食用菌菌糠是栽培各种菌类后剩下的废弃物，其内含有蛋白质及其他的营养物质，有菌体蛋白之称，含有大量菌丝体。其主要基质有棉籽壳、玉米芯、锯木屑及多种作物秸秆和工业废料。据估计，我国每年的菌糠年生产量已达500～600万吨，这是一笔丰富的可再利用的资源。
1. 菌糠可以作为肥料：菌糠疏松透气,可在土壤中进一步分解成具有良好通气、蓄水能力的腐殖质,可增强土壤的透气性,避免土壤板结等现象。菌糠富含有机物和多种矿质元素,可改良土壤,增加土壤肥力,提高单位土壤面积的生产效益。菌糠作为农肥,因其纤维素和木质素已被大量降解,且含有大量菌体蛋白,具有较小的碳氮比(低于20:1),从而避免了食用菌培养料直接施用于农田出现的夺氮现象。食用菌栽培袋采收3潮菇后,剩余的菌糠可作为一种酸性农家肥施用在盐碱地里,在提供肥力的同时还可改良土壤的碱性。所以菌糠作肥料直接用于农作物、蔬菜生产不仅可提高产量，而且生产的农产品为无公害产品。
2：利用菌糠作饲料：经食用菌转化后的菌糠，纤维素、半纤维素和木质素等均已被不同程度的降解，还含丰富的菌体蛋白、多糖、维生素及FE、CA、ZN、MG等微量元素，其营养价值可与麦麸、玉米面相比；且作物秸秆经食用菌转化以后呈疏松多孔状，易于粉碎，气味芳香，适口性好。据测定，每100公斤菌糠干料中，仍有40％～55％的食用菌丝体残留在肥料中，菌糠中粗蛋白含量大多在6％～8％，粗纤维素降低50％，木质素降低30％左右。这为充分利用菌糠作饲料提供了科学依据。经过适当处理，可以做成饲料、饵料或其它添加剂，用于猪、牛、羊、鸡、鸭、兔、松鼠、北方鹿及鱼类等动物的饲养，替代部分粮食，降低生产成本。
制作菌糠饲料的工艺流程是:选取菌糠→干燥→粉碎→成品。也就是将采收过3～4茬菌类的原料，进行认真挑选,选取菌丝洁白,料块结实,切除霉变和腐烂成份的菌糠,最好能将几种菌糠搭配起来,晒干或烘干后,粉碎成粒状或粉状,即为加工的成品。也可将新鲜菌糠进行青贮,随用随取。
菌糠作饲料目前主要有以下三种使用形式：
（1）鲜饲。可按一定比例直接配入饲料中饲喂动物。这种使用方式要注意一定使用新鲜菌糠，并保证菌糠中不含土粒、杂菌，污染部分要去除。
（2）复合干饲料。将采收3～4茬不同菌类的菌糠认真地进行挑选，取菌丝洁白、料块结实、无霉变和腐烂部分，晒干或烘干后粉碎，存放于阴凉干燥处。使用时再按一定比例添加到畜禽的饲料中去。
（3）发酵饲料。选地势高、干燥处挖宽50～60CM、深50CM、长度不限的土坑，内铺塑料薄膜，放入10CM厚新鲜无污染菌糠，糠面撒一层盐，盐上再放菌糠，直到凸出地面5～10CM为止。盐的用量为鲜菌糠的0.5％，层层压实，上盖塑料薄膜，发酵5～50天后随用随取。
使用菌糠饲料的注意事项：菌糠使用量的多少，要根据其营养价值来决定。并且要在保证饲粮中的粗纤维含量不超过国标时，尽可能替代日粮中的部分糠麸类饲料。
一般按风干重量计，菌糠可占配合饲粮的比例是：仔猪5％～10％，小猪10％～20％，中猪25％～30％，大猪30％～40％，成年母猪40％～50％；鸡5％～10％，鸭、鹅10％～20％；牛、羊30％～60％；兔10％～25％；鱼5％～10％或将新鲜菌块投入池塘任其采食。
