作物构成
据明末宋应星《天工开物》称，人们衣食之源的稻麦、杂粮和棉花等作物在明代种植的情况大致是“稻居什七，而来、牟、黍、稷居什三。麻（子）、菽（大豆）二者，功用已全入蔬饵膏馔之中”；又说：“燕、秦、晋、豫、齐鲁诸道，烝民粒食，小麦居半，而黍、稷、稻、粱仅居半。西极川、云，东至闽、浙、吴楚腹焉，方长六千里中，种小麦者，二十分之一。”
自明代中期以后，玉米、番薯、马铃薯等新作物引进后，对我国作物结构产生很大影响。玉米引进后，清代中、后期推广普及较快，到1840年鸦片战争前，基本上已在全国范围内得到了传播，尤其在云、贵、川、陕、两湖、皖、浙等省山区种植更为普遍，甚至在粮食作物中渐占主导地位。嘉庆《浏阳县志》记载：“山土只种包粟（玉米）、番薯之类杂粮以佐饔飧”。番薯自万历年传入后，至清嘉庆——道光年间（1796—1850）已在各地普遍栽种，并逐渐成为我国的主要辅助粮食之一。
《植物名实图考》指出：番薯近时（19世纪中叶）“种植极繁，山人以为粮，偶有以为蔬者”。烟草自明中叶传入我国后，发展很快，到清代初期，福建地方的烟草种植，“其与农夫争土而分物者已十之五”，到乾隆年间就发展到“耕地十之六、七闽中更甚”；有的地方则是“良田尽种烟草”。到鸦片战争前夕，有些地方烟草与粮食争地的问题已相当突出。
商品经济的发展，新作物的引进与广泛传播，人口的繁衍，特别是进入18世纪以后，我国人口不断大幅度的增长，大大增加了对粮食的需求，因而也促进了明清时期“一岁数收”多熟制的迅速发展。“一岁数收”具有提高单位面积年产量的积极意义。
一岁数收18世纪中叶以后，我国北方除一年一熟的地区外，山东、河北、陕西的关中地区已经较为普遍的实行三年四熟或二年三熟制。明确指出二年三收的是刘贵阳《说经残稿》：“坡地（平壤）二年三收，初次种麦，麦后种豆，豆后种蜀黍、谷子、黍、稷等。涝地（污下地）二年三收，亦如腴地，惟大秋种糁子麦后亦种豆。”南方长江流域一般一年两熟，再往南可以一年三熟。
《江南催耕课稻编》介绍：“吴、昆终岁树艺，一麦一稻，麦毕刈，田始除，秧于夏，秀于秋，及冬乃获”，这是太湖地区的二熟制。同治《夏县志》：“谷与早秧、晚秧，早秧于刈麦后即插，六月中获之。插晚秧，于获早谷稻后，仲秋时获之”。这是湖北武汉一带的“麦、稻、稻”一年三熟制。福建、广东一般都种双季稻，种麦后也成为“麦、稻、稻”一年三熟制。
自实行复种制，周年之内的种植和收获次数就有了增加，而从始用于蔬菜生产中的间作、套种等技术运用于大田生产后，“一岁数收”的多熟种植技术逐渐提高，农作制也相应地更加复杂化了。其中，套种是解决多熟种植的关键技术。
明确提出“一岁数收”概念的是18世纪下半叶杨岫的《知本提纲》和《修齐直指》。《知本提纲》指出：“补助肯叠施，何妨一载数收”；郑世铎又作了详细注释：“若夫勤农，多积粪壤，不惮叠施补助，一载之间，即可数收，而地力新壮，究不少减”，接着他又列举出一个旱作地区“一年三收”之法。
《修齐直指》进一步明确提出“一岁数收之法”，并提出二年之间在一亩地上可收十三次之多的方法，包括了菠菜、白萝卜、大蒜、小兰、谷、小麦等作物。《齐民四术》则介绍了长江流域以晚稻套种在上熟稻内，和泥黄豆套种在上熟稻内等不同方式。根据以上所述，可看出“数收”的原则，一是除主种作物外，套种作物应选择生长期比较短，相互间有亲和力的作物，经济作物和蔬菜都可以参加进去；二是通过套种争取多收，最主要的技术措施就是要“补助肯叠施”，即多施肥料。此外，桑间、果间，通过间作、套种、复种等技术也可增加种植和收获次数，还因适当的作物搭配而有利于桑树、果木的生长。
