与酵母的相互作用：越来越多的酿酒师开始尝试酒精发酵与苹乳发酵同时进行，希望能缩短酒精发酵后与苹乳启动前的空档期，但这通常也会带来其他问题。乳酸菌有时会对酵母生长起抑制作用，甚至会导致发酵停滞。然而更常见的是酵母会抑制细菌的生长，而酒类酒球菌的不同菌株对酵母的敏感度也有显著不同。
酵母生长对乳酸菌的抑制作用有各种解释，贝酵母对苹乳发酵的抑制作用最具代表性。贝酵母能够产生二氧化硫并且具有高酒精度耐受性，是其起抑制作用是原因之一。在酒精发酵早期，贝酵母消耗掉精氨酸和其他氨基酸是原因之二。一些酵母菌株能够与乳酸菌共沉淀，也会延迟苹乳发酵。当然，不断升高的酒精度和有毒性羧酸的积累毫无疑问也是重要原因。
酒精发酵结束，酵母细胞死亡后会开始自溶，营养物质释放的同时，乳酸菌也开始生长，因此，葡萄酒在酒泥上陈酿几周或几个月会促进苹乳发酵的进行。虽然营养物质的释放是主要原因，但酒泥溶解产生的高浓度二氧化碳及酵母多糖的释放也同样重要。酵母多糖不但能使有毒羧酸失活，也能被乳酸菌葡萄苷酶分解从而提供营养。
与细菌的相互作用：在酒精发酵过程中，醋酸菌的活动经常会对苹乳发酵有利，原因有两方面：一是醋酸会间接抑制酵母菌的生长，二是乳酸菌会直接把醋酸当成一种营养物质来促进生长。
酒类酒球菌菌株间的竞争表现为苹乳发酵过程中不同菌株间相对比例的变化。更重要的是乳酸菌不同种之间的对抗。这种对抗很少会发生在PH3.5以下，因为在这个PH值，通常只有酒类酒球菌生长。但是，在PH3.5以上，小球菌和乳杆菌逐渐地会比酒类酒球菌更具选择性优势。所以，这种对抗表现最明显的就是当酒类酒球菌数量下降时，小球菌和乳杆菌的数量会有相应的上升。
噬菌体的影响：以前我们对噬菌体关注比较少，如果苹乳发酵出现问题，我们很少会去想是不是由噬菌体引起的。其实，酒类酒球菌会受到噬菌体的攻击而使苹乳发酵中断。被噬菌体感染的酒类酒球菌可能会继续以前噬菌体的状态存在，由于前噬菌体在较高的PH值下会更不稳定，所以在苹乳发酵过程中，随着PH值的上升，溶菌就会出现。这种情况下，苹乳发酵也可能会继续，但会变得不可控，因为更多的是小球菌和乳杆菌在活动。
对抗噬菌体引起的苹乳发酵的最主要方法是增加酒类酒球菌的接种量，加大接种量会降低细胞分裂的相对数量，从而降低苹乳发酵期间感染的敏感度。另外，也可以尝试混合接种。
接种：在不接种乳酸菌的情况下，野生乳酸菌将会用几周甚至几个月的时间才会达到足够的乳酸菌苹乳发酵脱羧需要的数量。现在接种一般使用冷冻的浓缩粉状物，加到葡萄酒中之前通常需要活化和扩培，因为直接加入葡萄酒中容易导致活力的快速损失。通常情况下，乳酸菌的供应商会提供活化和扩培的方法。比较简单的方法是将乳酸菌用要接种的酒溶化，控制温度在20～22°C，可加入少量酵母提取物，满瓶存放24小时后加入要接种的酒中，不要循环，等待它繁殖后自然扩散。接种通常需要达到106～107个/mL的乳酸菌浓度，这样才会确保苹乳发酵的快速启动和接种菌株的主导地位。对于酸度很高的葡萄酒，建议接种更高的浓度，可以达到108个/mL，这个浓度能够保证细胞不再分裂就能够完成苹乳发酵的脱羧作用。同时，较高的接种量也能够减少次生代谢物的合成，比如双乙酰和乙偶姻。
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