将木箱置于阴凉处，保温20～28℃培养。据辽宁省环保所试验，以凤尾菇菌糠饲养蚯蚓2个月后，可增殖50倍。蚯蚓经加工成蚯蚓粉，是质优、价廉的高蛋白饲料。
3菌糠可以再利用，生产食用菌。目前利用菌糠代替部分主料，继续从事食用菌生产技术已比较成熟。在这里可给大家推荐一些配方。注意使用时最好挑选那些无霉变的废菌棒，干燥后敲碎、称量，按配方要求加入。
（1）白灵菇菌糠栽培姬松茸配方：菌糠69％，稻草20％，过磷酸钙1％，尿素0.5％，碳酸钙1％，石膏1％，石灰2.5％。
（2）黑木耳菌糠栽培榆黄蘑配方：菌糠92％，麦麸5 ％，石灰2～3 ％，PH 9～10，含水量65％。
（3）菌糠代粪肥栽培双孢菇高产配方：麦秸50％，菌糠40％，尿素1％，饼肥4％，石膏2％，碳酸钙2％，过磷酸钙1％，转化率50％。
（4）香菇菌糠反季节栽培草菇配方：香菇废菌糠60％，棉子壳20％，麦麸20％，适量生石灰，PH8～10。
（5）菌糠栽培鸡腿菇配方：菌糠48％，木屑或草屑30％，麦麸10％，干牛粪或干鸡粪6％，石灰2％，草木灰3％，石膏粉1％，尿素0.2％，含水量65％，拌匀后发酵，中间翻堆2～3次。
（6）平菇菌糠制作蘑菇菌种：选择无污染的平菇生产下脚料菌糠粉碎，加入适量石灰、2％石膏、15％牛粪、35％豆饼粉，将辅料和菌糠均匀拌料，调节含水量达58％～60％，堆制1天，使水份均匀，然后装瓶灭菌。
4：菌糠可以作为沼气的原料。菌糠是理想的沼气生产原料,其中丰富的营养物质为产甲烷菌长期繁殖提供了基础。菌糠易于粉碎的特点不仅可以缩短投料前的准备时间,还能缩短发酵时间,降低换料工作量。用菌糠生产的沼气,不仅可作为燃气,还可用于储粮、水果保鲜等;沼渣可用于育秧,沼液可用于浸种,亦可作为猪饲料添加剂。食用菌菌糠作为沼气原料,可形成农作物-食用菌-沼气-有机肥、饲料-农作物生物质循环利用的高效生态农业模型。
5：菌糠可以做活性炭。目前制作活性炭的菌糠多用木屑作栽培料的食用菌产生的菌糠，如香菇菌糠、黑木耳菌糠、滑子菇菌糠等。活性炭是一种重要工业原料，木腐菌转化后的菌糠如香菇菌糠纤维素、木质素含量还十分丰富。
6：菌糠可以配花土：用菌糠配制花土，首先要将废菌棒粉碎、晒干，然后与其他原料混匀，混好后进行密封堆积发酵（25℃）。一般要发酵1个月左右，也可在发酵料里添加一些粪便，但发酵时间要长一些。堆料的含水量在70％左右。但不同花卉添加菌糠的比例不同。草本花卉常用比例为：菌糠30％，园土50％，河沙20％。木本花卉菌糠40％，园土50％，河沙10％。温室花卉常用比例为：菌糠40％，园土40％，河沙20％。这种混合花土PH在6～7，属中性偏酸；花土基质疏松，养分含量高，湿润、透气适合大多数花木生长。菌糠也可用作培养料灭菌时的燃料或菇棚加温燃料。此外,日本采用食用菌下脚料中菌丝浸出物的稀释液制成植物激素,喷洒于黄瓜、西红柿、茄子、扁豆等作物上,能促进生长,增加产量。
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