以通常人而言，空腹时的胃酸存量必定较少，或许此时服用益生菌亦较不会被胃酸破坏，但某些「胃食道逆流疾病」罹病人其绝大部份处於「高胃酸」状态，此类人群在空腹时所残留的胃酸亦比通常人多，可想而知益生菌在此时空腹时服用亦较易被胃酸破坏。对于小儿来说不会存在这一类的问题，空腹时的胃酸存量较少，适宜在餐前服用益生菌。
空腹胃酸高 恐杀灭益生菌
人体在空腹时的胃液pH值约在0.8～2之间，在如此高酸环境中，不难想像胃酸会将益生菌全数杀灭。反之，在进食时的胃壁细胞亦会被影响而很多排泄胃酸出来，但由於食物自身即扮演著缓冲稀释胃酸的人物，其中真正胃酸含量并不会太高（大约在pH 4～7之间），因而在餐间或随餐服用益生菌亦不会碍事。此外，约有半数的人并不习惯在空腹时服用某些药物，因其易產生肠胃不适。而对于宝宝来说，可以选择在空腹服用效果较好。
胃酸pH值1.5～3.0时 益生菌的存活时间不到3小时
由生理学的研讨发现，益生菌在pH值1.5～3.0的胃酸环境中，其存活期不到3小时，而在pH 1.0的胃酸环境中停留1个小时，则会彻底被歼灭。再者，益生菌在浓度1.5％的胆汁中，其存活时间亦不到3小时。
益生菌宜在此三个时段服用 防止与热食混合服用
由此看来，对于宝宝来说最适合吃益生菌的时间应是在餐前服用、随餐服用或餐后当即服用，此段时刻既没有胃酸排泄太多的问题，也不会有空腹服用时的不适感，而益生菌更不易被胃酸破坏；此外，益生菌亦儘量防止与热食混合服用，避免被破坏。
益生菌进入人体肠道要求很高
事实上，益生菌在经由口服途径进入胃肠道后，难免会受到胃内强酸以及小肠内硷性胆盐及胰液消化液的破坏，而仅有20～40％的益生菌能够安定到达大肠黏膜上，亦仅有不到5～10％的口服益生菌会黏附在大肠管壁上；这样高的胃酸的环境下，对于益生菌进入宝宝肠道是要有特殊的要求的，中的益生菌是采用特有的微胶囊技术，针对益生菌在不同环境下的不同生存条件进行不同的包埋，可达到三层到四层的包埋。这样就能很好的保证益生菌进入宝宝肠道内发挥作用。
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