几种特殊的栽培技术
明代后期政治黑暗，社会动荡，也是历史上自然灾害最严重的几个时期中的一个。水、旱、虫灾纷至沓来，农民们为了可得到一些收获，用以果腹，只有从耕作技术上来想方设法。另外，有的地区为了解决上、下两熟作物收获和播种季节上的矛盾，而在明、清之际创造发明了几种特殊的栽培技术。这些技术至今在农村中仍有沿用的。
首先是小麦移栽法。小麦人工移栽始于何时，尚无明确的文献可征。但到明末清初，对小麦育苗移栽的时间、方法等已有较详细的记述。《沈氏农书》介绍：“八月初，先下麦种。候冬垦田移种，每科五、六根，照式浇两次，又撒牛壅，锹沟盖之，则杆壮麦粗，倍获厚收”。稍后的《补农书》进一步指出：“中秋前下麦子于高地，获稻毕，移秧于田，使备秋气。虽遇霜雨妨场功，过小雪以种无伤也”。《知本提纲》指出：麦苗等皆宜先栽后浇，如水中栽，就不发旺，每科栽亩十余根，行株距四寸左右，而且要纵横排直成行，以便中耕、壅根、除草和通风透光，这样就能“苗盛而所获必多”。小麦移栽不仅可以克服晚稻晚收和冬麦早播季节上的矛盾，而且可以减轻或避免虫害、节省种子和使茎杆粗壮不易倒伏。小麦移栽法的优点是明显的，嘉、湖一带至今仍继承这一传统，有的地方则还在提倡扩大中。其局限性，主要是太费劳力，在大面积农田上广泛采用困难较多。
冬月种谷法。此法是针对秋季因某些原因而错过种麦时期所采取的一种补救方法，使农民在麦季无收的情况下仍可以收到早谷子。此法约发明于明中叶，最早记载见于《畿亭全书》。清末，张起鹏在《区田编》中在谈到冬月种谷法时说：“倘应种小麦时，得雨过晚，麦不及种，可种冬谷，较麦仅晚二十余日。”其种法是：“冬至前一日拣谷种入瓮，麻布扎口，掘土穴，深四五尺，瓮倒置穴中，土封固，满十四日取出。大寒日种入熟地，春透苗生，较常谷早熟一月，约五月底六月初即熟。”《救荒简易书》介绍河南有些地方农民冬月种谷的方法与《区田编》的说法有所不同，其法是于冬至或冬至前一天直接把谷种播入田中，结果和在瓮内埋入土中处理十四天没有差别。
北方旱地抡墒播种。我国北方旱地由于春旱或秋旱影响而不能及时整地下种。针对这种不利自然条件，农民创造和积累了不少抡墒播种和抗旱播种的经验。清代农书中记载的方法有：趁墒种麦：《农蚕经》提出，在秋茬地上种麦，如果有秋旱趋势，必须抡墒下种等雨，不能等雨再种。抡墒种豆，留茬肥田：《农蚕经》五月耪麦楂条中就说到“骑麦垄种豆”，即在小麦收割后，于麦茬行间开沟种豆，这样既可利用麦茬护苗，又可利用残茬肥田。此书还提出且割麦且种豆的办法，这一抡墒播种的经验至今仍为黄淮地区农此书现已不传。
民争取丰收的方法。抗旱种粱，干土寄子：北方旱地夏收夏种季节，如雨水不及时，可采取抗旱保墒的措施以适时播种，《农蚕经》提出的种晚谷办法是，在麦收后浅耕灭茬，即“先耪一遍”，然后“骑垄种之”，但“断不可耕”，以免耕后跑墒。《农言著实》提出的另一抗旱播种办法是“实在无雨，将前墒过之地，或用耧，或用撒，干种在地内候雨”。这就是现在所谓的“干土寄子”抗旱播种法，其优点在于比雨后才播种的出苗要早。
施肥和病虫害防治经验的进一步丰富
