被费希特视为批判哲学之主旨的基本洞见是自由的概念。他认为意志或自我不是事物之一，不是纯粹的因果链上的一环，而是自由的、自我决定的活动。只有这样的活动是真正实在的，其他一切都是死寂、被动的经验：它是生命和心灵、知识和行为，事实上，是我们整个的经验世界的原则，是所有文明和进程中的推动力量。它是我们的知识依赖的基础，是理论知性的统一原则，对此，康德曾经暗示过而莱因霍尔德曾经寻求过，它是理论理性和实践理性的共同根基。因此，对知识的研究，被证明是哲学探索的最重要的主题，也是费希特艰苦卓绝的生涯中始终面对的事务。知识论是所有知识的关键：他在知识论中提供了对于理论理性和实践理性的条件、原则和前提的全面详尽的论述。
在费希特看来，康德从经验中抽象出了范畴，但并没有证明它们是理智的必然规律：他没有证明他的原理。费希特告诉我们，这只能从一个共同的基础中推导出来，只能通过严格的科学程序的方式得出。每一种科学要成为科学的话，就必须拥有一个由第一原理统一起来的连贯的命题系统；它应该是一个相互关联的命题体系，是每个命题都占据着一个明确位置并且与整体有着明确关系的有机整体。因此，空间概念是几何学的中心观念，而因果概念则是自然科学的中心观念。不同的科学需要一种包容一切的科学，一门关于科学的科学，一种知识论，它将建立或证明每门科学赖以建立其上的基本原理。这一普遍的科学或哲学—所有其他科学之确定性的来源—自身必须从一个自明的或必然的命题出发，从一个绝对的第一原理出发，这种第一原理将给自己的判断以科学的特性，并且同时使得其他所有研究领域中的判断有效。
然而这种中心科学不是立法者，而是知识的史料编纂者：它意识到心灵的必然活动的体系，监视或观察处于创造过程中的心灵。但它并不是对发生的事物的单纯登记而已，尽管费希特有时候对它有这样的声明；它努力理解这些活动的必然性，试图揭示不同形式的认知的基础或逻辑前提。“如果唯心主义所要打造的长链条中哪怕只有一环不能与邻近的一环衔接上的话，我们的科学就无权声明证明了任何东西。”这个假定是：心灵自身是一个理性体系，它作为有机的理性而活动，理智的各种不同功能不是断裂的无意义的行为，而是全部都为一个共同的目的贡献了力量；若不是这些理性的功能，理性的目的—也就是，自我意识的演进—就无法实现。因此，哲学家在进行演绎活动之前应该理解所有意识的目的或意义。就像在一个钟表中一样，如果我们知道整体的用途、它的结构、形状等，我们就能够说出它的部分必须如何，因此，在意识体系的情形中，我们也能理解其中的部分，如果我们理解有目的的整体的话—一个清晰、完满且发达的自我意识。知识论的方法在于证明理智的不同活动有助于自我意识的演进，若是没有这些具体的理智活动，心灵就无法变得自由并具有自我意识。在他早期的更为技术化的作品中，费希特从基本原理出发发展出一套知识体系；在较为通俗的作品中，他从对于知识的观察出发前进到原理；但他的目标始终是相同的—对知识之有机统一体的阐明。他有时候称自己的方法为发生学方法；然而，它并没有以描述知识原理的心理起源为目的，而是要证明它们是如何从必要的前提中出现的，或者理性自身如何演化出了它们。
为了研究理性思维的起源，哲学家必须通过一个意志行为使思想开始活动：因此，哲学不是从事实开始的，而是从活动开始的。知识不是关于世界的观念或是单纯被动的反映，而是一个自我决定的活的过程—不是财产，而是业绩。只有通过一种自由行为，真正的知识才会成为可能。只有当我们能够在心中进行自由创造的时候，我们才能够进行理解；我们无法创造的，我们也无法理解。意识无法被自身之外的任何事物解释；它无法被外在于自身的事物生产出来，是一种自发的行为，或者在创造活动中意识到自身的一种创造。换言之，知识必然要预设纯粹的、自我决定的活动作为其基础，或者说，知识就是这样一种活动。知识、理智、思想，是自由的。没有这种活动，就没有感觉世界、经验或思维；因此，这种思想活动，就是我们一直以来要寻找的基础原理。纯粹自我、自我性原理或自我活动的理性是知识论的出发点，是一切知识的自明的前提；它也是我们的科学的终点或目的，因为，当知识论到达了完整的自我意识时，意识就把握住了全部知识的意义。
我们已经看到，需要有一个意志行为使心灵或自我进入运动，但一旦开始运行，它就按照某种必然的方式进行。在这种意义上，必然性是自由的产物。我没有被迫思想，但我一旦思想，我就必须依照法则思想—依照时空形式，依照充足理由原则等。但若没有活动的自我，一切意识都不可能。以A=A这一判断为例；尽管很简单，但若没有一个具有综合能力的心灵，它就是不可能的。如果自我没有跳入存在和行动之中，或者用费希特的话说，如果自我没有设定自我，就没有主体、没有客体，也没有经验世界。既然没有自我作为条件就没有经验世界和现象世界，因此，也不可能将自我构想为客体链条中的一环；那将是本末倒置。自我是自然事件的整个序列的基础或条件，因此，不能被包括在这样的事件之中。
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