要管这三个人。”多斯特·穆罕默德显然对英国人的实力有很清醒的认识。
多斯特·穆罕默德死后，阿富汗再度陷入内战。他共有16个儿子，分别由5个妻子所生。多斯特·穆罕默德生前指定第三子希尔·阿里为王储。这位王储一登上王位，11个兄弟就同他展开了争夺王位的斗争。尤其是阿明、萨里夫联手反对希尔·阿里的战争，骨肉相残，残酷至极。希尔·阿里的儿子穆罕默德·阿里与自己的叔父阿明展开了一次单独的战斗，叔侄之间进行着厮杀。两人拔剑对刺，都受了剑伤。接着，叔父用手枪打死了侄子，他自己又被侄子的卫兵杀死，两人倒毙在彼此相距仅仅几步远的地方。接下来的事情，后人如此记述：
战斗结束了，当阿明的尸体被士兵们抬来给希尔·阿里看时，胜利的喜悦让他说话的嗓门也格外高了。他大声叫道：扔掉这条死狗，让我的儿子来向我祝贺胜利！他的侍从不敢把他儿子也被打死的消息告诉他，只是默默地把尸体抬来了。他又大声叫道：那条死狗又是谁？当发现抬来的原来是自己的儿子时，他万分悲痛，立即撕碎了身穿的长袍，并往自己头上撒土。
突如其来的沉重打击，让希尔·阿里疯疯癫癫，不断呼唤着自己爱子的名字，重复说自己是“儿子致死的罪人”。眼见希尔·阿里陷入精神失常的状态，阿富汗国内战乱再起。他的侄子、多斯特·穆罕默德的长孙阿卜杜尔·拉赫曼率军占领喀布尔，立自己的另一位叔叔阿兹姆为国王。1869年，希尔·阿里重新振作起来，得到英国的武器和金钱援助，推翻了阿兹姆，赶走了阿卜杜尔·拉赫曼，重登国王宝座。
希尔·阿里颇有远见卓识，他创建了阿富汗正规军，建立了翻译局，将西方的英文军事著作翻译成普什图文，用货币税替代了土地税中的实物税，修缮道路，开办邮政业务，印制邮票，设立长老会议，为公共福利事务提供咨询，甚至还于1873年创办了阿富汗历史上第一份报纸，波斯文报纸《旭日》。由于内乱和外患，希尔·阿里的计划未能完全实现。尽管如此，希尔·阿里依然堪称阿富汗近代化的先驱人物。
王位继承问题，同样是希尔·阿里的败笔。希尔·阿里的儿子亚库布几次强迫父王承认自己为王储，均未果。1870年9月，眼见继位无望的亚库布带着自己的小兄弟阿尤布逃出喀布尔，进入波斯所属的锡斯坦。亚库布在给父王的信中写道：“由于生命受到压抑，我出逃了。看在安拉和先知的面上，别打扰我。我是不顾一切的，即便你来，你从我这里也得不到什么好处。”积蓄了力量后，亚库布从波斯出兵，于1871年5月攻下了赫拉特。希尔·阿里只得任命亚库布为赫拉特总督，又给他捎去口信：“我已经有了退位的想法，而且已经摆脱了世俗的事务。根据我自己的旨意，特将统治权委托给你。”亚库布回复说：“我对我的过失早已恍然大悟，我已完全放弃了统治的念头，仅想侍奉陛下，以赎罪过。假使陛下杀了我或是将我囚禁起来，我在来世也将认为这是一个光荣。”但希尔·阿里还是将亚库布诱至喀布尔，加以软禁。1873年11月，希尔·阿里立自己的爱子阿卜杜拉·贾恩为王储。阿尤布举兵叛乱，企图营救亚库布，失败之后只得再度逃往波斯。
阿富汗内部动荡不宁，外部环境更日趋严峻。19世纪70年代，英俄两国在阿富汗南北两翼不断进行扩张，将势力边界向前推进到直接与阿富汗领土接壤，对阿富汗构成了新的直接威胁。尤其是俄国，几十年来相继吞并塔什干、布哈拉、撒马尔罕、希瓦等地，将边界向南推进了8万多英里，领土一直扩张到阿富汗边界上。精神状态略加恢复的希尔·阿里打算借与英国人结盟制衡俄国。他几次与英国人谈判，希望建立防御同盟，均遭英国人拒绝。他明白，英国人并无帮助自己的诚意，目的只是为了控制阿富汗。特别是1876年英国占领阿富汗东南毗邻的重镇昆塔，希尔·阿里意识到：“英国人在我的官邸后门部署了岗哨，以便在我睡梦时破门而入。”
英国和俄国在阿富汗问题上的冲突，随着俄土战争的爆发而空前尖锐。英国认为，俄军兵临君士坦丁堡，关乎世界霸权的归属。英国不惜摆出与俄国一战的架势，俄国也积极备战，不相让步。俄国军方认为，印度是英国战略防御的薄弱环节，占领印度会给英国致命打击。按照俄军的计划，如果入侵印度，将从喀布尔、梅尔夫和克什米尔三路南下。为此，1878年5月，俄军在土耳其斯坦动员3万人，同时加快中亚道路的修建，并在阿姆河畔屯兵3万人。阿富汗的外部环境一时空前紧张。
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