从战国到西汉开始，发生的今文古文学之争，至今同样也影响着中医药学理论的传承。
古人所论述的“阴阳与五行”，在自然界中：
“阴阳”是指上半年春夏之阳热大气上升与下半年秋冬阴寒大气之下降循环而形成的大气环流。
“五行”即地球自身与四方位置，（东、西、南、北、中及属性），是以地球自转为中心“土”，形成的东半球春温“木”，南半球夏热“火”，西半球秋凉“金”，北半球冬寒“水”。
在人体的“阴阳与五行”：
“阴阳”是指静脉血液携带热气CO2呼出为阳，动脉血液携带O2吸入为阴。即是以经络血管相贯通的血液循环系统。
“五行”即以心脏为中心“土”，脾木纵于左，肺火浮于上，肝金横于右，肾水沉于下的五脏在胸腹中的解剖部位及功能。
今文经学传承的现行中医药理论：
“五行脏腑”：肝木、心火、脾土、肺金、肾水。即“左肝右肺气化学说”
“五味所走”：辛走气、甘走肉、酸走金、苦走血、咸走骨。
古文经学的中医药理论：
“五行脏腑”：脾木、肺火、心土、肝金、肾水。即“现代医学解剖位置及功能”。
“五味所走”：辛走气、甘走肉、酸走筋、苦走骨、咸走血。
药物的四气五味(辛、甘、酸、苦、咸；温、热、凉、寒。)乃中医治病之根本，正确认知中药的四气五味，方知药物治病之原理。凡药物若具备五味三性著录齐备者为合格。(五味三性：辛、甘、酸、苦、咸；寒、温、平。)
自古以来，只有张仲景《伤寒杂病论》中的经方完全在西汉前古文经学正确中医药基础理论指导下加以应用而治疗疾病的，且所用药物大都依据正确的古本《神农本草经》。
现代医学科学理论也与古文经学中医药理论完全吻合。
千余年无定论的今古文之争，孰是孰非，对照下图，一看可知。
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