施肥清代对通过施肥来提高单位面积产量的认识更深刻了，如《知本提纲》提出了“垦田莫若粪田”之说。施肥经验进一步丰富的表现，一是积肥方面，要多施肥就必须多积肥，肥料种类和来源比以前增加和扩大了许多。《知本提纲》将它们分为十类，称为“酿造十法”，也就是积肥的十种方法。它说：“酿造粪壤，**有十”，“曰人粪、曰牲畜粪、曰草粪、曰火粪、曰泥粪、曰骨蛤灰粪、曰苗粪、曰渣粪、曰黑豆粪、曰皮毛粪”；并分别记述了积制方法和效果。就农家粪肥而言，这十大类已是无所不包了。二是对肥效的体验进一步加深，《农桑经》指出，种麦所用种肥以“麻油酱为上，大粪次之，坑土又次之”。
《知本提纲》在介绍“酿造十法”中对粪肥等级所表达的方式：一种是用“可肥美”，“可肥田”，“可强盛”的词语；另一种是“一等粪”，“肥盛于诸粪”，“最能肥田”，“更胜于油渣”，“沃田极美”等字句，也反映出农民体会到这些肥料在肥效上有差别。只有肥料种类增多，人们在使用中通过比较试验，才会体会到它们的肥效不同。第三，施肥技术上，在清以前对施肥的时间、不同土壤应施哪些不同的肥料以及哪种作物最需要哪类肥料，即所谓施肥中的“三宜”问题已有所论述，但到清代通过《知本提纲》一书的总结，使人们对施肥“三宜”的认识就更为明确系统了。所谓“时宜者，寒热不同，各应其候”，意即在不同时期，施用种类不同的肥料；所谓“土宜者，气脉不一，美恶不同，随土用粪，如因病下药”，意思就是说对不同的土壤，施用不同的肥料，以达到改良土壤的目的；所谓“物宜者，物性不齐，当随其情”，即对不同作物施以适合的粪肥。
病虫害防治清代，对作物虫害的防治比较重视，认识到害虫不是神虫，而是“凶荒之媒，饥馑之由”，必须消灭之。在虫害防治技术上，也汇集前人经验并加以发展。首先是人工防治，如蝗蝻、豆虫、虸蚄之类用人工加以捕打，或用炬火驱逐，“飞蝗大至正过时，于田畔积草，炬火以薰之”，“蝗蝻蠢蠢必纠合邻村，掘壕数处，并力逐杀”，“（虸）蚄初出如豆螘，一见便宜打之”，“（豆）虫大，捉之可尽”；南方用“虫梳”治稻苞虫，“虫当梳者，血肉俱糜梳齿上”。第二用药物防治，清时采用的灭虫药有砒、烟草水、青鱼头粉、柏油、芥子末等。《农桑经》记载说：“（种谷）或用信乾”，“信乾”就是用砒霜和谷子煮透晒干制成的毒饵。它比用砒霜直接拌种既可以减少对种子的药害损失，又可以诱使更多害虫吞食和扩大毒杀面。三是农业防治，除了以前已使用的耕翻冬沤、调节田间温湿度、轮作换茬、合理间作、种子处理、选育抗虫品种、调节播植时间、中耕除草外，《齐民四术》还认为烤田能减轻稻苞虫的危害，说：“初伏多雨，不能烤田则叶盛，入秋多生结虫”。
生物防治，岭南地区用蚁防治柑桔害虫，虽最早记载见于西晋《南方草木状》，但叙述比较具体的则是清代的《广东新语》和《岭南杂记》，其中谈到：广东山林中有黄赤大蚁“其巢如土螽窠，大容数斗”，当地人把大蚁连窠采归饲养，果农则向养蚁人买来放养于柑桔、柠檬等果树上；果农们还创造了在树与树之间用藤竹、绳索沟通引渡，以便大蚁在各树之间交通往来的方法。此外，四川临江的果农也买蚁防治柑桔害虫。
作物病害，到清代逐渐被人们所注意，农书中有关记载多了起来，如《马首农言》中就有“五谷病”一章，《区田试种实验图说》中有“预防霉病传染说”一节。用药物治病，直到清末的《区田试种实验图说》中才介绍了“用雪水、盐水浸种”和“用黑矾当作肥田料”以防治霉病之法。
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