碱性磷酸酶（ALP）可根据所在组织部位分为肝性、骨性、肠性、肾性及胎盘性几种同工酶，而临床上检测的血清ALP则是这几种组织产生的酶的总活性，其特异性和灵敏度较低，并且这几种组织的疾病对其活性影响甚大，故ALP仅能粗略地反映骨代谢情况。骨碱性磷酸酶（BAP）来源于成骨细胞，排除了肝、肾、肠道等疾患的影响，能更准确地反映骨代谢情况。
骨组织中的成骨细胞和破骨细胞是骨组织代谢的基本功能细胞，二者分别具有骨形成和骨吸收功能，其分化成熟和凋亡影响着骨代谢的动态平衡，成骨细胞和破骨细胞通过彼此间的信息交流影响彼此的功能。其结果使骨形成活动与骨吸收活动相互调节，形成一种特殊的耦联机制，维持正常骨组织结构的生长与发育。当骨吸收作用远大于骨形成作用，破坏骨代谢平衡可引发骨量平衡失调疾病如骨质疏松症，并容易引起骨折。
骨质疏松症是一种以骨量减少和异常骨质微结构为特征的代谢性骨病。病因包括：内分泌疾病（甲状腺和甲状旁腺功能亢进）、骨软化、肾衰竭、胃肠道疾病、长期皮质类固醇使用、多发性骨髓瘤、骨转移瘤等。
在佩吉特骨病，破骨细胞和成骨细胞在骨的某些区域变得异常活跃，它们在这些区域的代谢速度超常地增加。这些过度活跃的代谢区域不断扩大而骨的结构却变得异常，使骨变得脆弱，易引起骨折和神经受累。
BAP升高可由于佩吉特骨病、骨软化等引起。
在佩吉特骨病、骨软化、骨质疏松症中抑制骨吸收治疗能降低BAP水平。有研究显示在骨质疏松症患者中使用抑制骨吸收治疗能使BAP水平在3到6月内至少降低25%。
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