长是船舶领导人
船长对船东负责，是船舶安全生产、航行指挥、行政管理、技术业务和涉外工作的负责人。船长应严格遵守有关国家法规和规章、国际公约和条例以及地区性规定，严格贯彻执行船东对船员的各项行政管理制度，领导船员严格履行岗位职责，确保船舶的安全生产。
《船员条例》第24条规定了船长在履行指挥和管理船舶职责方面的特定职责：
保证携带符合规范的证书和资料
包括船舶登记、检验、安全、防污、卫生、口岸查验等证书，船舶载运客货文件、应急计划、保安计划、航海日志、轮机日志和电台日志及有关航行资料；还要保证船员携带职业身份、国籍、适任资格、健康、就业许可等证件。这些证件、文书和资料到期前应及时申请检验或更换，以符合法规、公约的要求。
制定并有效实施应急计划和防范措施
船长应当制定船舶消防、救生、堵漏、防污等应急计划，制定防火、防爆、防海盗、防偷渡、防走私等各项防范措施，并从设备器材、措施、人员及任务分组等方面，保证应急计划、防范措施的有效实施。
保证船舶适航和正常值班
船长负责审批大副编制的货物配载计划，严格执行乘员定额和载重线规定，不得超载。在装卸危险品、重大件或贵重物品时，船长应亲自监督，负责审批各部门负责人制定的运输生产和维修保养方面的航次工作计划。开航前，船长应通知各部门负责人做好开航前的准备工作，督促二副备齐并改妥所需海图和其他航海图书资料，审定安全经济的计划航线;制定并落实航次计划，备足航次所需的燃料、备件、物料、淡水、伙食等;检查备齐各种船舶证书、船员证件、运输单证以及港口文件，办妥离港手续，以保证在开航时“船舶适航、船员适任”。船舶在航行、停泊、作业时，船长应督促各部门负责人认真落实航次计划及相关措施，及早布置和落实防暴风、防台风、防冻、防碰撞以及雾航等安全生产措施;夜间航行时，应将有关航行指示和安全注意事项明确记入“船长夜航命令簿”;持续了解船员情况、调整船员安排或请求补足船员，以保障船舶的最低安全配员;布置值班注意事项，并督促检查值班情况，保证船舶的正常值班。
执行海事管理机构的指令并提交事故报告
由于海事管理机构发布的有关水上交通安全和防治船舶污染指令利害关系较为重大、针对全船而非个人，执行该等指令的责任应当归属于船长。如果本船发生水上交通事故或者污染事故，船长应采取一切措施尽力防止损失扩大，并应按规定撰写水上交通事故报告书或水域污染事故报告书，并向海事管理机构提交，连同航海日志摘要在船舶抵达第一港口时送交有关部门签证，并按需要申请检验。
组织实施船员训练和考核，并如实记载其服务资历和任职表现。
船长对本船船员实施或组织实施日常训练和考核，促进船员在船工作期间保持并提高业务技术、道德法纪、营运管理等素质。这项要求反映了船员素质成长的规律。本船船员的服务资历和任职表现，由船长如实规范地记入该船员的船员服务簿，作为申请船员适任证书所需的一项证明材料。考察和记录船员任职表现，是船员跟踪管理的主要环节和重要措施。
驾驶台值班且必要时直接指挥船舶
船舶进港、出港、靠泊、离泊，通过交通密集区、危险航区等区域，或遇有恶劣天气、能见度不良，或发生水上交通事故、船舶污染事故、船舶保安事件及其他紧急情况时，船长应当在驾驶台值班，必要时应当直接指挥船舶。这里，“直接指挥”是指船长亲自发布操作指令、驾驶船舶等，平时分派给高级船员的工作此时由船长直接进行。
保障人员安全
船长应当保障本船船员、旅客和其他在编人员，以及有关监管部门工作人员、引航员、码头装卸工人、代理等临时上船人员的安全。
组织施救本船人命财产
船舶发生事故，危及在船人员和财产安全时，船长应当组织船员和其他在船人员尽力施救。施救行动由船长组织、由船员和其他在船人员实行。尽力施救是努力程度的要求。
组织并安排弃船
在船舶沉没不可避免的情况下，船长可以做出弃船决定，但应尽可能报经船舶所有人同意。弃船时，船长必须采取一切措施，首先组织旅客安全离船，然后安排船员离船，船长应当最后离船，在离船前，船长应当指挥船员尽力抢救国旗和航行日志、本航次使用过的海图等重要文件。
审批并落实修船计划
在修船时，船长应认真审批各部门修理计划，检查进厂前的准备工作，做好防火、防爆、防工伤等工作。修理过程中，经常检查工程的质量和进度，严格监修和验收，保质保量地按期完成修船任务。
由于船长职务与责任的关系，《船员条例》第25条规定，在保障水上人身与财产安全、船舶保安、防治船舶污染水域方面，船长具有独立决策权并负有最终责任。船长在上述三个方面有权独立地做出决策，不受包括船东、租船人、船舶经营公司在内的任何组织和个人的非法干涉。船长的独立决策权与《船员条例》第23条所规定的船长执行海事管理机构有关指令之义务，不相矛盾，都是从保障水上交通安全和防治船舶污染的角度设定的。船长如果认为海事管理机构的指令并不适当，可以提出自己的意见和建议，但不能借其法定的独立决策权而拒绝执行海事管理机构的指令。
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