16世纪的双屿港在走私贸易的滋润下，成为亚洲第一大自由港，葡萄牙人、倭寇、中国走私海盗将这里变成冒险家的乐园。双屿港距离舟山城不远，并非外洋小岛，而是地近帝国腹心，它的发展不能不引起明朝政府的恐慌。
盘踞双屿的中国私商、倭寇、葡萄牙人并非驯良善类，他们常常游走在商业活动和暴力掠夺的边缘，在闽浙沿海大肆从事走私活动，甚至“无法无天到开始大肆劫掠，杀了些百姓”。甚至，东阁大学士谢迁在余姚的宅第也被洗劫一空，明朝军队的一些中高级军官在剿杀海盗的战争中反而成为双屿港的俘虏。
16世纪的双屿港
明朝在东南沿海的统治面临着失控的危险之际，于是明朝廷派遣右副都御史朱纨巡抚闽浙，以图恢复“秩序”。朝廷给朱纨的谕旨说：“今特命尔前去巡抚浙江，兼管福建福、兴、建宁、漳、泉等处海道提督军务，在杭州省城驻扎”，以“调度官员，实时剿捕防御”。靖二十七年(1548)四月，朝廷又给朱纨旗牌，授其便宜行事之权，也就是可以杀伐专断。
朱纨是什么人呢？何以得到朝廷如此信赖呢？朱纨，字子纯，号秋崖，苏州府长洲人。据《明史》本传载：
朱纨
从正史中简单的线条叙述看，朱纨是文官出身，但从四川兵备副使任上开始，他就转向了军事工作，其职“专一整饬兵备、综理粮储、操练军马、抚治羌夷”。朱纨还当过南赣巡抚这个位子以前王阳明也做过，其全称应该是
给予其“从宜处之”的权力;巡抚南赣，全称为“巡抚江西南安赣州、福建汀州漳州、广东南雄韶州惠州潮州各府及湖广郴州地方”，职在“提督军务、抚安军民、修理城池、禁革奸弊”，以及严督相关官员剿捕盗贼。在这些职位上，朱纨积累了大量与寇盗土匪势力斗争的经验。一直到巡抚浙江之前，朱纨的宦途可谓顺风顺水。
朱纨是传统意义上的能臣循吏，在以往镇压匪盗的军事生涯中也一定是个忠心职守但又心狠手辣的官僚。朱纨抵达闽浙之后，立即实施了一套非常严密的防控海盗倭寇的政策。
早期欧洲人的海外殖民
浙江沿海海盗倭寇问题不仅在于外部，更在于内部，很多沿海地方基层官员“不惜名检，招亡纳叛，广布爪牙，武断乡曲，把持官府。下海通番之人，借其货本、藉其人船，动称某府出入无忌，船货回还，先除原借，本利相对，其余赃物平分，盖不止一年，亦不止一家矣”。也就是说，浙江沿海基层官员将船只借给走私商人，从中分取利润，成为海盗走私商的保护伞。朱纨先是把沿海基层官员的渡船全部没收，釜底抽薪，不过朱纨也得罪了很多浙江人。
除此之外，朱纨还致力于基层权力的重建，切实整顿基层保甲组织。在“惟不严海滨之保甲，则海防不可复也”的情势下，终于嘉靖二十六年十月二十八等日，督率有司推行保甲。他认为:“惟沿海官兵保甲，严加防范，使贼船不得近港湾泊，小船不得出港接济。贼船在海久，当自困，相机追击，乃胜算耳。”
明朝海船
最终，要解决双屿问题就必须要训练一支能打胜仗的军队朱纨在闽、浙设置了一些军事防御设施，添置了战船，并培养了一支训练有素的部队，分驻在各海防要塞。朱纨有朝廷“便宜行事”的专权，更认为“重典施于治乱堪定”。在朱纨看来，盘踞双屿的夷人“不可以中国之治治之，入贡则怀之以恩，入寇则震之以威，谓之化外”。
要解决双屿问题，就必须要有一战，““重典施于治乱堪定，然后抚绥”们必须以剿杀为主，招抚为辅，直至祸患消除。在整顿海防的基础上，朱纵展开大规模的军事行动，矛头直指双屿港，打击包括中国私商和葡萄牙人在内的“倭寇”，以恢复明王朝在东南海域的统治秩序。
葡萄牙海船
嘉靖二十六年(1547)，朱纨派遣副使柯乔、都指挥黎秀等分驻漳、泉、福宁诸地，阻遏双屿港湾的私商船只。翌年初，又命柯乔从福建“选取福清惯战兵夫一千余名，船三十只”，“又行浙江温、处兵备副使曹边选取松阳等县惯战乡兵一千兵·俱委福建都司都指挥卢镗统领，约在浙江海门屯扎。
三月，卢镗督令福清兵前往双屿贼巢，相机剿捕。四月，卢镗率明朝水师向双屿“开洋追剿”中，发现“大贼船一只”，于是派船追击。“追至九山大洋，与贼对敌”，“攻杀番贼落水不计数，斩首级二颗，生擒日本倭夷稽天、新四郎二名，贼犯林烂四等五十三名”。史称“九山洋之战”。
中国军队
初战告捷之后，卢镗统各路兵直捣双屿，葡萄牙人和中日私商则坚壁不出。至嘉靖二十七年四月，“风雨昏黑，次日寅时，双屿贼船突驾出港”。明军一面占领双屿，一面分兵追击。在双屿城中的战役中，明军“俘斩溺死者数百人，贼酋许六、姚大总与大窝主顾良玉、祝良贵、刘奇十四等皆就擒。锁入港，毁贼所建天妃宫及营房、战舰，贼巢自此荡平”。
但是，根据葡萄牙传教士平托在其《远游记》中说：
（中国军队）率领一支由三百艘中国大帆船及八十艘双桅帆船，六十万大军，在十七天内做好备战工作。一天清晨，这一舰队向葡萄牙人的村落发动了攻击······所有东西被付之一炬，夷为了平地。基督徒死亡达一万两千人，其中八百名葡萄牙人。
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