阎敬铭一生为官多是理财，1882年清政府提升阎敬铭为户部尚书。他布服敝车，悄悄进京。入宫授任后，第二天就到户部上任 。他曾在户部任过职，深知户部弊端，尤其天下财赋总汇的北档房，积弊更深。他决心革除积弊，实行改革。上任第一天他就亲自看帐，并找来档房司官问帐，结果无论是领办、会办、总办都不知部库的存银几何以及出纳情况和盈亏怎样，甚至连算帐、看帐都不会。眼看关系国家财政命脉的户部档房之帐竟如此糊涂，正好成为官员贪污的利薮，阎敬铭立即给皇帝上奏折说：“满员多不谙筹算，事权半委胥吏，故吏权目张，而财弄虚作假愈棼，欲为根本清厘之计，凡南北档房及三库等处非参用汉员不可。”由于当时清政府库款困乏，也有整顿度支的迫切要求，所以同意了阎敬铭的奏请。

阎敬铭查了账目再查三库。所谓三库，是捐户部管理辖的银库、缎匹库和颜料库。其中绸缎、颜料两库为天下实物贡品收藏处，库内堆积如山，毫无章法，颜料、绸缎、纸张混在一起，月积年累，大都霉烂得无法使用；加上鼠咬虫蛀，毒蛇成群，进出账目是两百多年的流水账，无清无结。银库的问题更大，管理银库的差役、司官没有不贪污偷盗的；职掌出纳的掌库、书办以大秤进、小秤出，天平砝码异常不等，真是弊端累累。

阎敬铭一反过去堂官所为，花了很大力量，亲自入库清点，认真查对出纳档案，并清查了二百余年的库存和出纳账目。他的做法和态度震动了朝野。通过查帐查库，阎敬铭当场斥逐一批书和差役，并奏参了号称“四大金刚”，原在户部司官的姚觐元、董俊汉、杨洪典及旗人启某。姚、董四人受到清廷“革职回籍”的严厉惩处。

阎敬铭整顿户部积弊，掀开了户部的许多黑幕，最惹眼的是掀出了云南省的军费报销安案。

军费报销向来是报销者和户部司官、书办的贪污门路，报销者可以把并非军费的款项纳入军费中去报销，而把大量款项揣入私囊；户部明知有弊而给予报销，就要私收贿赂，通同作弊。云南的军费报销，早在阎敬铭入京职掌户部的半年前就已开始舞弊，曾派粮道崔尊意和永昌知府藩英章，携带巨数公款，来京打点门路。他们先找军机章京、太常寺卿周瑞卿，通过周瑞卿打署理户部尚书的军机大臣王文韶、景廉行贿关说。户部书办一口要十三万两的“打点费”，潘英章等人嫌太多，正在讨价还价的当儿，传来了阎敬铭即将进京接管户部尚书的消息。行贿和受贿双方抢在前面，以八万两白银的贿款，把云南军费报销了结。

这样的行贿在户部已习以为常，言官们明知内情也不敢揭发，因为它往往牵边朝中大员，故而积弊愈深。阎敬铭上任后大刀阔斧地整顿，使言官们打消顾虑，逐渐敢言了。首先是御史陈启泰上了一首道折，揭参太常封卿周瑞卿和户部司官在云南报销案中受贿的事实。事关重大，朝廷不能不问，便谕旨只派吏部审查，并轻描淡写，对王文韶、景廉显有回护之意。谕旨一发，案子想收也收不住了，御史洪良品把知道的底里一股脑揭了出来，要求对景廉、王文韶即行罢斥，别的候查办。随后邓承修、张佩纶、盛昱等人也都连上奏折，呼吁严行审理云南军费报销案，对王文韶等人严厉制裁。与此同时，阎敬铭以户部的账目不清、三库混乱，参劾户部司官“含混草率”，进一步把矛头指向原为户部尚书的景廉和王文韶。清政府在阎敬铭等人的敦促之下，加紧对案件审理，并派户部尚书阎敬铭会同刑部审理此案。

案子到了阎敬铭手里，自然就有了结果。与案情有牵连的数十名大小官员，都受到了应得的惩处，如受赃的户部云南司主事孙家穆革职赔赃，徒三年；太常寺卿周瑞卿革职赔赃，流三千里；潘英章、户部主事龙继栋、御史李郁华等也都被革职流放；军机大臣景廉、王文韶都受到降级处分，王文韶被逐出了军机处。其他如户部侍郎许某、崇礼、工部侍郎翁同龢、兵部侍郎奎润等也都有失察之责或有一定瓜葛，分别受到降级罚薪等处分。

云南报销案的处理，在中国近代史上算是一件大事情。当时如果没有阎敬铭参与审理，很难想象能有谁敢去揭穿这样的黑幕。