康熙三十三年，康熙皇帝下诏令蒙古众多部落前来会盟，准备亲自调和蒙古各部落之间的矛盾。
可是，噶尔丹因为害怕此次被康熙擒获，遂拒绝了康熙皇帝的会盟诏令。不仅如此，噶尔丹因为和其他部落不和，不仅再次纵兵在蒙古各部落之间侵虐，还极力想要和康熙皇帝索要土谢图汗和哲布尊丹巴。对于康熙皇帝而言，这两人早已经率部依附于清廷，噶尔丹此举无疑死想要再次挑起战端。
愤怒不已的康熙皇帝决定整军备战，带兵亲征噶尔丹。
康熙三十五年三月，康熙皇帝下令三路大军分兵进剿噶尔丹。
康熙皇帝原来想要凭借东西两路大局作为自己中路军的天然屏障，自己则长驱直入奔袭噶尔丹的腹地，可是东路大军行军缓慢，西路大军也因为噶尔丹将沿路草地尽数焚烧，不得不绕道进军。
西路大军统帅费扬古为了防止被噶尔丹的人马发现踪迹，只能绕道迂回前进。
然而费扬古的绕道迂回却给自己带来极大的行军障碍，当时行进中的大军遭遇到了大雨，行军极为困难。
如此一来，康熙皇帝就失去了两翼的天然屏障，很容易受到噶尔丹的进攻。众多官员一直提议康熙皇帝退兵，康熙皇帝当即驳斥众人，拒绝退兵。
幸运的是，噶尔丹并没有直接朝着康熙皇帝的中路大军扑杀过来，而是朝着西路大军奔袭而去。西路大军行军受阻，行军道路的漫长也意味着士兵大多疲惫不堪，这对于噶尔丹而言，是单独击溃西路大军的最好机会。
康熙皇帝眼看噶尔丹西窜，急令费扬古等部将做好准备，迅速占领附近的昭莫多，以等待噶尔丹的大军。
西路大军在行军至归化的时候，士兵死伤甚多，费扬古下令一部分军队驻守在附近翁金河河畔，同时挑选精锐部队分两路急行军，会合之后，两路大军挺兵来到了昭莫多。
费扬古闻知噶尔丹已经带领大军来到了昭莫多，急忙安排部署。
对于主力大军的安排，费扬古仍然是采用了分兵驻守的方式。
费扬古这种占据高地、河流，重重布防的方式为自己打赢这场胜仗埋下了伏笔。
噶尔丹的大军均为骑兵部队，在大平原之上，能够发挥巨大的冲击作用，可是遇到高山，骑兵的冲击作用会变得小很多，很容易成为战场上的累赘。
在噶尔丹被费扬古的400名精锐骑兵引诱至山下的时候，噶尔丹对于费扬古的这种布阵颇为犯难，费扬古扼守高地，控制水源，噶尔丹想要攻击只能采用强攻的办法。
在高地面前，骑兵失去了天然的冲击力，噶尔丹只能下令让所有人下马冲击高地，习惯了在马上作战的这些蒙古骑兵，对于俯冲高地作战的方式极为不适应，即便噶尔丹下令猛攻，可是每次冲击的时候，费扬古列马于前作为天然防御，等到噶尔丹的士兵冲击的时候就下令放箭，噶尔丹的攻势屡屡受挫。
噶尔丹这种人墙式的冲击进攻方式很快就让高地下面尸横遍野。
他意外的发现费扬古的这种方式也有一个致命的弊端，那些被费扬古依仗为防御的战马置于军前，虽然能够最大限度的保存自己军队的战斗力，可是那些倒下的战马却成为了费扬古大军的阻碍，因为这些倒下的战马越来越多，费扬古的弓箭手因为战马的堵塞，竟然射不到噶尔丹的士兵。
费扬古眼看形势危急，遂下令让盾牌兵置于战马前面，徐徐推进，弓箭手依旧藏于高地压制噶尔丹大军的进攻。
费扬古这种转守为攻，徐徐推进的方式仍旧让噶尔丹的骑兵无法形成有效的冲击。
噶尔丹不仅仅没能顺利抢占高地，反而被高地之上的弓箭手死死的压制，大军也损失惨重。可是，噶尔丹下令力战不退，誓死鏖战，坚决要吞掉清军的这股西路大军。
噶尔丹的不断进攻终于让坐镇指挥的费扬古发现了他的软肋。
噶尔丹的前军不断的发动进攻，却意外疏忽了后军的防守，费扬古看着噶尔丹后军一直没有加入战场，猜想噶尔丹的背后一定地粮草辎重所在，遂决定一面抵挡噶尔丹的进攻，一面派遣河岸的骑兵从东南方突袭过去，后军竟然真的是噶尔丹的粮草辎重。
这股骑兵迅速对噶尔丹的后军发动了冲击，后军大乱，很快就影响到了前面持续进攻的大军，一时间噶尔丹阵营大乱，相互践踏者数不胜数。
在高地之上的费扬古下令全部冲下高地进攻，噶尔丹力不能敌，带领大军仓皇撤退，费扬古依旧长途追击，追敌三十余里，等到天亮的时候才撤军而返。
噶尔丹此次大败，沿着土拉河一路西逃，而此时的康熙皇帝皇帝也率军赶到昭莫多，亲自登上山顶为部将刻字记功，结束了这场昭莫多之战。
康熙三十五年，十一月。
噶尔丹在塔米尔河流域一带抢夺牲畜，康熙皇帝再一次领兵出征，带领大军抵达归化城，准备擒杀噶尔丹。
此时的噶尔丹帐下的士兵听闻康熙皇帝再一次亲征，从噶尔丹军中逃散者众多，本来就势单力薄的噶尔丹已经开始穷途末路，即将一步步走上覆灭的深渊。噶尔丹遣使请和，却迟迟没有亲自来到康熙皇帝的帐前请罪，反而再一次在塔米尔河逃窜。
康熙三十六年，二月。
康熙皇帝再次出征，带领大军从京师奔袭宁夏。
这一次，噶尔丹仅剩千余人的军队四处逃散，纷纷选择离开了噶尔丹，穷途末路的噶尔丹选择服药自尽，结束了自己的一生。
这一年，康熙皇帝在狼居胥山上勒石记功，大赏群臣，结束了自己多年的征战生涯。
噶尔丹的屡屡叛乱对于清王朝的影响无疑是空前巨大的，可是噶尔丹此举也成就了康熙皇帝。其实对于叛乱时久的噶尔丹而言，屡屡败于康熙皇帝之手，已经穷途末路，能够支撑他屡屡叛乱是他心中那颗燃烧的野心。
他想要成为草原上的雄主，可是历史的车轮让他遇到了一位强劲的对手，他心中所谓的野心都伴随着自己的覆灭而成为了虚空一梦。
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