明代县制值得一提的东西有两点：一是地方政府机构更加规范整齐，科室部门化程度更高，上下级派出机构和地方直属职能机构纵横交织在一起，属于是比较典型的“条块结合”的政府构架。在省、府（州）、县三级政府内部，责、权、利、义四者均有比较清晰而可以量化的边界，此前历朝历代属于中央、郡、州、府等上级政府的许多权力，现在被下放到了基层县政府，使得县政府在履行管理职责过程中的自主性和手段条件有了很明显的强化。但是，“条条”太多，均有利益牵连，因此“条”与“块”之间并不都是支持帮助，而经常是事事掣肘，这就必然相互扯皮“踢球”，有利则争，无利则让，从而严重地影响到办事效率和公平正义。
二是在西南少数民族地区实行“改土归流”政策，当时，许多生活在边境地区和大山深处的少数民族领袖——“土官”们如同井底之蛙，根本不知道世界潮流，早已漫过“夜郎自大”的传统大堤。他们一个个都是名副其实的土皇帝，过着奴隶主时代的那种为所欲为的霸道生活，反对中央政府对他们进行管辖与改造。这种有损于国家统一与权威的行为，对于一贯喜好专制主义的朱家儿孙来说当然不能容忍，决心对其予以“改土归流”。“改土归流”就是取消土司世袭制度，设立府、厅、州、县等正规的政权机构，由朝廷派遣有一定任期的流官并按照中央政府的政策进行统一管理。这个办法沉重地打击了反动腐朽的奴隶制度，减少了叛乱因素，加强了中央政府对边疆的统治，有利于少数民族地区社会经济的发展，对中国多民族国家的统一和经济文化的交流发展有着积极意义。
出身于辽宁省僻远山寨的清代爱新觉罗家族，其祖先是骑马射箭以狩猎为生的满族人，入关之前几乎没有汉文化的底蕴，凭借一不怕苦、二不怕死的骁勇，利用闯王李自成和叛徒吴三桂提供的机会，一路南下，烧杀掳掠，扬州十日、嘉定三屠，血洗江南、岭南，攻赣州、抢广州，转战37载，初步平定中国。30多年间，中国人口从明天启三年（1623年）的5165万，锐减至顺治十七年（1660年）的1908万，杀死汉人3200万，为人口总数的近2/3。进北京后，就像刘姥姥入大观园，一切似乎有点懵懵懂懂，只好采取“拿来主义”，即照搬照抄前朝传统的行政管理体制机制来治理国家。后来，他们在汉人的帮助下，边干边学、边学边改，也算是逐渐有了一些自己的东西。
不过，清朝的疆域十分广阔，面积仅次于元朝。为了进行有效管理，除满、蒙、回、藏民族区域外，中央政府先后将全国设成18个行省，即直隶、河南、山东、山西、安徽、江苏、浙江、江西、福建、湖南、湖北、陕西、甘肃、四川、云南、贵州、广东、广西。光绪年间再增设台湾、新疆行省，同时又将东北改为奉天、吉林、黑龙江3省。至此，全国共有23个行省。作为行政区划和管理单位，这些省域绝大多数一直保留和沿用到今天，无论名称、面积、界址等，300多年来几乎没有什么变化。
省级政府机构有总督衙门、巡抚衙门及布政使、按察使，还有提督学政衙门。总督一般总管两省或数省的军政、民政事务。巡抚则为一省行政长官。总督和巡抚合称督抚，同为朝廷的封疆大吏。有些省区既有总督，又有巡抚，这叫“督抚同城”，则一般是军政归总督，民政归巡抚。而一省之具体行政事务，又分权于布政使司和按察使司。同时，督抚之下还设置了一些名叫“道”的机构，以各司其职、各负专责，以督率府、县各级政府，最后总归于督抚衙门。
清代的道已经不是唐代的道，而是作为省政府的派出机构，具有垂直管理的性质，并以布政使的左右参政、参议的名义，驻守到一定地方，这叫“守道”。以按察使副使、佥事分巡于一定地方，这叫“巡道”。道介于省与府之间，都是监督和监察府、县两级地方政府和官员的，故通称“监司”，各自都有独立的办事衙门称“道台”。这些道员的官秩大致为四品，相当于我们今天的副省级干部，都拥有直接向中央政府及皇帝递送奏折反映情况的权利。
府是省以下的二级地方政府，与之平行的还有州。与明代的“州”相比有两个不同：一是改变明代不论直隶州还是属州都领县的状况。规定：直隶于省、管辖有县的州叫“直隶州”；不领县、行政关系由府管的州叫“散州”。二是增设“厅”级行政区划。直属于省政府的厅叫“直隶厅”，属于府管的厅叫“散厅”。直隶州和直隶厅长官的行政级别一般高于府与州，就像我们今天全国各地都存在的副省级城市的行政首长一样，这些市长的行政级别一般都会高配一级。
府和直隶州、直隶厅下面则是基层县政府。在整个清代，地方行政区划看起来为省、道、府、厅、州、县六级，实质上还是省、府、县三级体系。虽然县以上还有散州和散厅，但散州和散厅是不带县的，有点儿像我们今天的副地级市，主要领导人的行政级别一般可以高配到副厅级，其他方面的权利按制度规定与一般的县相同。嘉庆二十五年时，全国有18省、182府、30直隶厅、67直隶州、26散厅、47散州、1303县，总计有1773个政区。到光绪三十三年即公元1907年，全国共有23个省，185个府，34个直隶厅，73个直隶州，87个散厅，145个散州，县1314个。如果加上此时已被日本强迫割让走的台湾省的3府、1州、11县，全国共有1325个县。
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