测序数据可视化，你需要配备哪些软件？

作者：麦子（转载请注：解螺旋·医生科研助手）

工欲善其事，必先利其器。对于复杂的基因组数据，用恰当的可视化工具做分析是必不可少的。从基因组测序诞生至今，各种工具、可视化方法也都在同步演进，现在已经像万花筒一样斑斓。选对了工具，那么检验假设、发现新东西就是小菜一碟。

下面就从三个研究层面来推荐几个常用工具。

 

基因组浏览器

首先咱们要了解待研究的对象，即核酸序列和其中的各种结构单元。基因组浏览器，就是用来浏览基因组数据的图形交互界面。它们免费向公众开放，并提供各种工具用于基因组数据检索、阅览、分析，以简洁紧致的图形方式呈现。

它们会详细展现已知基因的位置，以及每个基因的功能类别。还整合了各种基因组数据，可查到SNP、EST和保守序列模式的详细情况。

你也可以上传自己的研究数据（如序列和注释）与别人共享。

UCSC Genome Browser

地址：https://genome.ucsc.edu/

Ensembl

地址：http://asia.ensembl.org/index.html

 

序列比对

在了解单个基因或基因组信息的基础上，我们就会想要往横向看看。序列比对就是一种常用的横向研究方法，包括核酸序列和蛋白质序列的比对，通过检测两个或以上序列的相似性，推测其功能、结构和进化信息

NCBI BLAST

地址：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

虽然没什么美感，但是报告详细啊

TOPALi

地址：http://www.topali.org/

 

比较基因组学

比较基因组学与序列比对有重合之处，但更为复杂，诸如探索基因组的各个区域、确定直系同源体和旁系同源体、分析SNP和CNV等等。于是也就有多种工具应运而生，能直观地展示分析结果，表现形式也多种多样。

Circos

地址：http://circos.ca/

多层次展示信息的圈图，但此法也有相应的R包可选

VISTA

地址：http://genome.lbl.gov/vista/index.shtml

多种工具适应多种研究需要 

参考来源：

http://bitesizebio.com/32055/genomics-software-sequence-comparisons/