蛇是爬行动物中最后进化出来的一支，它们的四肢完全退化消失，但是全身的骨骼和肌肉却发展得能灵活地游动。现存已知蛇类约有三千种，分为无毒蛇和有毒蛇两大类，生活于山地、草原、河流、森林、荒漠及海洋中。
蛇类起源于何种动物，由于缺少化石证据至今仍是一个谜。最早的蛇出现于1亿年前的白垩纪。过去一般认为蛇起源于陆生穴居蜥蜴，因为它们之间有相似之处。现在的一些穴居石龙子的四肢已退化，以便适应穴居生活，而蛇蜥的四肢则完全消失，其行为也与蛇相似。然而在耶路撒冷发现的一块蛇类化石改变了这种观点。
这种被命名为后蛇(又称双脚古蛇)的蛇，生存于1亿年前，化石长1米，与现代蜥蜴差别较大。身体长而迂曲，躯干中有140个椎骨而现在大多数蜥蜴只有25个。和现代蛇近似，它有一个完全封闭的脑壳而蜥蜴脑壳是开放的。它的颚骨非常柔软，所以两颊可以弯到两边，而连接上下颚的一些关节可使嘴巴张得很大，以吞下很大的猎物；这些是蛇类所具有的特征。
这种蛇生活在海洋中，它的尾巴类似鳗鱼一样的扁平，有助于水中推动前进。最为奇特的是在这种蛇的腰部长有2只脚(现在某些蛇类仍残留着后肢的痕迹)。后蛇的发现表明，蛇类的祖先长有脚，从身体结构上看，蛇类更接近于古代海生蜥蜴，因此蛇应起源于海生蜥蜴而不是原先认为的陆生穴居蜥蜴。海生蜥蜴从陆生蜥蜴进化而来，1亿多年前海生蜥蜴分化成2支，一支发展成为沧龙之类的大型海生蜥蜴，用有力的尾巴和桨状的脚游泳，它们在6500万年前灭绝。
另一支蛇类身体变为细长，四肢退化并逐步消失。蛇类最先生活于海洋而后回到陆地生活。发现于阿根廷的迪尼利蛇是生活于 7000万年前的一种原始蛇类。这是种陆栖蛇，根据发现的完整头骨化石来看，它要比后蛇进化得多，它长有短扁的脑壳、骨板、颚结构和方骨，以及活动性很强的颞颥部，为颚肌肉提供了很大的附着部。如同现在的蛇，松散的上下颚铰合关节，能使嘴巴完全张开，以便吞食较大型的猎物。迪尼利蛇的脚已完全消失，完全适应陆地生活捕食早期哺乳动物及其它小动物。
白垩纪未到第三纪早期，蛇类向两个方向进化。一支回到了海洋，进化成为古海蛇类，它们的尾巴进化成为鳗鱼样的扁平，以适应水中游动。古杯蛇是出现于古新世至渐新世的一种古海蛇，体长1.5米，这种蛇的脊椎具有前凹和后凸起铰合，肋条很长，以适应海中生活，与今天的海蛇一样，它们生活在浅岸和三角湾。始新世早期的Archaeophis蛇是一类较奇特的古海蛇，它没有原动关节和中动关节，连接前额骨上颌突很发育，前颁上有4个牙齿。在始新世古海蛇中进化出一种大型蛇类——古蛇，这种蛇的体型是现代大型蛇类的好几倍，有十多米长，它的髓腔扩张，椎壁变薄，适应海洋生活。到渐新世晚期古海蛇类基本灭绝。
蛇类中另一支向陆地扩展，成为蛇类进化的主干，它们身体借脊椎左右弯曲和皮下肌肉共同作用使肋骨移动，它们腹部长有腹鳞以适应陆地活动。古新世中期的中筒蛇为早期的原始陆生蛇类，其身体构造已和现代蛇类差不多。到了始新世早期，许多现代陆生蛇类都已出现，德国麦塞尔地区的始新世地层发现过许多蛇类化石，其中发现过古蟒的完整蛇类化石，这种蛇与现代蟒蛇极为相似，在其体内还发现所吃下的哺乳动物残骸，根据这种蛇的身体结构，可以推断出早在5000万年前，蛇就能以紧紧盘绕猎物使猎物窒息的方式捕猎。
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