第二进殿为天王殿，面阔3间，七檩悬山顶。殿前置龟趺石碑2通。殿东、西两侧建有配殿，面阔各5间，七檩硬山顶。
东侧石碑：重修昭忠祠碑。光绪三十四年十月和大殿西侧的碑同时建立。东面的是碑文，是军机大臣尚书协办大学士鹿传霖撰，前陕西巡抚曹鸣勋书，国子丞徐坊篆额。
西侧石碑：重修昭忠祠款目记略。上面记载为修建昭忠祠捐款的官员名单及捐款的数目，文字是周汝桐书。 晚清光绪年间为什么要重修这所寺庙，并且把它更名为“昭忠祠”？
昭忠祠是我国古代为纪念卫国战争中阵亡的将士而建的庙宇或祠堂，以昭示忠良将士之意而起名。满清旗人从东北入关，攻入北京后建立大清国。顺治时在东交民巷台基厂修建了昭忠祠，是祭祀以和硕敬谨亲王尼堪为首的大清开国功臣的。
庚子事变中被毁。庚子事变后，东交民巷沦为洋人租界，是使馆区，昭忠祠不可能在原址重修，于是末代名臣湖广总督张之洞建议，注资修缮被炮火焚毁的广安门内的报国寺，改名昭忠祠，赋予祭奠清朝忠魂，慰藉英烈之功用。得到朝廷批准，由军机大臣、太子太保鹿传霖负责督建，公元1907年即光绪二十二年动工。那时国库空虚，财力匮乏，内务府户部拨银二万两远不够用，便由张之洞、鹿传霖、袁世凯、荣禄之子良揆等群臣募捐集资十六万两白银为工程款，光绪三十四年完工。西侧的石碑就是记录捐款人职衔和捐赠银数的。
新落成的昭忠祠，较原规模大为缩小。竣工后，收入原祠和硕敬谨亲王尼堪为首的大清开国功臣及更多先后在国史有传重要大臣、功勋人物。
第三进殿为大殿，面阔9间，七檩歇山顶，灰筒瓦，绿琉璃瓦剪边。殿前建有砖石月台。大殿东、西两侧建有配殿，面阔各5间，五檩悬山顶。
第四进殿为后殿，面阔5间，七檩悬山顶。后殿左右建有朵殿，面阔各3间，七檩硬山顶。后殿东、西两侧建有配殿，形制与朵殿相同。
第五进殿原为毗卢殿，高36级，阁外环饰游廊，清代已毁。现尚存明宪宗御制建寺碑和清代御制重修报国寺诗碑。
院内东侧立一块石碑：“纪念戊戌变法一百周年碑记”。立碑目的如碑文最后所说“北京为戊戌变法策源之地，城南宣武为维新志士荟萃活动之区，抚今追昔，弥足深思，爰立碑以志纪念。”
明末清初著名思想家经史学家顾炎武，人称“亭林先生”。他在清顺治十五年(1658)来京后，即寓住在报国寺内，每日除浏览书市外，潜心著述和学术研究。他提倡“知行合一”、“博学于文”、“行之有耻”，对后人影响很大。他的《昌平山水记》、《京东考古录》等著作，为研究北京历史提供了有价值的资料。顾炎武去世后，许多友人、名人常来报国寺祭祀。清道光二十三年(1843)，由翰林院编修何绍基、张穆等集资，在报国寺顾炎武生前居住的西小院修建了顾亭林祠。几经风雨，现已修缮一新，保存完好。
