牡丹入药应用历史悠久，使用广泛，有着光辉的一页。牡丹原为野生植物，牡丹的根皮称为 “牡丹皮”，称“丹皮”，可入药。早在秦汉时期的《神农本草经》中记载：“牡丹味辛寒，一名鹿韭，一名鼠姑，生山谷。”距今已有2000多年的历史。
1972年在甘肃武威市柏树乡出土的东汉早期的医学竹简中，已有牡丹治疗“血瘀病”的记载。用牡丹根皮治病在东汉末年已经非常普遍。世传《华佗神医秘方》记载的1073例药方中，使用牡丹根皮的有22个配方。涉及内、外、妇产、儿、目、伤等科。
神医华佗（汉末约公元208），师传精于芍药，首识牡丹药理，并引牡丹入药。三国曹操患头风症，命华佗给他治病。华佗不愿在宫中行医，借病还乡，曹命其返宫，华仍不归。曹大怒，于公元208年杀华佗于东门外。华临终将医书交于狱吏说：“此，可以活人。”狱吏畏主不敢收。华佗无奈，寻火焚之。
弟子吴普将师父家中留存的中草药1211种，方剂441个，分门别类整理成卷。其中牡丹入药的方剂22个，可治腹痛，调经、眼疾、耳病等症，这些神方中芍药和牡丹同入一剂的有6个。可见华佗与弟子吴普不仅识别牡丹的药性，又将牡丹引入了药用。
传统医学实践证明，丹皮味苦、辛、性微寒，无毒上品，君药。有清热、凉血、活血散瘀，消炎收敛，归经祛斑之效。用于温毒发斑，痛肿疮毒，吐血衄血，无汗骨蒸，夜热早凉，经闭痛经，跌补伤痛等症的治疗。一般与其他中草药配伍使用，如“六味地黄丸”、“大黄牡丹汤”、“温经汤”、“桂枝茯苓丸”等。现代医学研究，丹皮具有多种活性物质，对免疫、心血管、血液、中枢神经系统以及抗炎、抗缺氧等方面有肯定的药理作用。
另有报道，丹皮酚对神经病有一定疗效；能治疗急性出血性中风；能抑制胎儿平滑肌增殖；能提高淋巴细胞转化率；对于糖尿病和衰老密切相关的AGEs（晚期糖基化终末产物）具有显著的体外抑制作用。牡丹酚黄酸钠可以降低血浆中MDA（丙二醛）含量，增加SOD（超氧化物歧化酶）活性，对肾缺血再灌注损伤有保护作用。
牡丹籽是牡丹植株的精华结晶，传承了牡丹本身具有的一切特性外，它更有自己的独特的营养成分和医药保健功能，牡丹种子是受果壳和种壳双层保护的坚果，具有天然的“长寿”基因。菏泽先后与北京林业大学、北京大学、中国科学院等著名大专院校、科研院合作。于2009年推出世界上第一批牡丹油，并获得了山东省省级鉴定。
经油脂权威部门江南大学和中国粮油质量监督检验中心等多家专业机构测试表明，瑞璞牡丹花籽油不饱和脂肪酸含量达90%以上，尤其难能可贵的是其中多不饱和脂肪酸—亚麻酸（属w—3系列）含量超过40%，是橄榄油的140倍。由牡丹籽提取的植物油是中国特有的木本坚果油，因其营养丰富而独特，又有医疗保健作用，被有关专家称为“世界上最好的油，”是植物油中的珍品，于2011年3月22日获得卫生部新资源食品批准。
在对牡丹油经过检测和长期的动物、人体功能检验后，科研人员惊喜地发现：牡丹籽提取的植物油不仅无毒，而且有很好的药用价值。国内研究专利有“牡丹油降血脂和减肥的新用途”。素以严苛著称的美国食品与药品管理委员会确认牡丹籽油中的a—亚麻酸的功能是：
① 预防糖尿病；
② 防治癌症；
③ 防脑中风和心肌梗塞；
④ 清理血中有害物质和防治心脏病；
⑤ 缓减更年期综合症；
⑥ 提神健脑，增强注意力和记忆力；
⑦ 辅助治疗多发性硬化症；
⑧ 辅助治疗类风湿性关节炎；
⑨ 用于皮肤癣或湿疹；
⑩ 预防与治疗便秘、腹泻和胃肠综合症。最新研究发现牡丹籽油中还含有角鲨烯与牡丹甾醇。角鲨烯的作用为提高体内超氧化物歧化酶活性，增强机体免疫力，改善性功能，抗衰老，抗疲劳，抗肿瘤。牡丹甾醇的作用为能清除血液中83%的胆固醇，并可减少脂肪肝及心脏内脂肪的沉积。
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