公元4世纪，曾经强大的罗马帝国在外敌的入侵下濒临灭亡，往日旺盛的学术气氛也被宗教的狂信者所冲淡。在埃及的亚历山大城，一群希腊人仍然保留了理性，他们在伟大的图书馆中传播科学与古希腊哲学，取得了伟大的成就。
在这座伟大的知识之城，诞生了人类历史上第一位女数学家，她的名字叫做希帕蒂娅。希帕蒂娅出生于一个书香世家，其父西翁是一名知名的数学与哲学教授，他从来没有因希帕蒂娅是个女儿，就对她放松教育的要求。
从小，希帕蒂娅就接受了严格的数学与哲学训练。她天资聪颖，10岁左右就掌握了许多数学知识，并且懂得如何运用相似三角形的性质来测算出金字塔的高度。不到20岁，就通读了欧几里得、阿基米德、丢番图等著名数学家的著作。
为了获得知识，希帕蒂娅更是北渡希腊，在具有数百年来时、柏拉图创立的雅典学院留学。此时的希帕蒂娅已经成长为一个亭亭玉立的姑娘，一头美丽的红发如同瀑布一般倾泻而下，闪亮的明眸让任何男人都为之神魂颠倒。
希帕蒂娅的学识和美丽，得到了许多罗马达官显贵和富豪的垂青，纷纷送出巨额聘礼，向她求婚。但是希帕蒂娅对于个人感情并没有什么兴趣，对于这些优秀的男人的求婚，都一一给予回绝，并说“我只愿嫁给一个人，他的名字叫真理。”于是，罗马失去了一位新娘，世上多了一位女数学家。
在希腊，希帕蒂娅不仅增长了数学知识，还从希腊人那里学来了新柏拉图哲学，成为数学家兼哲学家。她回到亚历山大城，成为大图书馆第一个女教授。来自欧、亚、非洲的许多青年聚到亚历山大，拜她为师，学生们都非常喜欢听这位美女老师讲课，说她不仅学识渊博而且循循善诱，讲话如行云流水，引人入胜。
在那个时代，基督教早已成为罗马帝国的国教，一些不发凶徒利用宗教的名义纵诞不法，以正义的名义到处残害无辜。对希帕蒂娅，某些基督徒十分嫉恨，因为她所极力宣扬的新柏拉图主义，激烈的反对宗教盲信，提倡理性与科学。亚历山大城的基督徒曾经与希帕蒂娅辩论，但每次都被学识渊博的女数学家说的哑口无言。
在教会的重压之下，希帕蒂娅仍然取得了辉煌的数学和天文成就，不仅重新修订了欧几里得的《几何原本》，还和父亲一起撰写《天文学大成评注》等书，可谓是著作等身。但是她的成就越大，就越遭教会嫉恨，也为她未来的悲剧埋下了伏笔。
公元415年3月的一天，希帕蒂娅坐着马车去博物院讲课。当马车行至一个教堂的门口时，突然冲出一群暴徒，他们是被亚历山大主教西里尔所安排，专门埋伏希帕蒂娅。凶徒们将女数学家从马车上拽下，撕碎她的衣服，露出她的羞体，随后又将她绑进了教堂。
在教堂中，暴徒对希帕蒂娅进行了惨无人道的轮奸。随后他们又在牧师的指挥下，一根根地拔掉希帕蒂娅的头发，然后用磨得十分锋利的蚌壳一片片地割下她的肉。
在毫无人性的折磨之下，希帕蒂娅已经奄奄一息，凶徒们问她：“你是要命，还是要数学！”希帕蒂娅闭着眼，有气无力地回答：“数学！”
“把这个魔鬼丢进火里！”恼羞成怒的牧师听完希帕蒂娅的话，疯狂地叫嚣着。
随后，45岁的女数学家被扔进火力，从此香消玉殒。由于教会的包庇，这场令人发指的凶杀案竟然不了了之，罗马教廷事后宣布：“此案查无实据，据传希帕蒂娅在雅典，并没有发生任何悲剧。”
在窒息的宗教气氛中，理性与科学被打得粉碎，欧洲从此进入了黑暗的中世纪。但是希帕蒂娅的光辉却激励着每一个科学家，向真理和科学迈进。
多年以后，人们将月球静海上的一座环形山命名为“希帕蒂娅”。“知我罪我，其惟春秋”，希帕蒂娅证明，暴力与愚昧在智慧与真理，根本不堪一击。
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